More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3571 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.38 
 
 
459 aa  650  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.34801e-06  unclonable  3.36351e-08 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.77 
 
 
458 aa  637  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
455 aa  920  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.38 
 
 
455 aa  659  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  4.04182e-09 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  66.96 
 
 
458 aa  643  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.03 
 
 
454 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  67.26 
 
 
449 aa  628  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  2.6524e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  66.89 
 
 
458 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  1.37847e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  66.67 
 
 
458 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  67.04 
 
 
449 aa  627  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  67.04 
 
 
449 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  67.71 
 
 
449 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  66.82 
 
 
449 aa  591  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  62.88 
 
 
466 aa  551  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  56.92 
 
 
453 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  59.05 
 
 
471 aa  516  1e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.66 
 
 
467 aa  249  7e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1563  two-component sensor protein  36.29 
 
 
462 aa  243  4e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0211218  unclonable  3.59419e-12 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2798  two-component sensor protein  34.62 
 
 
462 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1676  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2265  two-component sensor protein  34.93 
 
 
464 aa  235  1e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.6955e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  35.08 
 
 
453 aa  232  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00150  two-component sensor protein  34.9 
 
 
468 aa  229  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  33.41 
 
 
455 aa  228  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  40.05 
 
 
457 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  40.05 
 
 
457 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  40.05 
 
 
457 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  40.05 
 
 
457 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.60495e-07 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  33.41 
 
 
455 aa  226  5e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002218  copper sensory histidine kinase CpxA  34.49 
 
 
464 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00500804  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03797  two-component sensor protein  40.74 
 
 
457 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03746  hypothetical protein  40.74 
 
 
457 aa  223  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.228988  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
459 aa  223  5e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.58656e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4445  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5366  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.135229  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  40.48 
 
 
457 aa  221  2e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  40.48 
 
 
457 aa  220  4e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0127  two-component sensor protein  39.52 
 
 
456 aa  220  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.581229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0135  two-component sensor protein  39.26 
 
 
456 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4811  two-component sensor protein  36.38 
 
 
457 aa  218  3e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  31.42 
 
 
472 aa  215  1e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4133  two-component sensor protein  38.63 
 
 
458 aa  215  1e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000603711  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0083  two-component sensor protein  38.63 
 
 
458 aa  215  1e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0080  two-component sensor protein  38.63 
 
 
458 aa  215  1e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3851  two-component sensor protein  39.44 
 
 
456 aa  214  2e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4034  two-component sensor protein  38.98 
 
 
456 aa  214  3e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4061  two-component sensor protein  39.95 
 
 
457 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000114618  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  33.62 
 
 
465 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  36.53 
 
 
452 aa  210  5e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.27 
 
 
389 aa  200  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.31 
 
 
442 aa  185  2e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
449 aa  183  5e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  35.15 
 
 
449 aa  183  5e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  38.36 
 
 
381 aa  182  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  38.01 
 
 
465 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  34.85 
 
 
449 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
445 aa  181  3e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 
440 aa  180  5e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  37.41 
 
 
412 aa  179  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
420 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.81 
 
 
457 aa  176  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 
435 aa  176  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  9.971e-12 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  30.77 
 
 
416 aa  175  1e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  35.96 
 
 
429 aa  174  2e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  34.95 
 
 
456 aa  174  3e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
419 aa  173  6e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
421 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
429 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
454 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  36.88 
 
 
480 aa  170  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
439 aa  169  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
455 aa  167  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
469 aa  165  1e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  36.25 
 
 
468 aa  165  1e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6144  Signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 
433 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
427 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  35.13 
 
 
471 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  33 
 
 
428 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  37.28 
 
 
428 aa  156  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
423 aa  153  6e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 
449 aa  153  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
444 aa  153  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  34.13 
 
 
450 aa  152  9e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  32.82 
 
 
435 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.17 
 
 
433 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
446 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  1.82562e-05 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  30.81 
 
 
457 aa  152  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
471 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
445 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
448 aa  149  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  34.47 
 
 
461 aa  149  1e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  33.22 
 
 
449 aa  149  1e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  36.9 
 
 
428 aa  149  1e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
446 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  5.01512e-05  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
446 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
446 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.82 
 
 
417 aa  146  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0627622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>