More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2348 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1746  two component transcriptional regulator  92.41 
 
 		 224 aa  428  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000480188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1791  two component transcriptional regulator  92.83 
 
 		 224 aa  428  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.506547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  91.07 
 
 		 224 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2255  two component transcriptional regulator  90.18 
 
 		 224 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1542  response regulator receiver protein  90.13 
 
 		 224 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2501  two component transcriptional regulator  89.29 
 
 		 227 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2614  two component transcriptional regulator  89.29 
 
 		 227 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1850  two component transcriptional regulator, winged helix family  89.29 
 
 		 224 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0826767  hitchhiker  0.000859255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2494  two component transcriptional regulator  89.29 
 
 		 227 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.178511  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1946  transcriptional regulatory protein PhoP  88.84 
 
 		 224 aa  407  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1580  two component transcriptional regulator  88.84 
 
 		 227 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.128837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1655  two component transcriptional regulator  88.84 
 
 		 227 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.014875  hitchhiker  0.000274191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1724  two component transcriptional regulator  88.39 
 
 		 227 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235921 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2486  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  83.41 
 
 		 224 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  58.67 
 
 		 225 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  59.11 
 
 		 225 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  58.67 
 
 		 241 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  58.67 
 
 		 225 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  57.59 
 
 		 225 aa  254  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 225 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  56.44 
 
 		 225 aa  250  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  56 
 
 		 225 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  55.8 
 
 		 225 aa  248  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  55.8 
 
 		 225 aa  248  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 227 aa  227  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1866  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  50.67 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2151  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  50.22 
 
 		 229 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0601047  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  50.23 
 
 		 223 aa  219  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  49.55 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1643  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.1 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2013  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.96 
 
 		 223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.067134 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2135  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.75 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0423358 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1953  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.75 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1332  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.75 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.137 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1348  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.75 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.898819 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1310  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  47.75 
 
 		 224 aa  214  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.237463 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01128  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.910835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2517  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1995  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1308  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1250  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01136  hypothetical protein  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1293  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2473  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.751348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1591  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  48.65 
 
 		 223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245208 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1608  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.1 
 
 		 223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2855  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.1 
 
 		 223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 223 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1715  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.1 
 
 		 223 aa  211  9e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2066  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.55 
 
 		 223 aa  208  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.751353  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 226 aa  208  5e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1939  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  49.55 
 
 		 222 aa  208  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  50.45 
 
 		 231 aa  205  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  46.15 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 		 231 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  50.45 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  201  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 226 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  46.36 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  46.61 
 
 		 243 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 221 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.18 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0166  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 226 aa  198  5e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 225 aa  197  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  49.1 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  48.86 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  46.19 
 
 		 224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 238 aa  195  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 222 aa  194  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  45.87 
 
 		 225 aa  194  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 225 aa  194  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 224 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 223 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 224 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  43.3 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.51 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 257 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 221 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  43.18 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  49.51 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 230 aa  188  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  49.03 
 
 		 231 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>