More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2509 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1626  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  763    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000959254  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1540  trigger factor  90.49 
 
 
434 aa  786    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000721258  hitchhiker  0.0000390702 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1489  trigger factor  86.41 
 
 
434 aa  762    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000061134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1793  trigger factor  86.41 
 
 
434 aa  758    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1592  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  763    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000981502  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2682  trigger factor  85.94 
 
 
434 aa  761    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000115435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2496  trigger factor  79.72 
 
 
434 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2751  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  763    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000172139  normal  0.125648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3114  trigger factor  91.65 
 
 
434 aa  795    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000617295  decreased coverage  0.000000421874 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1603  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  763    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000736756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1223  trigger factor  83.87 
 
 
434 aa  747    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000148222  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2496  trigger factor  86.64 
 
 
434 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377099  normal  0.020755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2564  trigger factor  86.64 
 
 
434 aa  763    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.0625081 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2597  trigger factor  79.95 
 
 
434 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2509  trigger factor  100 
 
 
434 aa  866    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000731467  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2662  trigger factor  86.18 
 
 
434 aa  760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000102256  normal  0.690021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  63.49 
 
 
434 aa  562  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  64.1 
 
 
433 aa  560  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  64.06 
 
 
436 aa  560  1e-158  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  64.19 
 
 
434 aa  559  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  63.19 
 
 
434 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01416  trigger factor  64.42 
 
 
435 aa  557  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  63.19 
 
 
434 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  63.19 
 
 
434 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  63.02 
 
 
432 aa  555  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  63.95 
 
 
435 aa  554  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  62.79 
 
 
432 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  63.11 
 
 
435 aa  550  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  62.5 
 
 
434 aa  551  1e-155  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  551  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  62.33 
 
 
432 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3265  trigger factor  63.43 
 
 
434 aa  546  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.108339  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2878  trigger factor  62.04 
 
 
434 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.125506  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0817  trigger factor  62.79 
 
 
432 aa  537  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.153407  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1464  trigger factor  60.23 
 
 
435 aa  523  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1431  trigger factor  56.88 
 
 
432 aa  499  1e-140  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0842369  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  53.36 
 
 
436 aa  457  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23550  trigger factor  52.31 
 
 
436 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1741  trigger factor  53.21 
 
 
437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00658695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1746  trigger factor  51.88 
 
 
436 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.132696 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2299  trigger factor  52.93 
 
 
443 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3727  trigger factor  51.64 
 
 
436 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3497  trigger factor  51.51 
 
 
436 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0314111  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1901  trigger factor  52.93 
 
 
437 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191378  hitchhiker  0.00938494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41250  trigger factor  51.74 
 
 
436 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.755772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3470  trigger factor  52.69 
 
 
437 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000745697 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  51.17 
 
 
434 aa  434  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  49.53 
 
 
436 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  47.29 
 
 
444 aa  422  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  48.02 
 
 
435 aa  421  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  48.37 
 
 
436 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  50.94 
 
 
441 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  47.86 
 
 
448 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  48.73 
 
 
445 aa  403  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  42.86 
 
 
436 aa  371  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  43.95 
 
 
450 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0385  trigger factor  45.16 
 
 
432 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  44.34 
 
 
447 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1214  trigger factor  44.16 
 
 
437 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0751  trigger factor  44.16 
 
 
437 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.173993  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  44.11 
 
 
447 aa  364  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  44.14 
 
 
436 aa  362  6e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1830  trigger factor  41.88 
 
 
443 aa  362  9e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1826  trigger factor  41.42 
 
 
443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  42.38 
 
 
448 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2296  trigger factor  42.28 
 
 
448 aa  349  6e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.343759  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1905  trigger factor  41.48 
 
 
448 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205112  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1719  trigger factor  41.34 
 
 
434 aa  345  1e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  42.59 
 
 
435 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5225  trigger factor  41.28 
 
 
448 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537858  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2341  trigger factor  41.15 
 
 
435 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0955017  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2482  trigger factor  40.72 
 
 
449 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2324  trigger factor  40.72 
 
 
449 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0174102  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1233  trigger factor  41.16 
 
 
449 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.026693  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1466  trigger factor  41.16 
 
 
449 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.118979  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2366  trigger factor  41.16 
 
 
449 aa  342  7e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1958  trigger factor  41.16 
 
 
449 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3347  trigger factor  41.16 
 
 
449 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.012061  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1678  trigger factor  40.74 
 
 
432 aa  340  4e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.225693  normal  0.123639 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1912  trigger factor  40.63 
 
 
448 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1947  trigger factor  41.51 
 
 
448 aa  340  4e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273934  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1842  trigger factor  40.63 
 
 
448 aa  339  7e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1348  trigger factor  40.83 
 
 
448 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514517  normal  0.0597463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2644  trigger factor  41.28 
 
 
436 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0156375 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6155  trigger factor  41.06 
 
 
448 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1924  trigger factor  41.06 
 
 
448 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.317146  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2118  trigger factor  39.82 
 
 
449 aa  336  5e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1677  trigger factor  38.9 
 
 
443 aa  335  7.999999999999999e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1886  trigger factor  39.86 
 
 
449 aa  333  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>