More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2553 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.92 
 
 		 255 aa  424  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00108636  hitchhiker  0.000219096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.95 
 
 		 255 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0196374  unclonable  0.0000000191957 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.56 
 
 		 257 aa  413  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0573631  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1674  short chain dehydrogenase family protein  76.11 
 
 		 247 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.52 
 
 		 258 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000480386  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.52 
 
 		 258 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000108179  normal  0.0377265 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2774  short chain dehydrogenase family protein  76.11 
 
 		 258 aa  395  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  hitchhiker  0.000224975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.61 
 
 		 247 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0083444  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.09 
 
 		 247 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0264369  hitchhiker  0.0000000000470617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.68 
 
 		 247 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0183678  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.09 
 
 		 247 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000349992  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.09 
 
 		 247 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0978937  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1372  short chain dehydrogenase family protein  67.08 
 
 		 274 aa  342  4e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0570365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1335  short chain dehydrogenase family protein  61.13 
 
 		 247 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00551908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 238 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 		 249 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 247 aa  142  7e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 257 aa  132  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 249 aa  122  8e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 		 266 aa  90.1  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.03 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.42 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0429  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406504 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  27 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.240703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.767614  hitchhiker  0.00534124 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  27 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  27.05 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  26.69 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.16 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.64 
 
 		 266 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.52 
 
 		 262 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  26.47 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 		 249 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 249 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  26.36 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  31.31 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  27.2 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  31.37 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  27.94 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  31.86 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  31.37 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2906  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.05 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.48 
 
 		 289 aa  68.6  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327148 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.91 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  27.31 
 
 		 251 aa  68.6  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  25.31 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  25.81 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  26.12 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.65 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12310  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  27.04 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.3676  normal  0.223065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.79 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  25.52 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  24.79 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.79 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  25.91 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.79 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  22.92 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  27.46 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  28.93 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  25.31 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.21 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  24.79 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.79 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  24.79 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.28 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05610  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  27.56 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100134  normal  0.886117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.45506 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1382  hypothetical protein  22.36 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1378  hypothetical protein  22.36 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  26.64 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  31.01 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2585  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.76 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  28.45 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.78 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  27.42 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.01 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  28.49 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.95 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  26.75 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.01 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  26 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.01 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>