74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3256 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3256  copper resistance B precursor  100 
 
 		 318 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.22863 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1946  putative copper resistance protein B  55.91 
 
 		 287 aa  326  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.300672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1234  copper resistance B precursor  51.52 
 
 		 326 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0449  copper resistance B precursor  50.3 
 
 		 326 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.835872  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0657  copper resistance protein B  55.36 
 
 		 346 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5101  copper resistance B precursor  53.36 
 
 		 421 aa  298  9e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.082477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1839  copper resistance B precursor  53 
 
 		 429 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.425584  hitchhiker  0.0000315743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1720  copper resistance B precursor  49.68 
 
 		 324 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.099384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5670  copper resistance protein B  53.88 
 
 		 360 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5337  copper resistance B precursor  49.36 
 
 		 324 aa  285  7e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6113  Cu(II)/Cu(I) resistance outer membrane protein CopB  51.59 
 
 		 495 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.109399  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2488  copper resistance B precursor  46.48 
 
 		 337 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519855  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1778  copper resistance B precursor  53.05 
 
 		 332 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.104151  normal  0.145157 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1325  copper resistance protein B  56.92 
 
 		 288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2339  copper resistance B precursor  54.94 
 
 		 343 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1267  copper resistance B precursor  42.24 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00955945  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3811  copper resistance B precursor  41.11 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  0.848683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37810  copper resistance protein B precursor  42.8 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0815776  normal  0.208347 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1494  copper resistance B precursor  35.98 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3232  copper resistance protein B  45.5 
 
 		 397 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197761  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0202  copper resistance B precursor  48.53 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1970  copper resistance B precursor  44.76 
 
 		 237 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0250  copper resistance B precursor  44.76 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4288  copper resistance B precursor  44.76 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.28688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3545  copper resistance B precursor  45.24 
 
 		 237 aa  189  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0320075  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0013  copper resistance B precursor  37.55 
 
 		 371 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.001908  normal  0.0882664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0013  copper resistance B precursor  37.55 
 
 		 371 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.188743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0015  copper resistance B precursor  37.55 
 
 		 371 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0966383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1712  copper resistance B precursor  42.79 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2217  copper resistance B precursor  38.32 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0429936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5182  copper resistance B precursor  43.28 
 
 		 371 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.336515  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5379  copper resistance B precursor  38.77 
 
 		 369 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.486591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0573  copper resistance B precursor  40.99 
 
 		 311 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.972949 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0273  copper resistance B precursor  45.67 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.500422  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3106  copper resistance B precursor  45.27 
 
 		 341 aa  179  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5375  copper resistance B precursor  45.21 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.357667 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3415  copper resistance B precursor  43.66 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1827  copper resistance B precursor  38.35 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1570  copper resistance B precursor  42.36 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.729928  normal  0.0120943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2351  copper resistance B precursor  45.03 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00270  Copper resistance B precursor  43.28 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2204  copper resistance protein B, putative  36.88 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3915  copper resistance protein B  42.86 
 
 		 258 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0381  copper resistance B precursor  40.37 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03131  copper resistance protein B  46.52 
 
 		 368 aa  169  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2220  copper resistance B precursor  38.98 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.205984  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1482  copper resistance B precursor  40.38 
 
 		 272 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000648661 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4396  copper resistance B precursor  37.93 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2930  copper resistance B precursor  34.46 
 
 		 347 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3622  copper resistance B precursor  40.09 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2491  copper resistance B precursor  40.09 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2457  copper resistance B precursor  34.27 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.379097  normal  0.733317 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2115  copper resistance B precursor  42.55 
 
 		 235 aa  156  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1708  copper resistance B precursor  41.15 
 
 		 237 aa  157  3e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00160337  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2630  copper resistance B precursor  39.8 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0785  copper resistance B precursor  41.36 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.969863  normal  0.401852 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1574  copper resistance B precursor  42.02 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2421  copper resistance B precursor  41.88 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.754821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2205  copper resistance B precursor  45.99 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4266  copper resistance B precursor  41.94 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.852956  decreased coverage  0.00992965 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1376  copper resistance B precursor  36.53 
 
 		 247 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379919  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00404  hypothetical protein  39.91 
 
 		 235 aa  143  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0347  copper resistance B precursor  37.63 
 
 		 236 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515255 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2135  copper resistance B precursor  39.89 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0189  putative copper resistance protein CopB precursor  36.79 
 
 		 260 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0696  putative copper-resistance protein CopB  34.8 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000706782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0711  copper resistance B precursor  35.2 
 
 		 354 aa  133  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136599 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1590  copper-resistance protein CopB  34.14 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000266353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0093  copper resistance B precursor  37.44 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0109  copper resistance protein B precursor  37.44 
 
 		 289 aa  119  9e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0127  copper resistance B precursor  34.29 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2931  hypothetical protein  26.67 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.771222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0800  copper resistance protein B  23.2 
 
 		 803 aa  52.4  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2345  hypothetical protein  21.86 
 
 		 1064 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>