44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3388 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3388  hypothetical protein  100 
 
 
153 aa  300  4.0000000000000003e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000297052  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0545  hypothetical protein  75.5 
 
 
156 aa  240  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000254909  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0469  hypothetical protein  73.86 
 
 
156 aa  236  8e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000206621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0490  hypothetical protein  73.86 
 
 
156 aa  236  8e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000583526  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3850  hypothetical protein  73.2 
 
 
156 aa  235  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0149984  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4130  hypothetical protein  72.55 
 
 
154 aa  234  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0463  hypothetical protein  74.34 
 
 
157 aa  233  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000652394  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0493  protein of unknown function DUF107  73.2 
 
 
156 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000358021  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4507  hypothetical protein  71.52 
 
 
153 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0857402  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3503  hypothetical protein  74.51 
 
 
156 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000560855  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0449  hypothetical protein  74.51 
 
 
156 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00108597  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0414  hypothetical protein  71.05 
 
 
155 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0427482  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3678  hypothetical protein  73.51 
 
 
156 aa  231  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0462  hypothetical protein  71.05 
 
 
159 aa  230  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3072  hypothetical protein  70.95 
 
 
159 aa  223  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0660116  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3401  hypothetical protein  64.47 
 
 
153 aa  215  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  30.14 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  28.97 
 
 
153 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  29.17 
 
 
151 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3005  protein of unknown function DUF107  27.14 
 
 
144 aa  50.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0971  protein of unknown function DUF107  26.8 
 
 
158 aa  48.5  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.160889  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0728  hypothetical protein  27.4 
 
 
152 aa  48.9  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  30.92 
 
 
148 aa  48.9  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0403  hypothetical protein  30.56 
 
 
143 aa  47  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.168649 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  27.59 
 
 
153 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1187  protein of unknown function DUF107  28.1 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1056  protein of unknown function DUF107  30.34 
 
 
153 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0532  protein of unknown function DUF107  28.67 
 
 
167 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.710342 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2246  protein of unknown function DUF107  30 
 
 
143 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353999 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0479  protein of unknown function DUF107  23.29 
 
 
147 aa  44.3  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0465  protein of unknown function DUF107  23.29 
 
 
147 aa  44.3  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1572  hypothetical protein  27.81 
 
 
436 aa  43.9  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.951288  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0505  protein of unknown function DUF107  27.27 
 
 
147 aa  43.5  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2309  hypothetical protein  26.43 
 
 
149 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  29.55 
 
 
151 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1951  hypothetical protein  28.19 
 
 
154 aa  42.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.370736  normal  0.0226545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2767  nodulation efficiency protein NfeD  29.45 
 
 
464 aa  42.4  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1329  hypothetical protein  24.44 
 
 
136 aa  42.7  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.259806  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0749  protein of unknown function DUF107  33.97 
 
 
464 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.482474 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1783  hypothetical protein  27.27 
 
 
490 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  22.54 
 
 
153 aa  41.6  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0819  protein of unknown function DUF107  33.97 
 
 
462 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.273876  normal  0.314261 
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  27.7 
 
 
154 aa  41.2  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  28.95 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.165584 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>