26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3504 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3504  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 221 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4589  TPR repeat-containing protein  58.74 
 
 		 226 aa  252  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000195953 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0347  TPR repeat-containing protein  56.52 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0393217  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0354  TPR repeat-containing protein  56.09 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0784365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0349  TPR repeat-containing protein  56.71 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0357  TPR domain-containing protein  56.71 
 
 		 234 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000167049  decreased coverage  0.00000000909482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0324  TPR repeat-containing protein  53.28 
 
 		 234 aa  234  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3816  TPR repeat-containing protein  55.88 
 
 		 234 aa  228  7e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3619  TPR repeat-containing protein  54.85 
 
 		 234 aa  224  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0353  TPR domain-containing protein  54.41 
 
 		 232 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3473  TPR repeat-containing protein  51.1 
 
 		 269 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0359  TPR repeat-containing protein  47.75 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3823  hypothetical protein  32.54 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28691  hypothetical protein  41.41 
 
 		 306 aa  51.2  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39 
 
 		 406 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  39 
 
 		 406 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28721  hypothetical protein  37.11 
 
 		 706 aa  48.9  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1228  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 297 aa  43.9  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0213  hypothetical protein  25.64 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  43.33 
 
 		 993 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28711  hypothetical protein  39.44 
 
 		 334 aa  42  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  33.66 
 
 		 462 aa  42  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28681  hypothetical protein  33.33 
 
 		 539 aa  42  0.008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.71597 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13031  TPR repeat-containing protein  41.67 
 
 		 306 aa  42  0.008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0823406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0454  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  44.44 
 
 		 357 aa  42  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2135  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.64 
 
 		 373 aa  42  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.204203  normal  0.945333 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>