117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3260 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3260  porin  100 
 
 		 342 aa  680    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  73.52 
 
 		 348 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  73.64 
 
 		 347 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  72.78 
 
 		 342 aa  511  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  71.35 
 
 		 342 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  70.47 
 
 		 353 aa  498  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  68.75 
 
 		 361 aa  495  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  72.52 
 
 		 346 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  67.73 
 
 		 369 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  69.44 
 
 		 354 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  69.44 
 
 		 354 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  68.41 
 
 		 356 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  67.12 
 
 		 365 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  66.03 
 
 		 359 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  69.6 
 
 		 344 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  64.35 
 
 		 353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  57.62 
 
 		 354 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  58.89 
 
 		 352 aa  394  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  56.51 
 
 		 354 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  56.79 
 
 		 354 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  56.23 
 
 		 354 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  57.06 
 
 		 354 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  56.79 
 
 		 354 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  58.17 
 
 		 354 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  56.63 
 
 		 354 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  56.51 
 
 		 354 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  55.14 
 
 		 351 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  54.7 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  52.56 
 
 		 372 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  52.56 
 
 		 347 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  47.56 
 
 		 338 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  38.42 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  38.05 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  37.28 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  37.54 
 
 		 349 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  37.03 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.99 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  32.82 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  32.2 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  31.89 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.58 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  31.55 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.86 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  29.02 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  31 
 
 		 313 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  31 
 
 		 314 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.66 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  30.7 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  30.7 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  30.45 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  28.08 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  27.25 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  27.22 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.4 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  30.66 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  30.75 
 
 		 362 aa  94  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  28.2 
 
 		 339 aa  87  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.09 
 
 		 345 aa  82.8  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  27.2 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.27 
 
 		 367 aa  78.2  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  27.08 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  26.17 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  28.57 
 
 		 350 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  25.76 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  31.82 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.86 
 
 		 374 aa  58.5  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  23.17 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  22.89 
 
 		 368 aa  53.9  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.38 
 
 		 363 aa  53.5  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  32.65 
 
 		 361 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  25 
 
 		 360 aa  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  22.69 
 
 		 366 aa  50.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.43 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  25 
 
 		 359 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  20.54 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  27.14 
 
 		 385 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0818  porin  29.41 
 
 		 356 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  25.81 
 
 		 383 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  24.55 
 
 		 329 aa  46.6  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  26.2 
 
 		 413 aa  46.6  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  24.79 
 
 		 312 aa  46.6  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  25.91 
 
 		 311 aa  46.2  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3847  porin  23.75 
 
 		 354 aa  45.8  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  28.35 
 
 		 361 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  24.27 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  21.85 
 
 		 371 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  28.12 
 
 		 356 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  28.12 
 
 		 356 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  27.38 
 
 		 385 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  27.38 
 
 		 385 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  25.94 
 
 		 376 aa  45.4  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  28.12 
 
 		 356 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.04 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  27.38 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.12 
 
 		 327 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  27.91 
 
 		 356 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  27.76 
 
 		 358 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  27.66 
 
 		 357 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  24.37 
 
 		 344 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1057  OmpC family outer membrane porin  26.71 
 
 		 408 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117495  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>