88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2580 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1356  hypothetical protein  51.32 
 
 
696 aa  694  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0734371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2843  hypothetical protein  49.72 
 
 
701 aa  640  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1421  hypothetical protein  65.49 
 
 
657 aa  929  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2862  hypothetical protein  49.86 
 
 
698 aa  639  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1409  hypothetical protein  50.9 
 
 
696 aa  692  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2991  hypothetical protein  49.72 
 
 
701 aa  640  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2580  hypothetical protein  100 
 
 
677 aa  1402  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1515  hypothetical protein  49.59 
 
 
701 aa  637  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2990  hypothetical protein  76.54 
 
 
680 aa  1074  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2507  hypothetical protein  50 
 
 
700 aa  658  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4517  hypothetical protein  45.3 
 
 
642 aa  550  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.247929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3263  hypothetical protein  44.06 
 
 
655 aa  520  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0447  hypothetical protein  43.8 
 
 
612 aa  514  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.476837 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0450  hypothetical protein  40.84 
 
 
687 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3140.2  hypothetical protein  51.19 
 
 
310 aa  297  5e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3140.3  hypothetical protein  59.15 
 
 
122 aa  96.7  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  23.09 
 
 
639 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  23.05 
 
 
639 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  23.05 
 
 
639 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  23.97 
 
 
639 aa  88.6  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  24.21 
 
 
639 aa  88.2  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  23.93 
 
 
639 aa  85.5  3e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  23.2 
 
 
639 aa  84.3  7e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  23.29 
 
 
639 aa  83.2  1e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  23.43 
 
 
729 aa  79.3  2e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3140.1  hypothetical protein  51.85 
 
 
135 aa  78.6  4e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  23 
 
 
764 aa  77  1e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  29.11 
 
 
822 aa  74.3  8e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  23.16 
 
 
663 aa  72.4  3e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  27.16 
 
 
833 aa  70.5  9e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1187  hypothetical protein  32.04 
 
 
778 aa  69.7  2e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  23.24 
 
 
650 aa  69.3  2e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  30.41 
 
 
639 aa  67  1e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  28.31 
 
 
843 aa  66.2  2e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  23.4 
 
 
724 aa  66.2  2e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  30.1 
 
 
640 aa  65.9  3e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  31.18 
 
 
646 aa  63.5  1e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  22.7 
 
 
650 aa  62.8  2e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  22.75 
 
 
650 aa  62  3e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  23.26 
 
 
770 aa  61.6  5e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3108  hypothetical protein  28.96 
 
 
788 aa  61.2  6e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1268  hypothetical protein  28.96 
 
 
789 aa  60.1  1e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.487663  hitchhiker  0.00130496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  22.33 
 
 
650 aa  60.1  1e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  22.34 
 
 
650 aa  60.5  1e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  24.32 
 
 
639 aa  60.1  1e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  24.2 
 
 
653 aa  60.5  1e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  34 
 
 
762 aa  59.7  2e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  22.61 
 
 
650 aa  59.7  2e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  34 
 
 
762 aa  59.3  2e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  26.41 
 
 
766 aa  58.5  4e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  33 
 
 
762 aa  58.2  5e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3098  hypothetical protein  28.96 
 
 
789 aa  58.2  5e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3251  hypothetical protein  28.57 
 
 
788 aa  57.8  6e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  33 
 
 
765 aa  57  1e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  23.79 
 
 
724 aa  57  1e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  23.63 
 
 
656 aa  57  1e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  32 
 
 
758 aa  56.6  2e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  22.13 
 
 
730 aa  55.8  3e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2523  hypothetical protein  30.69 
 
 
757 aa  55.8  3e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3200  hypothetical protein  27.08 
 
 
820 aa  55.5  3e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  22.64 
 
 
731 aa  55.1  4e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  27.85 
 
 
755 aa  53.9  1e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  30.18 
 
 
714 aa  53.5  1e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  21.84 
 
 
731 aa  53.9  1e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  23.89 
 
 
671 aa  53.1  2e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  21.9 
 
 
730 aa  53.1  2e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003776  decaheme cytochrome c MtrF  27.8 
 
 
754 aa  52.8  2e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  21.9 
 
 
730 aa  53.1  2e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  24.59 
 
 
720 aa  52.4  3e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  25.2 
 
 
885 aa  52  4e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  33.03 
 
 
764 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  33.03 
 
 
764 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  22.82 
 
 
722 aa  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  33.03 
 
 
761 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  33.03 
 
 
761 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  29.47 
 
 
735 aa  49.3  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  24.59 
 
 
725 aa  49.3  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1713  hypothetical protein  40.98 
 
 
945 aa  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.436521  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  21.65 
 
 
719 aa  48.9  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  25.41 
 
 
738 aa  48.9  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  26.67 
 
 
729 aa  47.8  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  26.83 
 
 
745 aa  47  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  25 
 
 
741 aa  46.6  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2510  decaheme cytochrome c  35.71 
 
 
655 aa  45.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178218  hitchhiker  0.000666167 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0963  hypothetical protein  20.99 
 
 
816 aa  44.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.830117  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  24.87 
 
 
727 aa  44.3  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  25.22 
 
 
731 aa  43.9  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  37.21 
 
 
745 aa  43.9  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>