More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3570 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  100 
 
 
227 aa  454  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  76.65 
 
 
228 aa  362  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  85.84 
 
 
227 aa  361  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  83.19 
 
 
227 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  81.86 
 
 
227 aa  352  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  75.66 
 
 
226 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  72.69 
 
 
228 aa  314  9e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  76.21 
 
 
228 aa  298  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  299  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  298  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  76.21 
 
 
228 aa  297  9e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  76.65 
 
 
228 aa  296  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  76.21 
 
 
228 aa  296  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  60.35 
 
 
229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  60.35 
 
 
229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  61.61 
 
 
228 aa  280  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 
228 aa  272  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.05 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.19 
 
 
232 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.48 
 
 
232 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.48 
 
 
232 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.48 
 
 
232 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.48 
 
 
232 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  59.48 
 
 
232 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.62 
 
 
232 aa  256  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.19 
 
 
232 aa  254  6e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.41 
 
 
232 aa  252  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.01 
 
 
232 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.01 
 
 
232 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  58.01 
 
 
232 aa  250  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.22 
 
 
232 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  54.78 
 
 
238 aa  248  8e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  56.7 
 
 
226 aa  246  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  56.7 
 
 
226 aa  246  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.79 
 
 
232 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  54.87 
 
 
227 aa  242  3.9999999999999997e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  53.95 
 
 
235 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  50.43 
 
 
242 aa  226  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 
235 aa  222  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 
230 aa  221  8e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  48.91 
 
 
231 aa  221  9e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  48 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  49.11 
 
 
249 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 
232 aa  217  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  47.84 
 
 
233 aa  217  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 
231 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  50.22 
 
 
247 aa  210  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  45.74 
 
 
246 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 
222 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
230 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  46.72 
 
 
233 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.42 
 
 
229 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  43.81 
 
 
229 aa  200  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 
253 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 
223 aa  197  9e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 
229 aa  197  9e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  49.34 
 
 
225 aa  195  6e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
226 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  46.46 
 
 
225 aa  191  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
225 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
225 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 
228 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 
229 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 
225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000277452 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  46.02 
 
 
225 aa  189  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 
225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  0.0000110419 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  40.81 
 
 
228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 
232 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
244 aa  188  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  48.68 
 
 
225 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 
228 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3589  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.02 
 
 
225 aa  187  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110518  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.05 
 
 
226 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  49.12 
 
 
225 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
230 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.61 
 
 
235 aa  185  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 
244 aa  185  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
234 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
234 aa  184  8e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  46.02 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 
232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 
240 aa  182  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  43.81 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 
245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 
236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00938  transcriptional regulatory protein CpxR  44.39 
 
 
236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000268904  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
247 aa  181  6e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>