More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2822 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.94 
 
 
734 aa  1045    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.94 
 
 
711 aa  1046    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.55 
 
 
713 aa  901    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 
700 aa  647    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.91 
 
 
697 aa  764    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.14 
 
 
701 aa  867    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
698 aa  635    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 
701 aa  672    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.49 
 
 
691 aa  907    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.55 
 
 
713 aa  901    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.73 
 
 
717 aa  882    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.37 
 
 
712 aa  687    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.78 
 
 
705 aa  1076    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.4 
 
 
714 aa  814    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.54 
 
 
702 aa  1238    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  61.42 
 
 
701 aa  855    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 
712 aa  691    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 
712 aa  691    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 
712 aa  691    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.55 
 
 
713 aa  901    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.69 
 
 
729 aa  868    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.55 
 
 
729 aa  860    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.56 
 
 
701 aa  859    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.04 
 
 
700 aa  833    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.66 
 
 
715 aa  894    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  84.67 
 
 
699 aa  1209    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.16 
 
 
736 aa  765    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.01 
 
 
728 aa  880    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.08 
 
 
796 aa  667    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.77 
 
 
706 aa  897    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.75 
 
 
718 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.18 
 
 
716 aa  756    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.7 
 
 
713 aa  904    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.65 
 
 
695 aa  926    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.13 
 
 
701 aa  855    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.18 
 
 
716 aa  756    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.73 
 
 
699 aa  748    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.46 
 
 
715 aa  903    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.7 
 
 
732 aa  678    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.31 
 
 
733 aa  777    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 
728 aa  664    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.86 
 
 
727 aa  902    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.26 
 
 
697 aa  753    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  87 
 
 
703 aa  1254    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.17 
 
 
694 aa  914    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 
712 aa  691    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.31 
 
 
703 aa  921    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.87 
 
 
716 aa  648    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.32 
 
 
701 aa  887    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.61 
 
 
708 aa  804    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 
747 aa  659    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.7 
 
 
713 aa  905    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.48 
 
 
749 aa  705    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.33 
 
 
722 aa  871    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.98 
 
 
718 aa  786    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.95 
 
 
772 aa  733    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.79 
 
 
796 aa  671    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.43 
 
 
706 aa  751    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.13 
 
 
706 aa  894    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.9 
 
 
722 aa  935    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.5 
 
 
715 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.43 
 
 
714 aa  928    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.6 
 
 
707 aa  924    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.74 
 
 
716 aa  899    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  87.03 
 
 
701 aa  1226    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.1 
 
 
722 aa  787    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.82 
 
 
707 aa  889    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.39 
 
 
748 aa  767    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.04 
 
 
700 aa  828    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.44 
 
 
725 aa  865    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.62 
 
 
697 aa  935    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.58 
 
 
815 aa  665    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.36 
 
 
721 aa  635    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.71 
 
 
711 aa  772    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.53 
 
 
771 aa  756    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.16 
 
 
715 aa  900    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.57 
 
 
758 aa  904    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.7 
 
 
713 aa  904    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.43 
 
 
703 aa  1004    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.23 
 
 
715 aa  800    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.94 
 
 
702 aa  926    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.74 
 
 
698 aa  1044    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.43 
 
 
713 aa  1013    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.59 
 
 
751 aa  910    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.4 
 
 
699 aa  1238    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.68 
 
 
699 aa  1241    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.39 
 
 
720 aa  943    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  86.37 
 
 
698 aa  1228    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
703 aa  661    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.81 
 
 
710 aa  796    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.46 
 
 
714 aa  899    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.95 
 
 
701 aa  889    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.43 
 
 
769 aa  635    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.26 
 
 
757 aa  864    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.16 
 
 
715 aa  900    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.52 
 
 
699 aa  691    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.72 
 
 
701 aa  818    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.83 
 
 
699 aa  1243    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.17 
 
 
706 aa  739    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 
732 aa  668    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>