More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3785 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
335 aa  696  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  72.4 
 
 
337 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  66.96 
 
 
347 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  66.67 
 
 
347 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  66.67 
 
 
347 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  61.61 
 
 
335 aa  437  1e-122  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 
342 aa  277  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 
330 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  34.55 
 
 
331 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  36.12 
 
 
325 aa  198  1e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  34.44 
 
 
330 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  40.94 
 
 
323 aa  189  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.73 
 
 
329 aa  189  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  34.42 
 
 
336 aa  188  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 
326 aa  174  2e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.04 
 
 
336 aa  172  6e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 
324 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
332 aa  166  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  37.71 
 
 
326 aa  165  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.43 
 
 
327 aa  164  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 
326 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  28.27 
 
 
324 aa  160  4e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
334 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 
334 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  30 
 
 
335 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.18 
 
 
334 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 
320 aa  155  9e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 
348 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 
341 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 
339 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.79 
 
 
337 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.48 
 
 
326 aa  153  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.56 
 
 
340 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 
332 aa  152  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 
324 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 
351 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.52 
 
 
347 aa  149  1e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 
333 aa  148  1e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  28.27 
 
 
331 aa  148  1e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 
328 aa  148  2e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  35.4 
 
 
345 aa  147  2e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 
306 aa  147  2e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.89 
 
 
324 aa  147  4e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 
332 aa  146  4e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  29.48 
 
 
326 aa  146  6e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  27.79 
 
 
334 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 
327 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 
285 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
329 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 
336 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  32.14 
 
 
319 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.16 
 
 
327 aa  143  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  36.36 
 
 
320 aa  143  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 
313 aa  141  1e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27.58 
 
 
321 aa  141  1e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.17 
 
 
325 aa  142  1e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 
344 aa  141  2e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
322 aa  140  2e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
316 aa  140  2e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 
299 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 
330 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  31.85 
 
 
322 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 
332 aa  139  9e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 
354 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  32.57 
 
 
313 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  35.41 
 
 
313 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
330 aa  137  3e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3112  ThiJ/PfpI domain protein  27.63 
 
 
321 aa  137  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 
337 aa  136  6e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 
354 aa  135  7e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 
320 aa  134  1e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  30.27 
 
 
362 aa  135  1e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  32.75 
 
 
329 aa  135  1e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  32.55 
 
 
331 aa  134  2e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 
320 aa  133  4e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.24 
 
 
323 aa  133  4e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 
360 aa  133  4e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.78 
 
 
361 aa  133  4e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5328  transcriptional activator FtrA  30.14 
 
 
324 aa  133  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.417039 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  30.19 
 
 
338 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 
341 aa  132  8e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 
343 aa  132  8e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 
333 aa  132  8e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 
327 aa  132  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 
346 aa  132  1e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 
334 aa  132  1e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 
330 aa  131  1e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  27.27 
 
 
338 aa  132  1e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 
321 aa  132  1e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  28.72 
 
 
316 aa  132  1e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  31.15 
 
 
350 aa  131  2e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 
338 aa  130  2e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
350 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 
314 aa  130  4e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 
313 aa  129  7e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  29.78 
 
 
319 aa  129  7e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 
322 aa  129  8e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 
338 aa  129  9e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 
342 aa  128  1e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 
340 aa  128  1e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>