More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3502 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  80.76 
 
 		 554 aa  953    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  84.75 
 
 		 555 aa  1002    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  85.12 
 
 		 551 aa  1001    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  80.4 
 
 		 554 aa  928    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  81.13 
 
 		 554 aa  959    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  74.59 
 
 		 555 aa  900    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  80.22 
 
 		 554 aa  949    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  80.22 
 
 		 554 aa  949    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  75.68 
 
 		 575 aa  882    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  81.13 
 
 		 554 aa  957    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  80.04 
 
 		 554 aa  945    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  81.13 
 
 		 554 aa  957    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  78.22 
 
 		 551 aa  932    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  81.13 
 
 		 554 aa  958    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 551 aa  1140    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  82.4 
 
 		 551 aa  972    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.18 
 
 		 563 aa  561  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 563 aa  559  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  47.43 
 
 		 559 aa  556  1e-157  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.54 
 
 		 563 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  49.34 
 
 		 546 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  46.62 
 
 		 547 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  47.74 
 
 		 558 aa  511  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  43.53 
 
 		 546 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 555 aa  468  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  41.53 
 
 		 547 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  42.6 
 
 		 563 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  44.3 
 
 		 559 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 		 555 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  42.36 
 
 		 555 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  40.51 
 
 		 551 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  41.62 
 
 		 555 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  41.12 
 
 		 547 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  41.34 
 
 		 560 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  39.53 
 
 		 555 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 566 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  39.37 
 
 		 555 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  38.41 
 
 		 598 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  38.41 
 
 		 598 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  38.41 
 
 		 553 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  38.49 
 
 		 553 aa  395  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 		 607 aa  274  3e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 		 609 aa  262  1e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  28.43 
 
 		 607 aa  262  1e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.6 
 
 		 610 aa  261  3e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 623 aa  259  9e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 610 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  29.86 
 
 		 592 aa  255  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 590 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.38 
 
 		 599 aa  255  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 		 596 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 		 618 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 603 aa  252  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 		 626 aa  249  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 615 aa  249  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.57 
 
 		 610 aa  248  2e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 		 616 aa  247  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 		 605 aa  247  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 610 aa  244  3e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 594 aa  244  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 		 633 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 604 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 590 aa  241  2e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 		 603 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 		 633 aa  241  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 		 604 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 		 607 aa  240  4e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 610 aa  239  8e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  28.74 
 
 		 587 aa  239  9e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 605 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 604 aa  237  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  30.5 
 
 		 592 aa  236  8e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 645 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 		 603 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 602 aa  233  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 		 602 aa  231  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 607 aa  231  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 600 aa  232  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 620 aa  230  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 672 aa  230  6e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 		 663 aa  228  1e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 630 aa  228  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 		 601 aa  227  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 		 604 aa  227  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  28.75 
 
 		 608 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 592 aa  226  6e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.77 
 
 		 602 aa  225  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29 
 
 		 614 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 596 aa  224  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 615 aa  224  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 		 609 aa  224  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.5 
 
 		 601 aa  223  6e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 601 aa  223  8e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 613 aa  223  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.94 
 
 		 598 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.82 
 
 		 611 aa  221  1.9999999999999999e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 		 602 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 602 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 602 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 		 622 aa  220  6e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>