More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3176 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3176  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 242 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  64.71 
 
 		 239 aa  307  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  60.34 
 
 		 241 aa  300  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  63.68 
 
 		 241 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2789  GntR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 241 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4146  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.994574  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 267 aa  105  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1447  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 243 aa  98.6  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5531  putative GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  33.75 
 
 		 264 aa  95.9  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.81 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 261 aa  93.6  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.47 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  33.04 
 
 		 255 aa  93.2  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  34.26 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  34.26 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  34.26 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  28.19 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  32.58 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  26.5 
 
 		 254 aa  90.1  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.96 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  31.74 
 
 		 256 aa  89  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  32.13 
 
 		 261 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  32.14 
 
 		 255 aa  89  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.48 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3965  regulatory protein GntR HTH  30.32 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01758  hypothetical protein  25.52 
 
 		 266 aa  88.2  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0266  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 247 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.88 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  31.94 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  31.94 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4175  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 261 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.723796 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  31.94 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  31.94 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  33.62 
 
 		 260 aa  86.3  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 252 aa  86.3  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  27.73 
 
 		 232 aa  85.5  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2324  regulatory protein  31.02 
 
 		 242 aa  85.5  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0011  GntR domain protein  33.78 
 
 		 254 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0620  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4399  GntR domain protein  32.55 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  30.63 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  32 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0016  GntR domain protein  33.78 
 
 		 254 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1674  GntR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3457  GntR domain protein  29.33 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.429076  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  33.33 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  30.4 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  30.4 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  30.4 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  30.4 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  30.4 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  31.82 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  32.27 
 
 		 253 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  30.29 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2688  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 279 aa  82.4  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.292579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  28.51 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  31.47 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  32.89 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  29.52 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0666  regulatory protein GntR HTH  25.96 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  32.87 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  32.75 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0660  regulatory protein GntR, HTH  25.96 
 
 		 259 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.519359  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  32.75 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  32.75 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  38.58 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  31.96 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  33.19 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  31.03 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  30.99 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.2 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  28.19 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.72 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  32.75 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>