More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3104 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  400  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  68.09 
 
 		 191 aa  277  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 193 aa  269  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  64.17 
 
 		 190 aa  264  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  64.48 
 
 		 202 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  64.48 
 
 		 202 aa  256  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 190 aa  256  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 189 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 202 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  64.48 
 
 		 201 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 200 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 201 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 201 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 194 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  56.54 
 
 		 205 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  56.28 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_0987  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 195 aa  155  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.995143  n/a   
 
 
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NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1288  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0315957  hitchhiker  0.00536276 
 
 
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NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
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NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 197 aa  107  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
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NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 196 aa  99.8  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
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NC_011832  Mpal_1456  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 203 aa  88.2  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007951  Bxe_A4300  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
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NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1039  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1076  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 196 aa  72  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.581791 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
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NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  41.76 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  24.69 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_3558  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410356 
 
 
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NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  30.5 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 192 aa  68.9  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0243  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B0619  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C0692  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.253039  normal  1 
 
 
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NC_011205  SeD_A0676  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0323458  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0633  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_0077  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.234691  normal  1 
 
 
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NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
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NC_002939  GSU2741  TetR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008751  Dvul_0665  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
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NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  28.78 
 
 		 195 aa  62  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_4747  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 192 aa  62  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.931681 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2735  TetR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
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NC_010552  BamMC406_5292  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 192 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.505597 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 190 aa  62  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0907  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3522  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4864  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.935636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5456  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  29.78 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5406  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313854  normal  0.0102978 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  29.7 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
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NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0986  TetR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 217 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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