More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2141 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  100 
 
 
395 aa  816    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  74.47 
 
 
377 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  73.07 
 
 
395 aa  596  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  68.61 
 
 
396 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  69.5 
 
 
438 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  69.5 
 
 
411 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  68.13 
 
 
438 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  69.5 
 
 
436 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  67.9 
 
 
424 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  67.9 
 
 
424 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  67.64 
 
 
430 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  68.01 
 
 
439 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  66.49 
 
 
433 aa  543  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  67.12 
 
 
415 aa  528  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  61.36 
 
 
437 aa  510  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  59.49 
 
 
401 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  55.04 
 
 
428 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  51.54 
 
 
421 aa  428  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  50.64 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  46.98 
 
 
427 aa  371  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  45.6 
 
 
395 aa  363  2e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  48.07 
 
 
409 aa  363  3e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  48.1 
 
 
400 aa  358  6e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  44.89 
 
 
454 aa  333  3e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  44.44 
 
 
434 aa  318  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  41.42 
 
 
404 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  42.05 
 
 
430 aa  301  9e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 
427 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  40.55 
 
 
398 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  42.51 
 
 
457 aa  300  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  41.67 
 
 
398 aa  299  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  41.06 
 
 
398 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  40.81 
 
 
398 aa  296  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  41.4 
 
 
398 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  40.1 
 
 
417 aa  293  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  41.51 
 
 
438 aa  292  8e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  41.34 
 
 
474 aa  292  9e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  39.07 
 
 
398 aa  291  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  40.76 
 
 
470 aa  288  9e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  42.12 
 
 
466 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  41.27 
 
 
409 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  39.34 
 
 
398 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  40.66 
 
 
432 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 
419 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 
421 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  39.84 
 
 
417 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.41 
 
 
445 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  39.79 
 
 
448 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  40.21 
 
 
422 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  41.29 
 
 
400 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  39.52 
 
 
438 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  38.82 
 
 
438 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  39.23 
 
 
455 aa  280  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  39.89 
 
 
448 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  42.02 
 
 
419 aa  279  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.84 
 
 
412 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  39.14 
 
 
445 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  38.98 
 
 
438 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.57 
 
 
443 aa  276  3e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  38.98 
 
 
438 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  37.76 
 
 
440 aa  276  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  38.81 
 
 
442 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  38.96 
 
 
415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 
458 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  37.84 
 
 
412 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  37.91 
 
 
434 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.85 
 
 
411 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 
462 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  38.29 
 
 
425 aa  269  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 
461 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  37.31 
 
 
451 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  40.66 
 
 
413 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 
418 aa  268  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.8 
 
 
462 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  36.62 
 
 
464 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  38.87 
 
 
720 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  39.63 
 
 
349 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  37.53 
 
 
413 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  39.74 
 
 
405 aa  265  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 
413 aa  265  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  38.44 
 
 
438 aa  264  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  40.25 
 
 
323 aa  261  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  39.82 
 
 
347 aa  260  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  36.86 
 
 
417 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  36.39 
 
 
469 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  36.01 
 
 
464 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 
418 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  36.86 
 
 
470 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  35.32 
 
 
434 aa  256  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  36.53 
 
 
481 aa  256  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  38.29 
 
 
429 aa  256  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 
490 aa  255  9e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  38.39 
 
 
323 aa  255  9e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 
412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  40.05 
 
 
474 aa  253  3e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  38.93 
 
 
429 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  39.89 
 
 
491 aa  252  8.000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  36.74 
 
 
424 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  39.33 
 
 
390 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  36.01 
 
 
394 aa  251  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>