More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2607 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  80.92 
 
 		 419 aa  699    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 		 414 aa  864    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  87.47 
 
 		 415 aa  776    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  83.98 
 
 		 415 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  70.29 
 
 		 414 aa  629  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  64.34 
 
 		 408 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  54.1 
 
 		 438 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.52 
 
 		 426 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  51.05 
 
 		 426 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.87 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  52.37 
 
 		 426 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  53.73 
 
 		 428 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.99 
 
 		 424 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  48.88 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  39.64 
 
 		 385 aa  270  5e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.81 
 
 		 403 aa  179  9e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.83 
 
 		 410 aa  172  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.68 
 
 		 420 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 389 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  25.69 
 
 		 443 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  25.5 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  21.65 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.6 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  21.75 
 
 		 402 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25.52 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  25.52 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  25.06 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  24.35 
 
 		 442 aa  73.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 		 391 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.98 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  24.78 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  22.33 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  22.02 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 		 379 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.64 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  21.05 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  34.71 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  34.71 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  33.12 
 
 		 403 aa  59.7  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  28.06 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 398 aa  59.3  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 379 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  25.59 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  23.38 
 
 		 443 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.79 
 
 		 441 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.83 
 
 		 425 aa  57  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 394 aa  56.6  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.48 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  20.94 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 374 aa  56.2  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  22.84 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 		 396 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 396 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  23.63 
 
 		 428 aa  54.7  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  20.75 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  30.95 
 
 		 385 aa  54.3  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 		 390 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 367 aa  53.9  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 		 395 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 385 aa  53.9  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  23.66 
 
 		 441 aa  53.1  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  22.66 
 
 		 371 aa  53.1  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  22.19 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21.43 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 426 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  21.89 
 
 		 393 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.82 
 
 		 445 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 393 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  25.42 
 
 		 414 aa  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 		 370 aa  52.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>