215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2995 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  100 
 
 
417 aa  847  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  49.28 
 
 
404 aa  418  1e-115  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  47.42 
 
 
397 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  44.44 
 
 
405 aa  344  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  38.34 
 
 
403 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  28.81 
 
 
361 aa  110  4e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  36.11 
 
 
629 aa  109  9e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  36.11 
 
 
629 aa  109  9e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  37.57 
 
 
640 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  31.84 
 
 
589 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  36.11 
 
 
632 aa  109  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  31.2 
 
 
413 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  32.61 
 
 
619 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  26.4 
 
 
465 aa  94.4  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  28.12 
 
 
858 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  29.93 
 
 
590 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  29.91 
 
 
562 aa  87.4  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  23.48 
 
 
585 aa  83.6  6e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  29.33 
 
 
728 aa  83.6  6e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  23.48 
 
 
585 aa  83.6  6e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  23.48 
 
 
585 aa  83.6  6e-15  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  28.17 
 
 
750 aa  82.4  1e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  27.49 
 
 
462 aa  81.6  3e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  26.14 
 
 
632 aa  80.5  5e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  45.35 
 
 
204 aa  80.1  6e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  45.98 
 
 
203 aa  79.3  1e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  44.71 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  27.54 
 
 
617 aa  78.6  2e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  35.71 
 
 
614 aa  78.6  2e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  42.39 
 
 
219 aa  77.4  4e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  27.04 
 
 
557 aa  77.4  4e-13  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  27.27 
 
 
302 aa  77.4  5e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  43.02 
 
 
207 aa  76.6  7e-13  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  44.19 
 
 
206 aa  76.3  9e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  40.7 
 
 
206 aa  75.9  1e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  25.13 
 
 
631 aa  75.5  1e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  41.86 
 
 
206 aa  75.1  2e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  29.13 
 
 
671 aa  75.5  2e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  42.35 
 
 
207 aa  75.1  2e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  41.86 
 
 
207 aa  75.1  2e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  1.22116e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  40.7 
 
 
206 aa  74.3  3e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  40.7 
 
 
206 aa  74.3  3e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  41.18 
 
 
131 aa  74.7  3e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  40.7 
 
 
206 aa  74.3  4e-12  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  1.09888e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  40.7 
 
 
207 aa  74.3  4e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  40.7 
 
 
207 aa  74.3  4e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  9.10497e-08 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  32 
 
 
322 aa  73.9  5e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  42.86 
 
 
203 aa  73.9  5e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  41.57 
 
 
205 aa  73.9  5e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  5.07957e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0077  peptidase M56 BlaR1  34.69 
 
 
664 aa  73.6  6e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.559375 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3286  TonB family protein  34 
 
 
368 aa  73.6  6e-12  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  35.42 
 
 
206 aa  73.6  7e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  42.05 
 
 
206 aa  73.2  7e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  27.95 
 
 
647 aa  73.6  7e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  41.86 
 
 
206 aa  73.2  9e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  35.29 
 
 
206 aa  73.2  9e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  28.83 
 
 
596 aa  71.6  2e-11  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  45.16 
 
 
207 aa  72  2e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  37.65 
 
 
202 aa  71.2  4e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  30.06 
 
 
541 aa  70.9  4e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  41.18 
 
 
203 aa  70.9  4e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  32.43 
 
 
750 aa  70.9  4e-11  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  42.35 
 
 
203 aa  71.2  4e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  51.79 
 
 
223 aa  70.9  4e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  42.35 
 
 
203 aa  70.9  4e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2682  transport protein TonB  43.94 
 
 
248 aa  70.5  5e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258362  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  24.21 
 
 
442 aa  70.9  5e-11  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  31.68 
 
 
598 aa  70.5  6e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  28.8 
 
 
651 aa  69.7  8e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  27.27 
 
 
467 aa  69.7  8e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  41.18 
 
 
203 aa  70.1  8e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  41.18 
 
 
203 aa  69.7  9e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  41.18 
 
 
203 aa  69.7  9e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  39.53 
 
 
206 aa  69.7  9e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.59813e-05  hitchhiker  1.81204e-05 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2295  transport protein TonB  41.1 
 
 
251 aa  69.7  9e-11  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  34.72 
 
 
747 aa  69.3  1e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  25.88 
 
 
719 aa  68.6  2e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2185  transport protein TonB  36.99 
 
 
249 aa  67.8  3e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.150473  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  44.44 
 
 
581 aa  67.8  4e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  32.67 
 
 
206 aa  67.8  4e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  40.24 
 
 
203 aa  67  6e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1995  transport protein TonB  38.36 
 
 
252 aa  67  6e-10  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  27.61 
 
 
660 aa  66.2  1e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  43.55 
 
 
217 aa  65.9  1e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0573  TonB-like protein  50.75 
 
 
93 aa  65.5  2e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  34.52 
 
 
369 aa  65.1  2e-09  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6187  TonB family protein  23.95 
 
 
472 aa  64.3  4e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  33.65 
 
 
391 aa  63.9  4e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3515  TonB family protein  40.7 
 
 
152 aa  64.3  4e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0209136  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  38.71 
 
 
228 aa  63.9  5e-09  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  36.9 
 
 
370 aa  63.9  5e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  22.38 
 
 
413 aa  63.5  6e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2219  TonB family protein  37.33 
 
 
115 aa  63.5  7e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0449939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1946  transport protein TonB  38.46 
 
 
256 aa  63.2  8e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.940635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  24.48 
 
 
754 aa  63.2  8e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2147  transport protein TonB  38.46 
 
 
252 aa  63.2  8e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.380081  normal  0.047468 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0676  peptidase M23B  28.35 
 
 
482 aa  63.2  8e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2055  transport protein TonB  38.46 
 
 
256 aa  63.2  8e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  28.44 
 
 
299 aa  62.8  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2396  TonB family protein  37.5 
 
 
244 aa  62.4  1e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>