More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3788 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  46.9 
 
 
1021 aa  880  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1042 aa  2133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4645  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 
948 aa  653  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  37.46 
 
 
931 aa  613  1e-174  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.9083e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.63 
 
 
1653 aa  406  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 
1480 aa  402  1e-110  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.72 
 
 
1468 aa  378  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.49 
 
 
1118 aa  367  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  33.72 
 
 
1109 aa  353  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.59 
 
 
1331 aa  347  5e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0980  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1171 aa  346  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
1040 aa  345  2e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 
816 aa  345  3e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
1499 aa  344  4e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
993 aa  343  8e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  34.39 
 
 
1014 aa  343  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
1333 aa  341  3e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.02305e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
1768 aa  341  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  35.09 
 
 
861 aa  341  4e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
916 aa  340  7e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  37.99 
 
 
1351 aa  340  1e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
1202 aa  338  4e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.07 
 
 
1398 aa  336  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 
1767 aa  333  8e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  31.81 
 
 
1765 aa  332  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 
833 aa  331  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 
1767 aa  330  6e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.24 
 
 
758 aa  330  7e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 
1782 aa  329  2e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1767 aa  328  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.08 
 
 
1786 aa  328  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1771 aa  328  4e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  32.09 
 
 
1763 aa  327  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 
1784 aa  327  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  35.42 
 
 
1177 aa  326  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.59 
 
 
1442 aa  326  1e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  34.97 
 
 
727 aa  325  4e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.96 
 
 
1363 aa  324  7e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
1397 aa  323  1e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  33.46 
 
 
1439 aa  323  1e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 
957 aa  323  1e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.17317e-06 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 
1326 aa  323  1e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.97 
 
 
1165 aa  322  2e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  31.78 
 
 
1135 aa  322  2e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
1550 aa  322  2e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 
835 aa  320  9e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.29 
 
 
1340 aa  320  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
990 aa  318  4e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
1765 aa  317  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
921 aa  317  7e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
985 aa  317  8e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.7 
 
 
1267 aa  316  1e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  34.22 
 
 
1322 aa  315  3e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  35.17 
 
 
923 aa  315  3e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
929 aa  314  6e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 
1820 aa  313  8e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  33.64 
 
 
1683 aa  312  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  34.32 
 
 
850 aa  312  2e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2104  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 
1042 aa  311  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
1316 aa  309  2e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2377  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 
1124 aa  308  3e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.506766  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
916 aa  308  4e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.46 
 
 
1303 aa  308  5e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 
991 aa  306  1e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 
914 aa  306  1e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
812 aa  306  1e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  37.8 
 
 
847 aa  306  2e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
1240 aa  304  7e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
964 aa  303  1e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1284 aa  303  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.8 
 
 
909 aa  303  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1681 aa  301  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  36.41 
 
 
1236 aa  301  5e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  33.71 
 
 
1287 aa  301  6e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 
1172 aa  300  7e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  37.9 
 
 
914 aa  300  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 
705 aa  298  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.9 
 
 
1305 aa  298  3e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
1236 aa  298  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
977 aa  298  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
1236 aa  298  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  37.19 
 
 
1188 aa  298  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
1692 aa  298  5e-79  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.18 
 
 
950 aa  297  6e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
1236 aa  297  6e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 
946 aa  297  6e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.11 
 
 
1234 aa  296  9e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
1238 aa  296  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  32.23 
 
 
1030 aa  296  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  35.91 
 
 
765 aa  296  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 
1238 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  35.16 
 
 
1689 aa  296  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.18 
 
 
925 aa  296  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 
1238 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
1238 aa  295  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 
721 aa  295  3e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27550  putative sensor/response regulator hybrid  39.18 
 
 
786 aa  295  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00922112 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 
782 aa  295  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 
1287 aa  295  4e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003637  hypothetical protein  35.33 
 
 
1055 aa  295  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>