More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2278 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  627  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 303 aa  347  1e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 303 aa  339  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 302 aa  337  9.999999999999999e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  55.12 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  46.89 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 306 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.67 
 
 		 300 aa  257  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 301 aa  244  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.57 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 322 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 299 aa  242  6e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.22 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.2 
 
 		 302 aa  236  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.87 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 301 aa  235  7e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.8 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  225  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.69 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 313 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  221  8e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 297 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 297 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 294 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 294 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 294 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  217  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  38.46 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  40.28 
 
 		 289 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.18 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  38.51 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  40.99 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>