More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3398 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  100 
 
 		 98 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  73.08 
 
 		 98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  57.45 
 
 		 108 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  59.05 
 
 		 223 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  53.85 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  53.06 
 
 		 318 aa  102  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3008  cytochrome c, class I  57.83 
 
 		 196 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  61.18 
 
 		 205 aa  102  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  61.18 
 
 		 205 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  55.1 
 
 		 107 aa  100  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  52.88 
 
 		 104 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  52.69 
 
 		 200 aa  99  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  50.57 
 
 		 193 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  50.48 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 206 aa  95.5  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  56.82 
 
 		 108 aa  95.9  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  49.06 
 
 		 206 aa  95.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0229  cytochrome c  50 
 
 		 205 aa  95.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.779368  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  55.84 
 
 		 205 aa  94.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  47.66 
 
 		 206 aa  94.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 207 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 207 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 207 aa  94  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  55.06 
 
 		 206 aa  94  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  45.28 
 
 		 207 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  45.28 
 
 		 207 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  45.28 
 
 		 207 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  45.28 
 
 		 207 aa  94  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  49.53 
 
 		 206 aa  93.6  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  43.52 
 
 		 207 aa  93.2  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  48.11 
 
 		 206 aa  92  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  51.9 
 
 		 221 aa  90.5  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2409  cytochrome c-552  56.16 
 
 		 103 aa  89.4  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  46.23 
 
 		 206 aa  90.1  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0313  cytochrome c552  55.71 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.577665  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  51.43 
 
 		 207 aa  89  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  46 
 
 		 105 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  46 
 
 		 105 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  46 
 
 		 105 aa  89  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  45.28 
 
 		 207 aa  88.2  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  56.58 
 
 		 109 aa  87.8  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  51.9 
 
 		 202 aa  87  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  52.81 
 
 		 113 aa  86.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  41.51 
 
 		 207 aa  86.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0810  putative cytochrome c4 precursor  50.57 
 
 		 198 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0013  cytochrome c, class I  46.67 
 
 		 229 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3908  cytochrome c, class I  60.26 
 
 		 107 aa  84.3  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2630  cytochrome c, class I  42.24 
 
 		 220 aa  83.6  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.930488  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0391  cytochrome c, class I  52.48 
 
 		 101 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.401855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5418  cytochrome c, class I  54.41 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  45.16 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  46.43 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  46.59 
 
 		 105 aa  82  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3651  cytochrome c, class I  64.63 
 
 		 112 aa  82.4  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  43.16 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  48.19 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  49.37 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  45.83 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5803  cytochrome c class I  49.43 
 
 		 179 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.182127  normal  0.316784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  49.37 
 
 		 205 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  49.37 
 
 		 205 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  48.48 
 
 		 211 aa  80.5  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  44.79 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  49.37 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  44.9 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0261  cytochrome C, c4  39.58 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  48.78 
 
 		 205 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0287  cytochrome c, class I  39.58 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.745608 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  54.29 
 
 		 104 aa  77  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0040  cytochrome c class I  50.63 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  39.8 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  39.56 
 
 		 103 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  50.7 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  45.16 
 
 		 153 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  39.05 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  44 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0751  cytochrome c, class I  44.55 
 
 		 112 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  44 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  47.62 
 
 		 219 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  49.32 
 
 		 112 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  49.4 
 
 		 217 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  37 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  47.62 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05667  cytochrome-c oxidase  44.87 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  47.62 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3050  cytochrome c, class I  47.19 
 
 		 106 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0053  cytochrome c, class I  41.05 
 
 		 203 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.301772 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  41 
 
 		 115 aa  72.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5760  cytochrome c class I  46.75 
 
 		 266 aa  72  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  52.38 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  48.15 
 
 		 217 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  39.8 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2873  cytochrome c family protein  42.11 
 
 		 262 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  44.3 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3611  cytochrome c class I  45.68 
 
 		 217 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00161979  hitchhiker  0.0000000311228 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  45.57 
 
 		 225 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  48.53 
 
 		 208 aa  70.9  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  52.17 
 
 		 256 aa  70.9  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5681  cytochrome c class I  51.56 
 
 		 226 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670247  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>