More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2871 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  100 
 
 		 359 aa  732    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  83.61 
 
 		 360 aa  614  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  79.17 
 
 		 364 aa  586  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  78.27 
 
 		 358 aa  567  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  76.47 
 
 		 358 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  76.47 
 
 		 358 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  76.19 
 
 		 358 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  76.47 
 
 		 358 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  75.79 
 
 		 357 aa  547  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  74.52 
 
 		 379 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  74.65 
 
 		 359 aa  551  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  73.26 
 
 		 358 aa  541  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  78.34 
 
 		 359 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  78.64 
 
 		 359 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  78.34 
 
 		 359 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  71.51 
 
 		 355 aa  499  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  62.17 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  61.83 
 
 		 352 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  61.54 
 
 		 352 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  60.95 
 
 		 351 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  62.68 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  61.31 
 
 		 354 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  61.24 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  60.95 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  66.01 
 
 		 353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  59.53 
 
 		 360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  58.06 
 
 		 372 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  58.28 
 
 		 352 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  56.6 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  60.65 
 
 		 352 aa  391  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  60.06 
 
 		 352 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  60.06 
 
 		 352 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  54.28 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  55.72 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  57.99 
 
 		 352 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  57.74 
 
 		 349 aa  381  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  56.25 
 
 		 352 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  54.41 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  54.41 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  52.25 
 
 		 358 aa  365  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  53.67 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  52.63 
 
 		 357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  53.51 
 
 		 357 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  58.39 
 
 		 304 aa  352  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  53.22 
 
 		 357 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  52.52 
 
 		 354 aa  348  7e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  53.12 
 
 		 354 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  52.82 
 
 		 354 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  50.88 
 
 		 405 aa  346  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  52.82 
 
 		 354 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  52.23 
 
 		 353 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  52.82 
 
 		 354 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  52.23 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 379 aa  342  8e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  51.34 
 
 		 352 aa  341  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  51.18 
 
 		 362 aa  341  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 361 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 383 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 392 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 408 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  53.43 
 
 		 364 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  50.88 
 
 		 407 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  53.41 
 
 		 349 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  50.89 
 
 		 429 aa  328  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  53.12 
 
 		 349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  49.27 
 
 		 348 aa  325  6e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 369 aa  324  1e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  48.6 
 
 		 353 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 404 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 403 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 406 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  48.97 
 
 		 404 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  45.96 
 
 		 352 aa  312  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 363 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  48.57 
 
 		 373 aa  296  3e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 360 aa  295  8e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  47.37 
 
 		 353 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  47.51 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  46.76 
 
 		 372 aa  290  3e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  44.99 
 
 		 380 aa  288  7e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  47.65 
 
 		 359 aa  286  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  46.99 
 
 		 371 aa  285  9e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  47.21 
 
 		 381 aa  285  9e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  48.26 
 
 		 365 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  44.28 
 
 		 357 aa  282  6.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  48.24 
 
 		 378 aa  280  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  49.12 
 
 		 354 aa  279  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>