More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2242 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 		 309 aa  634    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  79.55 
 
 		 308 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  78.57 
 
 		 315 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  59.28 
 
 		 322 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  60.13 
 
 		 312 aa  391  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  58.39 
 
 		 310 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  55.37 
 
 		 314 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  56.17 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  56.86 
 
 		 315 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  56.17 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  56.17 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  56.03 
 
 		 319 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  55.52 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  56.86 
 
 		 315 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  57.19 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  56.86 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  56.86 
 
 		 315 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  55.84 
 
 		 317 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  54.55 
 
 		 319 aa  368  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  59.28 
 
 		 310 aa  369  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.55 
 
 		 319 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.22 
 
 		 315 aa  360  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  53.75 
 
 		 314 aa  354  8.999999999999999e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.02 
 
 		 310 aa  351  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.77 
 
 		 316 aa  347  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.77 
 
 		 315 aa  347  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.77 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.44 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.11 
 
 		 309 aa  345  7e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.78 
 
 		 312 aa  342  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.78 
 
 		 314 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.46 
 
 		 310 aa  342  5.999999999999999e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.78 
 
 		 314 aa  342  5.999999999999999e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.78 
 
 		 312 aa  341  7e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.45 
 
 		 312 aa  341  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.46 
 
 		 310 aa  341  1e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.12 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.12 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.05 
 
 		 312 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.12 
 
 		 331 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.72 
 
 		 320 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.05 
 
 		 309 aa  335  3.9999999999999995e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  51.63 
 
 		 318 aa  322  5e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  47.91 
 
 		 325 aa  311  7.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  49.19 
 
 		 344 aa  308  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  49.19 
 
 		 342 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  46.79 
 
 		 319 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  51.3 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  46.47 
 
 		 319 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  48.67 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  46.62 
 
 		 323 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  46.04 
 
 		 335 aa  294  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  46.62 
 
 		 323 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  45.98 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  45.98 
 
 		 323 aa  292  6e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  45.98 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  51.48 
 
 		 338 aa  290  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  45.63 
 
 		 326 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  45.66 
 
 		 321 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  45.98 
 
 		 318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  45.9 
 
 		 326 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  47.44 
 
 		 318 aa  286  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  47.6 
 
 		 329 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  45.34 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  44.01 
 
 		 340 aa  278  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  44.34 
 
 		 340 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  43.77 
 
 		 324 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  44.82 
 
 		 318 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  47.27 
 
 		 326 aa  270  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  47.65 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  43.99 
 
 		 350 aa  266  4e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  46.1 
 
 		 339 aa  266  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  43.04 
 
 		 340 aa  265  8.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  42.9 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  50.34 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  37.18 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  63.69 
 
 		 158 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 		 319 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.34 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.19 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.51 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.18 
 
 		 357 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.6 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.93 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.54 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1620  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.56 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.04 
 
 		 354 aa  142  6e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  29.39 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 338 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.39 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.34 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4068  putative tRNA-dihydrouridine synthase (nitrogen regulation protein nifR3)  37.61 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.417237 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.1 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  31.1 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.32 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>