More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3562 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  608  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  81.44 
 
 		 295 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  81.1 
 
 		 293 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 295 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  80.07 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 295 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 		 295 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  79.93 
 
 		 295 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  79.59 
 
 		 295 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 295 aa  487  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  76.11 
 
 		 294 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 302 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  65.17 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  40.21 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  40.21 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  40.21 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  40.21 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  40.21 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 295 aa  232  7.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 295 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  31.67 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 311 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  33.45 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  33.45 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 296 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.56 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>