72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3231 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  62.34 
 
 
555 aa  702  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  60.54 
 
 
555 aa  680  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  67.21 
 
 
556 aa  771  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  64.5 
 
 
562 aa  739  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04321e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  63.96 
 
 
563 aa  740  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  64.14 
 
 
563 aa  744  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  66.31 
 
 
562 aa  760  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  70.45 
 
 
556 aa  817  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  64.14 
 
 
563 aa  742  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  67.21 
 
 
556 aa  776  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  64.5 
 
 
562 aa  739  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  64.32 
 
 
562 aa  736  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  67.87 
 
 
554 aa  761  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  63.06 
 
 
563 aa  722  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  64.32 
 
 
562 aa  737  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  100 
 
 
556 aa  1135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  34.91 
 
 
562 aa  293  7e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  36.01 
 
 
562 aa  279  8e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  34.51 
 
 
559 aa  262  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  32.65 
 
 
547 aa  251  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  33.19 
 
 
556 aa  240  6e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  33.19 
 
 
566 aa  236  7e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  29.25 
 
 
552 aa  224  5e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  31.97 
 
 
551 aa  222  2e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  33.75 
 
 
546 aa  208  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  32.34 
 
 
544 aa  195  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  3.93022e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  28.9 
 
 
534 aa  194  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  31.34 
 
 
546 aa  194  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  30.49 
 
 
545 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  30.72 
 
 
611 aa  175  2e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  27.5 
 
 
565 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  31.86 
 
 
530 aa  160  5e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  30.91 
 
 
538 aa  154  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  28.02 
 
 
542 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  27.15 
 
 
660 aa  149  1e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.13292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  29.53 
 
 
622 aa  148  2e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  5.79847e-05  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  28.1 
 
 
541 aa  142  2e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  31.3 
 
 
467 aa  139  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  27.57 
 
 
656 aa  133  9e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  26.4 
 
 
459 aa  130  5e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.75912e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  24.49 
 
 
461 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  30.29 
 
 
463 aa  122  2e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  26.55 
 
 
462 aa  119  1e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  28.03 
 
 
467 aa  116  1e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  29.59 
 
 
532 aa  114  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  26.48 
 
 
501 aa  109  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  26.98 
 
 
527 aa  106  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  27.35 
 
 
462 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  29.73 
 
 
484 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  27.79 
 
 
456 aa  102  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  29.17 
 
 
455 aa  100  6e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  25.35 
 
 
520 aa  94.7  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  31.27 
 
 
455 aa  94.4  5e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  24.77 
 
 
529 aa  90.5  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  30.57 
 
 
543 aa  88.2  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  27.61 
 
 
653 aa  87.8  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  36.77 
 
 
603 aa  87.4  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  27.59 
 
 
525 aa  86.7  1e-15  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0657  hypothetical protein  26.69 
 
 
509 aa  84  6e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  25.15 
 
 
578 aa  83.2  1e-14  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1398  hypothetical protein  23.53 
 
 
728 aa  79.7  1e-13  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  29.22 
 
 
691 aa  76.3  1e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  23.5 
 
 
530 aa  75.5  2e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  24.37 
 
 
629 aa  74.7  4e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  23.27 
 
 
634 aa  73.6  8e-12  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  27.05 
 
 
381 aa  70.9  6e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  23.26 
 
 
378 aa  69.7  1e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  28.8 
 
 
598 aa  68.9  2e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.08473e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  24.22 
 
 
603 aa  68.2  3e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1718  hypothetical protein  25.56 
 
 
371 aa  65.5  2e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0679747  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0429  hypothetical protein  29.5 
 
 
574 aa  64.7  4e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  24.11 
 
 
378 aa  60.1  9e-08  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>