More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3627 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 65 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  84.13 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  82.54 
 
 		 78 aa  108  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 77 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  81.54 
 
 		 64 aa  104  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  76.56 
 
 		 64 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 63 aa  100  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1159  DNA-binding protein  77.78 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  69.23 
 
 		 68 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 63 aa  99  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  78.69 
 
 		 71 aa  97.8  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  72.58 
 
 		 71 aa  96.7  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  68.75 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  67.19 
 
 		 68 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 68 aa  92.8  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  69.35 
 
 		 63 aa  93.2  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 64 aa  88.6  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  63.49 
 
 		 64 aa  85.5  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  61.67 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0989  XRE family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 67 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.214292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 69 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2281  XRE family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 74 aa  79.3  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223955  hitchhiker  0.000476001 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 63 aa  78.2  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 67 aa  77.8  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 74 aa  77  0.00000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 73 aa  76.3  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 69 aa  75.5  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 63 aa  75.1  0.0000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0313  transcriptional regulator, XRE family  56.92 
 
 		 66 aa  74.7  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.834607 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  55.38 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  57.38 
 
 		 62 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 69 aa  74.7  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  61.67 
 
 		 69 aa  73.6  0.0000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2913  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 79 aa  72.8  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1983  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 64 aa  73.6  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.418857  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 70 aa  73.6  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  58.33 
 
 		 69 aa  73.6  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2539  DNA-binding protein  53.12 
 
 		 66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10177e-42 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 69 aa  72  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2347  DNA-binding protein  53.12 
 
 		 69 aa  72  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203994  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3240  transcriptional regulator, XRE family  54.1 
 
 		 66 aa  72.8  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2306  DNA-binding protein  53.12 
 
 		 69 aa  72  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0129797  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2263  DNA-binding protein  53.12 
 
 		 66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.784233  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10830  transcriptional regulator  55.56 
 
 		 64 aa  72  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.213201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2523  DNA-binding protein  53.12 
 
 		 66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 66 aa  71.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 72 aa  71.2  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1885  transcriptional regulator, XRE family  57.58 
 
 		 68 aa  71.2  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  56.67 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 93 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 71 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  53.97 
 
 		 63 aa  70.1  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  56.25 
 
 		 72 aa  69.7  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5696  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 66 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  55 
 
 		 80 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  50 
 
 		 64 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  55 
 
 		 68 aa  68.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 69 aa  67.8  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3714  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 65 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3012  DNA-binding protein  50.82 
 
 		 69 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.632687  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2934  helix-turn-helix family DNA-binding protein  50.82 
 
 		 69 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3243  DNA-binding protein  50.82 
 
 		 69 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0037  hypothetical protein  50 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 64 aa  67  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5640  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 64 aa  67  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731345  normal  0.328925 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0169  Cro/CI family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 68 aa  66.6  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0106537  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 65 aa  66.2  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12593  repressor protein  50 
 
 		 67 aa  66.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0717  DNA-binding protein  54.41 
 
 		 72 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 		 71 aa  66.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0430  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 69 aa  66.2  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5139  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5169  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 79 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3389  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 83 aa  65.9  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14531  normal  0.0634839 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0094  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4895  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4739  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4867  DNA-binding protein  51.67 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0505  DNA-binding protein  51.67 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4758  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0571449  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0457  DNA-binding protein  51.67 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0391  DNA-binding protein  51.67 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.174758  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5184  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  61.54 
 
 		 65 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4879  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 97 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5270  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 79 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1855  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.60085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5175  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 73 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0435  DNA-binding protein  51.67 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 75 aa  65.1  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0407  helix-turn-helix domain-containing protein  52.24 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000097753  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0397  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000557711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>