60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3559 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3559  hypothetical protein  100 
 
 
182 aa  371  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0284  hypothetical protein  56.18 
 
 
178 aa  220  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4649  hypothetical protein  53.89 
 
 
183 aa  192  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.851642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3928  hypothetical protein  53.8 
 
 
181 aa  176  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0268  hypothetical protein  50.6 
 
 
168 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0268  hypothetical protein  49.4 
 
 
168 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0263  hypothetical protein  50.3 
 
 
168 aa  167  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.624489 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0260  hypothetical protein  49.4 
 
 
168 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0373  hypothetical protein  43.5 
 
 
179 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0260  hypothetical protein  47.83 
 
 
177 aa  160  7e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.454469  hitchhiker  0.00000127449 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3762  hypothetical protein  47.83 
 
 
177 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4470  hypothetical protein  47.2 
 
 
177 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3425  hypothetical protein  45.25 
 
 
178 aa  158  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.31492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0259  hypothetical protein  47.2 
 
 
177 aa  158  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000328034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0322  hypothetical protein  45.64 
 
 
174 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482084  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3456  hypothetical protein  41.92 
 
 
184 aa  132  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0467663  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3486  hypothetical protein  36.09 
 
 
181 aa  108  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.160248 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0399  hypothetical protein  36.21 
 
 
172 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5857  hypothetical protein  34.62 
 
 
190 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001906  hypothetical protein  35.43 
 
 
193 aa  98.2  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00586  hypothetical protein  38.86 
 
 
193 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1316  hypothetical protein  32.74 
 
 
186 aa  95.9  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1319  hypothetical protein  32.74 
 
 
186 aa  95.9  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2319  hypothetical protein  32.45 
 
 
196 aa  95.1  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67650  hypothetical protein  32.47 
 
 
190 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0341  hypothetical protein  29.65 
 
 
207 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1026  hypothetical protein  32.05 
 
 
184 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5856  hypothetical protein  34.91 
 
 
173 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.480656  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2650  hypothetical protein  32.76 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0768  hypothetical protein  32.32 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0048  PKD domain containing protein  30.72 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0014  hypothetical protein  32.68 
 
 
175 aa  75.9  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.997944  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3260  hypothetical protein  33.81 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0342  hypothetical protein  35 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0244  hypothetical protein  29.94 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4820  hypothetical protein  31.9 
 
 
210 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01590  hypothetical protein  31.76 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0355  hypothetical protein  30.26 
 
 
210 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67640  hypothetical protein  33.56 
 
 
173 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45880  hypothetical protein  30.12 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45870  hypothetical protein  35.34 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4819  hypothetical protein  35.29 
 
 
193 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0356  hypothetical protein  32.12 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4141  hypothetical protein  33.11 
 
 
188 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4142  hypothetical protein  26.67 
 
 
206 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0501  hypothetical protein  26.32 
 
 
171 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510375  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4894  hypothetical protein  50 
 
 
140 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56190  hypothetical protein  33.73 
 
 
140 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3257  hypothetical protein  45.65 
 
 
140 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2821  hypothetical protein  32.86 
 
 
178 aa  44.7  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000141194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3496  hypothetical protein  42.86 
 
 
144 aa  43.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00242449  hitchhiker  0.00393071 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2860  hypothetical protein  39.39 
 
 
150 aa  43.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000013794  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0976  hypothetical protein  26.5 
 
 
272 aa  42.7  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00200448  hitchhiker  0.000161886 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0696  hypothetical protein  44.68 
 
 
203 aa  42  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1246  putative lipoprotein  38 
 
 
147 aa  42  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
211 aa  42  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2601  hypothetical protein  30.1 
 
 
151 aa  41.6  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000020827  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0184  hypothetical protein  47.22 
 
 
194 aa  41.6  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2066  ATP-binding region, ATPase-like  40.43 
 
 
161 aa  41.2  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000294793  normal  0.545491 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  31.62 
 
 
861 aa  41.2  0.009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>