69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3654 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_4058  AbgT putative transporter  84.42 
 
 
539 aa  870    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000746135  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2198  AbgT putative transporter  68.21 
 
 
534 aa  665    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03248  hypothetical protein  75.19 
 
 
522 aa  739    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0404  hypothetical protein  74.16 
 
 
534 aa  754    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000189157  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002729  multidrug efflux pump component MtrF  75.14 
 
 
528 aa  763    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.189489  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0156  AbgT putative transporter  86.62 
 
 
538 aa  898    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.632237  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0094  AbgT putative transporter  84.18 
 
 
511 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4057  AbgT putative transporter  88.5 
 
 
539 aa  910    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.106368  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3654  AbgT putative transporter  100 
 
 
537 aa  1070    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3559  putative efflux pump component MtrF  83.8 
 
 
535 aa  890    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4247  AbgT putative transporter  81.55 
 
 
540 aa  830    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4042  AbgT putative transporter  82.68 
 
 
535 aa  838    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4381  AbgT putative transporter  83.43 
 
 
540 aa  832    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3926  AbgT putative transporter  82.12 
 
 
535 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0134  AbgT putative transporter  88.1 
 
 
538 aa  907    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.722786  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3833  AbgT putative transporter  82.68 
 
 
535 aa  839    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4208  AbgT putative transporter  83.24 
 
 
540 aa  832    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3988  AbgT putative transporter  72.34 
 
 
532 aa  744    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.025023  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1388  putative ion transporter  73.43 
 
 
530 aa  752    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.158074  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00653  putative p-aminobenzoyl-glutamate transport protein (AbgT family)  76.6 
 
 
525 aa  758    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0028  AbgT putative transporter  53.5 
 
 
512 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.790153  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0064  AbgT putative transporter  46.51 
 
 
518 aa  450  1e-125  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000877421  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2328  efflux pump component MtrF  47.85 
 
 
516 aa  450  1e-125  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.25696  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004283  putative p-aminobenzoyl-glutamate transporter  44.08 
 
 
519 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01141  hypothetical protein  43.49 
 
 
519 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0389  hypothetical protein  43.7 
 
 
519 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3423  transporter  43.38 
 
 
515 aa  411  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0739  putative ion transporter  42.99 
 
 
519 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1944  AbgT putative transporter  43.56 
 
 
519 aa  403  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432903  decreased coverage  0.00626673 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3673  AbgT putative transporter  42.05 
 
 
518 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0018  AbgT putative transporter  40.73 
 
 
511 aa  402  9.999999999999999e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3120  AbgT putative transporter  41.67 
 
 
520 aa  395  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0160  transporter, putative  42.75 
 
 
519 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3449  transporter  40.82 
 
 
512 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1352  AbgT putative transporter  42.19 
 
 
519 aa  380  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000127247  normal  0.0238452 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0537  AbgT putative transporter  42.94 
 
 
529 aa  378  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.121882  normal  0.78057 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0151  AbgT putative transporter  41.95 
 
 
519 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0147  AbgT putative transporter  41.31 
 
 
519 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0146  AbgT putative transporter  41.95 
 
 
519 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0146  AbgT putative transporter  41.76 
 
 
519 aa  366  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5237  AbgT putative transporter  38.33 
 
 
514 aa  362  9e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4202  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  39.48 
 
 
508 aa  361  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.609868  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2500  AbgT putative transporter  38 
 
 
512 aa  358  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.393167  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2550  AbgT putative transporter  38 
 
 
512 aa  358  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0400  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.6 
 
 
505 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.703061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0518  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  36.51 
 
 
507 aa  335  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2289  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  37.68 
 
 
508 aa  335  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1786  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38 
 
 
510 aa  335  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1548  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  37.68 
 
 
508 aa  335  1e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1983  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38 
 
 
510 aa  335  1e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.328307 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01323  hypothetical protein  37.8 
 
 
508 aa  334  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01313  predicted cryptic aminobenzoyl-glutamate transporter  37.8 
 
 
508 aa  334  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0029  AbgT putative transporter  38.54 
 
 
506 aa  334  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13432  normal  0.390829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1452  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  37.8 
 
 
508 aa  334  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2308  AbgT transporter family  37.47 
 
 
508 aa  334  2e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950001  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1508  AbgT putative transporter  39.74 
 
 
523 aa  332  1e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.693891  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0167  AbgT putative transporter  33.52 
 
 
520 aa  326  5e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.583779  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21460  putative p-aminobenzoyl-glutamate transporter  38.84 
 
 
585 aa  314  2.9999999999999996e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0748  AbgT putative transporter  36.22 
 
 
518 aa  296  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0678  AbgT family protein  35.98 
 
 
518 aa  294  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0800  putative efflux pump component MtrF  34.7 
 
 
509 aa  286  5.999999999999999e-76  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2611  AbgT putative transporter  34.43 
 
 
552 aa  283  4.0000000000000003e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1579  aminobenzoyl-glutamate transport protein  39.4 
 
 
305 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1577  putative efflux pump component MtrF  35.5 
 
 
263 aa  130  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3467  hypothetical protein  44.44 
 
 
240 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0456304 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1891  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  44.26 
 
 
464 aa  46.2  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0766  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  23.21 
 
 
477 aa  45.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.607983  normal  0.276485 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01760  hypothetical protein  43.14 
 
 
500 aa  44.3  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2668  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  38.46 
 
 
460 aa  43.5  0.009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>