291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3269 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0665  beta-galactosidase  35.57 
 
 		 1112 aa  656    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0580  glycoside hydrolase family protein  64.39 
 
 		 1077 aa  1400    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4018  beta-galactosidase  62.14 
 
 		 1059 aa  1389    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000751059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3614  glycoside hydrolase family protein  36.95 
 
 		 1094 aa  651    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4484  glycoside hydrolase family protein  37.69 
 
 		 1049 aa  678    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.137937  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4065  glycoside hydrolase family protein  37.98 
 
 		 1045 aa  700    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.212111  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3269  Beta-galactosidase  100 
 
 		 1076 aa  2219    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00255337 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1625  glycoside hydrolase family 42 protein  38.97 
 
 		 1084 aa  720    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00573488  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2038  Beta-galactosidase  37.37 
 
 		 1046 aa  682    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3118  glycoside hydrolase family protein  37.78 
 
 		 1043 aa  735    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1559  glycoside hydrolase family protein  38.63 
 
 		 1084 aa  714    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000116157  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2717  Beta-galactosidase  35.5 
 
 		 1045 aa  626  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.945973 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4139  Beta-galactosidase  37.6 
 
 		 1129 aa  625  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.852691 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3903  Beta-galactosidase  35.1 
 
 		 1063 aa  622  1e-176  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.120366  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1807  Beta-galactosidase  36.08 
 
 		 1035 aa  622  1e-176  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.489965  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2019  beta-D-galactosidase  35.31 
 
 		 1035 aa  618  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0466092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1221  beta-galactosidase  34.91 
 
 		 1455 aa  614  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1917  beta-D-galactosidase  35.87 
 
 		 1044 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0821  glycoside hydrolase family protein  33.09 
 
 		 1079 aa  597  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00114768  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3226  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  35.53 
 
 		 1033 aa  592  1e-167  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.553706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0928  beta-D-galactosidase  35.69 
 
 		 1028 aa  587  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000620353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0824  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.9 
 
 		 1264 aa  577  1.0000000000000001e-163  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.0000954733  decreased coverage  0.00757756 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1768  beta-D-galactosidase  36.4 
 
 		 1043 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.035592  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1261  beta-D-galactosidase  35.94 
 
 		 1032 aa  575  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000337049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1362  beta-D-galactosidase  36.21 
 
 		 1043 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00215799  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2493  Beta-galactosidase  37.59 
 
 		 1043 aa  573  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00275  beta-D-galactosidase  33.64 
 
 		 1041 aa  570  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2834  beta-D-galactosidase  35.06 
 
 		 1050 aa  570  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.677484  normal  0.179493 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1739  beta-D-galactosidase  34.82 
 
 		 1066 aa  568  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000361485  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1011  Beta-galactosidase  33.18 
 
 		 1019 aa  567  1e-160  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00111283  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0534  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.78 
 
 		 1013 aa  568  1e-160  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1629  beta-D-galactosidase  34.82 
 
 		 1066 aa  568  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.893337  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3173  beta-D-galactosidase  37.21 
 
 		 1029 aa  568  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00462554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2733  beta-D-galactosidase  34.24 
 
 		 1036 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000508239  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2370  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.07 
 
 		 1026 aa  564  1.0000000000000001e-159  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0768675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0375  beta-D-galactosidase  34.35 
 
 		 1024 aa  562  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000167859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2714  Beta-galactosidase  35.16 
 
 		 1020 aa  562  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.204643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0408  beta-D-galactosidase  34.14 
 
 		 1024 aa  557  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  0.0000000000000144327  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0368  beta-D-galactosidase  34.14 
 
 		 1024 aa  557  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000219694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00298  beta-D-galactosidase  34.14 
 
 		 1024 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000026518  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3262  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  34.14 
 
 		 1024 aa  555  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000877394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00302  hypothetical protein  34.14 
 
 		 1024 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000375259  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3281  beta-D-galactosidase  34.05 
 
 		 1024 aa  551  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000245928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0715  Beta-galactosidase  32.86 
 
 		 1024 aa  549  1e-154  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4102  Beta-galactosidase  32.43 
 
 		 1108 aa  546  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.283499  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119488  Beta-galactosidase, putative  33.9 
 
 		 1164 aa  542  9.999999999999999e-153  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.873023  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0417  beta-D-galactosidase  33.55 
 
 		 1024 aa  539  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000241482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002658  beta-D-galactosidase alpha subunit  30.45 
 
 		 1032 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.454065  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02945  cryptic beta-D-galactosidase, alpha subunit  31.5 
 
 		 1030 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0625  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.5 
 
 		 1030 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02895  hypothetical protein  31.5 
 
 		 1030 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0624  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.37 
 
 		 1030 aa  532  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1316  beta-D-galactosidase  33.33 
 
 		 1036 aa  529  1e-149  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4390  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.37 
 
 		 1030 aa  531  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3370  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.37 
 
 		 1030 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3543  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.46 
 
 		 1030 aa  530  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3258  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.3 
 
 		 1030 aa  528  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1973  cryptic beta-D-galactosidase subunit alpha  31.99 
 
 		 1030 aa  520  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75541  hitchhiker  0.00919107 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1044  beta-D-galactosidase  33.89 
 
 		 1031 aa  521  1e-146  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.230358  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1218  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33 
 
 		 1041 aa  512  1e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000962199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1013  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.23 
 
 		 1033 aa  510  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.188379  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0896  beta-galactosidase  33.09 
 
 		 1017 aa  489  1e-137  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5411  beta-galactosidase  32.96 
 
 		 1008 aa  489  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111624  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0998  Beta-galactosidase  31.7 
 
 		 1012 aa  488  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00145387  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0195  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.86 
 
 		 1329 aa  486  1e-136  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0154  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.03 
 
 		 1030 aa  481  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02463  beta-galactosidase (Eurofung)  31.32 
 
 		 1023 aa  475  1e-132  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.220978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4961  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  33.68 
 
 		 1018 aa  470  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2469  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.92 
 
 		 1036 aa  467  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.362924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1366  beta-galactosidase  31.78 
 
 		 1026 aa  469  9.999999999999999e-131  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2720  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  32.21 
 
 		 1053 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0766  beta-galactosidase  28.98 
 
 		 1012 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.156765  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1666  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  29.79 
 
 		 1289 aa  450  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0750  beta-galactosidase  28.61 
 
 		 1009 aa  450  1e-125  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0186034  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0920  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.37 
 
 		 1005 aa  451  1e-125  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0700596  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0729  beta-galactosidase  31.31 
 
 		 1023 aa  446  1e-123  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0768617  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03201  beta-galactosidase (Eurofung)  29.61 
 
 		 1030 aa  442  9.999999999999999e-123  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.112028 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4911  Beta-galactosidase  30.87 
 
 		 1003 aa  432  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114803  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3466  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.78 
 
 		 968 aa  429  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.52907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3719  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.96 
 
 		 1004 aa  418  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3917  glycoside hydrolase family protein  33.15 
 
 		 1020 aa  419  9.999999999999999e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3379  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  31.94 
 
 		 992 aa  414  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1433  glycoside hydrolase family 2 TIM barrel  30.51 
 
 		 1003 aa  409  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3187  glycoside hydrolase family protein  31.13 
 
 		 1022 aa  388  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14320  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  30.69 
 
 		 992 aa  380  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30036  Beta-galactosidase (Lactase)  29.15 
 
 		 1021 aa  378  1e-103  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0855272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3257  glycoside hydrolase family protein  30.73 
 
 		 1017 aa  379  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4634  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  38.06 
 
 		 1424 aa  363  6e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.893507  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26640  beta-galactosidase/beta-glucuronidase  29.11 
 
 		 996 aa  352  2e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2025  glycoside hydrolase family protein  33.59 
 
 		 640 aa  352  3e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00409776  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0288  glycoside hydrolase family protein  31.8 
 
 		 628 aa  320  6e-86  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000148878  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3909  glycoside hydrolase family 2 sugar binding protein  31.73 
 
 		 1600 aa  284  5.000000000000001e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_3832  predicted protein  41.18 
 
 		 349 aa  246  1.9999999999999999e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2782  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  25.4 
 
 		 920 aa  214  7e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.396863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3122  Beta-galactosidase  27.95 
 
 		 972 aa  197  6e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2734  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  27.73 
 
 		 920 aa  194  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4225  glycoside hydrolase family protein  25.6 
 
 		 951 aa  186  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.812558  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1283  glycoside hydrolase family protein  26.28 
 
 		 987 aa  174  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.64034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1667  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  25.88 
 
 		 858 aa  161  8e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611357  normal  0.331093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2757  glycoside hydrolase family 2 sugar binding  28.54 
 
 		 805 aa  155  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.000135785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>