182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3340 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 685 aa  1409    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  38.55 
 
 		 749 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 		 718 aa  419  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 705 aa  378  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 705 aa  328  2.0000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 713 aa  194  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  27.24 
 
 		 708 aa  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 708 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 713 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 713 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 713 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 713 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 713 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 780 aa  173  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 793 aa  169  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 713 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 714 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  24.58 
 
 		 772 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 717 aa  157  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  25.46 
 
 		 701 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 767 aa  150  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 744 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 729 aa  144  6e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 766 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 741 aa  137  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 716 aa  134  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 750 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 766 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 769 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  23.12 
 
 		 775 aa  128  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 758 aa  125  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  25.35 
 
 		 710 aa  124  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  25.63 
 
 		 698 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 672 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  25.82 
 
 		 725 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 768 aa  112  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 721 aa  109  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  24.69 
 
 		 688 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  24.76 
 
 		 688 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  24.37 
 
 		 688 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  24.23 
 
 		 669 aa  103  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  22.92 
 
 		 691 aa  100  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 697 aa  100  8e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  23.21 
 
 		 695 aa  100  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  24.09 
 
 		 687 aa  99.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  22.84 
 
 		 696 aa  99.4  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  23.1 
 
 		 724 aa  99  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 		 668 aa  98.2  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  22.29 
 
 		 699 aa  96.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 673 aa  94.4  6e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  23.63 
 
 		 726 aa  94  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  23.98 
 
 		 676 aa  92.4  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  22.66 
 
 		 684 aa  90.9  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 749 aa  90.1  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 745 aa  89.7  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 749 aa  89.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  29.82 
 
 		 723 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 745 aa  89.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 745 aa  89.7  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  23.82 
 
 		 676 aa  89.7  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  21.77 
 
 		 753 aa  89  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  21.92 
 
 		 745 aa  88.6  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  23.21 
 
 		 662 aa  87.4  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  22.07 
 
 		 710 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  29.36 
 
 		 719 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 681 aa  86.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  22.29 
 
 		 758 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 773 aa  85.9  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0745  TonB-dependent receptor, plug  21.95 
 
 		 758 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  22.34 
 
 		 687 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 694 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 760 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  22.51 
 
 		 713 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3505  outer membrane insertion C-terminal signal  22.29 
 
 		 758 aa  84  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  27.3 
 
 		 688 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  21.61 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  21.61 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  21.61 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  22.17 
 
 		 687 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  21.83 
 
 		 758 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  22.17 
 
 		 687 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 683 aa  76.3  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  21.37 
 
 		 706 aa  75.5  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  26.79 
 
 		 667 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  26.01 
 
 		 687 aa  73.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0159  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 727 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630357  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  22.4 
 
 		 758 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2932  putative iron complex outermembrane recepter protein  23.77 
 
 		 685 aa  71.2  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  20.95 
 
 		 680 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  21.34 
 
 		 699 aa  69.3  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4359  TonB-dependent receptor  21.23 
 
 		 682 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503749 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  20.68 
 
 		 685 aa  67.4  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  28 
 
 		 661 aa  67  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 684 aa  66.6  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0470  TonB-dependent copper receptor  25.22 
 
 		 663 aa  65.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  20.66 
 
 		 681 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  20.63 
 
 		 685 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  26.49 
 
 		 686 aa  63.9  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  26.49 
 
 		 681 aa  63.9  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>