163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3189 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3189  hypothetical protein  100 
 
 
184 aa  366  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.372005  normal  0.740442 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0640  hypothetical protein  88.04 
 
 
184 aa  332  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3391  protein of unknown function UPF0016  87.5 
 
 
184 aa  330  5e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3590  hypothetical protein  87.5 
 
 
184 aa  330  5e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.976053  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0895  hypothetical protein  86.96 
 
 
184 aa  329  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.363973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3467  hypothetical protein  86.96 
 
 
184 aa  329  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0950509  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0909  hypothetical protein  88.52 
 
 
197 aa  317  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0121906  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3028  hypothetical protein  87.98 
 
 
198 aa  317  7e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.521433 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0946  hypothetical protein  87.43 
 
 
198 aa  316  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.0960568 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1071  hypothetical protein  85.87 
 
 
197 aa  315  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3880  hypothetical protein  84.04 
 
 
188 aa  315  3e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000226161  hitchhiker  0.000000250469 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0914  hypothetical protein  86.96 
 
 
184 aa  314  4e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3939  hypothetical protein  80.32 
 
 
204 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.143914  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0575  hypothetical protein  78.26 
 
 
184 aa  290  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2940  hypothetical protein  74.46 
 
 
186 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.835594  normal  0.0290979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0682  hypothetical protein  72.83 
 
 
184 aa  267  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.634771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2248  hypothetical protein  58.47 
 
 
203 aa  207  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.35774  normal  0.686727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0115  hypothetical protein  55.49 
 
 
189 aa  199  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.454945  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3536  protein of unknown function UPF0016  57.14 
 
 
191 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57198  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2497  hypothetical protein  52.2 
 
 
200 aa  186  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3666  hypothetical protein  60.36 
 
 
194 aa  185  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4337  hypothetical protein  51.1 
 
 
188 aa  185  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001996  hypothetical protein  52.22 
 
 
184 aa  184  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00451  hypothetical protein  51.35 
 
 
184 aa  183  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0094  hypothetical protein  52.17 
 
 
190 aa  181  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00169792 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0880  hypothetical protein  52.17 
 
 
218 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0892  hypothetical protein  52.17 
 
 
218 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209746  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2378  hypothetical protein  51.63 
 
 
234 aa  178  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0802  hypothetical protein  58.66 
 
 
194 aa  177  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4128  hypothetical protein  51.09 
 
 
218 aa  177  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.37766  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0976  hypothetical protein  51.09 
 
 
190 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0349597 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0538  hypothetical protein  51.09 
 
 
190 aa  177  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4779  hypothetical protein  52.69 
 
 
192 aa  177  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0447  hypothetical protein  50.27 
 
 
191 aa  177  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.243135  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1017  hypothetical protein  51.09 
 
 
218 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0464  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00884521  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3026  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.754775  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1080  membrane protein  51.7 
 
 
189 aa  175  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2611  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4428  hypothetical protein  58.66 
 
 
194 aa  175  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0983  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.674293  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2920  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465994  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2980  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0164  hypothetical protein  50.81 
 
 
190 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549532  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4713  hypothetical protein  57.78 
 
 
194 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133421  normal  0.150702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41250  hypothetical protein  60.36 
 
 
193 aa  173  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396742  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0985  hypothetical protein  56.67 
 
 
194 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172763  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1609  hypothetical protein  51.4 
 
 
190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4103  hypothetical protein  50.81 
 
 
188 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6045  hypothetical protein  50.82 
 
 
204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.696957  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2039  protein of unknown function UPF0016  50 
 
 
196 aa  171  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.589069  hitchhiker  0.00000000898807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61260  hypothetical protein  61.31 
 
 
192 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0366  putative transmembrane protein  54.35 
 
 
191 aa  171  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0148  hypothetical protein  50 
 
 
188 aa  171  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1145  hypothetical protein  56.67 
 
 
194 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2100  hypothetical protein  49.46 
 
 
204 aa  170  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.636196 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0577  hypothetical protein  50.81 
 
 
193 aa  170  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.188553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0760  hypothetical protein  58.1 
 
 
194 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1610  hypothetical protein  47.03 
 
 
185 aa  170  1e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0788  hypothetical protein  58.1 
 
 
194 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.632611 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3484  protein of unknown function UPF0016  50.27 
 
 
192 aa  169  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0688  hypothetical protein  50 
 
 
190 aa  169  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155693  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1386  hypothetical protein  46.49 
 
 
185 aa  168  5e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1438  protein of unknown function UPF0016  49.16 
 
 
195 aa  168  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0925  hypothetical protein  49.73 
 
 
190 aa  167  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.21119  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4126  hypothetical protein  49.73 
 
 
192 aa  167  6e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5275  hypothetical protein  61.73 
 
 
192 aa  166  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.932867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4890  hypothetical protein  53.26 
 
 
196 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.716617  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0667  hypothetical protein  48.66 
 
 
191 aa  165  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2431  transmembrane protein  48.66 
 
 
206 aa  165  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447861  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2778  hypothetical protein  50 
 
 
188 aa  164  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.130489  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2251  protein of unknown function UPF0016  48.59 
 
 
190 aa  164  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305842  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0520  hypothetical protein  51.69 
 
 
187 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2072  hypothetical protein  48.35 
 
 
201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0921348  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2409  hypothetical protein  46.37 
 
 
183 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.936736  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1927  protein of unknown function UPF0016  48.02 
 
 
190 aa  160  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.14267  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0241  hypothetical protein  50.56 
 
 
191 aa  155  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5289  protein of unknown function UPF0016  49.72 
 
 
187 aa  154  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41260  hypothetical protein  46.96 
 
 
194 aa  151  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140731  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0887  hypothetical protein  47.85 
 
 
241 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159087  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3202  hypothetical protein  68.63 
 
 
102 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3626  hypothetical protein  45.6 
 
 
185 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1560  membrane protein-like protein  51.4 
 
 
190 aa  139  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00722707  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0516  protein of unknown function UPF0016  44.13 
 
 
187 aa  134  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.113311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0488  hypothetical protein  44.13 
 
 
205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0533  hypothetical protein  41.53 
 
 
187 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.559116  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0521  protein of unknown function UPF0016  44.13 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0794  hypothetical protein  35.52 
 
 
213 aa  108  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.552893  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10240  predicted membrane protein  38.54 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1312  hypothetical protein  39.11 
 
 
216 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0395  hypothetical protein  36.67 
 
 
216 aa  105  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000330292  normal  0.0708612 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1345  protein of unknown function UPF0016  37.7 
 
 
212 aa  101  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1390  protein of unknown function UPF0016  34.97 
 
 
216 aa  101  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.023314  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1237  protein of unknown function UPF0016  35.75 
 
 
218 aa  100  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1084  protein of unknown function UPF0016  34.97 
 
 
215 aa  99.8  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.517367  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1056  hypothetical protein  35.33 
 
 
231 aa  98.2  6e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.474109  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1137  protein of unknown function UPF0016  36.84 
 
 
219 aa  95.9  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.562577  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0745  hypothetical protein  37.1 
 
 
189 aa  94  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0996219  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2663  hypothetical protein  34.76 
 
 
204 aa  92.8  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0360  hypothetical protein  33.53 
 
 
185 aa  92.8  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>