204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2124 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1980  hypothetical protein  70.48 
 
 
515 aa  720    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.981976 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2041  hypothetical protein  69.14 
 
 
537 aa  675    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2414  hypothetical protein  71.23 
 
 
507 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2346  hypothetical protein  67.84 
 
 
522 aa  669    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2110  hypothetical protein  69.34 
 
 
521 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.664501  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1864  hypothetical protein  69.34 
 
 
521 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.940274  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2528  hypothetical protein  66.06 
 
 
498 aa  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2235  hypothetical protein  68.93 
 
 
521 aa  674    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0248668  normal  0.25441 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4558  hypothetical protein  68.74 
 
 
519 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2272  hypothetical protein  68.74 
 
 
519 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.86353  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2124  hypothetical protein  100 
 
 
491 aa  996    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2284  protein of unknown function DUF195  68.74 
 
 
519 aa  671    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0239912  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2104  hypothetical protein  68.53 
 
 
518 aa  668    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.607769  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2620  hypothetical protein  69.48 
 
 
498 aa  698    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.27226  normal  0.225065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2101  hypothetical protein  68.74 
 
 
519 aa  671    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399402  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2054  hypothetical protein  68.53 
 
 
518 aa  670    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0154477  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1894  hypothetical protein  61.73 
 
 
520 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1629  hypothetical protein  53.88 
 
 
518 aa  480  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.158753  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01951  RmuC  53.03 
 
 
429 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.537829  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03725  predicted recombination limiting protein  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4147  protein of unknown function DUF195  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4356  DNA recombination protein RmuC  54.89 
 
 
476 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881162  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4215  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178154 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4176  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0130671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4177  DNA recombination protein RmuC  54.89 
 
 
476 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.608265  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4056  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4249  DNA recombination protein RmuC  54.89 
 
 
476 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5273  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.244142  normal  0.243215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4296  DNA recombination protein RmuC  54.89 
 
 
476 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03674  hypothetical protein  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2995  DNA recombination protein RumC  48.46 
 
 
506 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4200  DNA recombination protein RmuC  54.89 
 
 
476 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4353  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  433  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4248  protein of unknown function DUF195  55.59 
 
 
518 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4304  DNA recombination protein RmuC  51.49 
 
 
475 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3961  DNA recombination protein RmuC  54.08 
 
 
485 aa  430  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0880517 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4057  hypothetical protein  55.59 
 
 
520 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2433  hypothetical protein  53.02 
 
 
513 aa  427  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0247  hypothetical protein  56.04 
 
 
515 aa  425  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3946  hypothetical protein  52.64 
 
 
501 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.737654  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00561  hypothetical protein  55 
 
 
510 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3916  protein of unknown function DUF195  54.92 
 
 
513 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.705842  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3642  RmuC domain-containing protein  52.64 
 
 
501 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0270  RmuC domain-containing protein  52.64 
 
 
501 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.557179  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001928  DNA recombination protein RmuC  55.08 
 
 
510 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3764  protein of unknown function DUF195  53.83 
 
 
501 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0018  RmuC domain-containing protein  53.62 
 
 
494 aa  388  1e-106  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0083  hypothetical protein  49.31 
 
 
453 aa  376  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.884602 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2040  hypothetical protein  39.96 
 
 
548 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.706062  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1724  hypothetical protein  47.24 
 
 
492 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000410334  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3666  hypothetical protein  42.47 
 
 
492 aa  360  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000475221  normal  0.0538787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1659  hypothetical protein  41.36 
 
 
492 aa  359  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000440717  decreased coverage  0.00162326 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51000  hypothetical protein  43.05 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000148678  hitchhiker  0.000000161097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1623  putative alpha helix chain  40.72 
 
 
462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.577151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4351  RmuC domain-containing protein family  46.52 
 
 
491 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00339657  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0614  hypothetical protein  45.6 
 
 
640 aa  350  5e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0286081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4026  hypothetical protein  41.01 
 
 
495 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000512387  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1694  hypothetical protein  41.27 
 
 
495 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.141195  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1249  hypothetical protein  41.56 
 
 
495 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0088018  normal  0.121564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1291  hypothetical protein  41.15 
 
 
495 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719972  normal  0.7676 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0133  hypothetical protein  43.04 
 
 
424 aa  335  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273434  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1321  hypothetical protein  41.48 
 
 
427 aa  331  2e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2954  hypothetical protein  41.6 
 
 
500 aa  330  4e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.652449  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0145  protein of unknown function DUF195  42.52 
 
 
420 aa  327  3e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000549267  normal  0.154744 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3332  hypothetical protein  46.18 
 
 
491 aa  326  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000142299  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0140  hypothetical protein  43.4 
 
 
407 aa  325  2e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2890  hypothetical protein  42.98 
 
 
437 aa  320  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.18912  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1614  hypothetical protein  38.05 
 
 
494 aa  317  3e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0228591  normal  0.73372 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0068  hypothetical protein  40.41 
 
 
457 aa  317  4e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.243757  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0015  protein of unknown function DUF195  43.19 
 
 
448 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.567486  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12808  DNA recombination protein RmuC  38.77 
 
 
470 aa  301  2e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0646  hypothetical protein  37.44 
 
 
480 aa  298  1e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.932654  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4070  hypothetical protein  39.63 
 
 
504 aa  292  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.73657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2422  hypothetical protein  39.94 
 
 
639 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0447  hypothetical protein  38.32 
 
 
437 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0432711  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0577  RmuC family protein  41.98 
 
 
397 aa  282  8.000000000000001e-75  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1481  protein of unknown function DUF195  36.77 
 
 
435 aa  281  2e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0981784  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1614  DNA recombination protein rmuC  35.73 
 
 
535 aa  278  2e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1035  protein of unknown function DUF195  39.53 
 
 
612 aa  276  4e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000597215  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0441  hypothetical protein  36.78 
 
 
527 aa  276  7e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.870826  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2033  RmuC domain-containing protein  40.27 
 
 
530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1370  protein of unknown function DUF195  36.29 
 
 
430 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0986  hypothetical protein  33.51 
 
 
403 aa  268  2e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0412766  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1053  hypothetical protein  34.67 
 
 
437 aa  266  7e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1094  hypothetical protein  35.46 
 
 
428 aa  262  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.437038  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1087  hypothetical protein  36 
 
 
630 aa  252  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0751  RmuC domain-containing protein  31.84 
 
 
510 aa  247  3e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0125  RmuC domain-containing protein  36.05 
 
 
408 aa  245  9.999999999999999e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.63126  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0237  hypothetical protein  35.16 
 
 
626 aa  243  7e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0705649  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0033  RmuC domain-containing protein  33.59 
 
 
432 aa  237  3e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1422  protein of unknown function DUF195  37.5 
 
 
428 aa  233  8.000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2898  hypothetical protein  30.74 
 
 
504 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1026  RmuC family protein  30.29 
 
 
435 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000225596  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0571  hypothetical protein  26.75 
 
 
503 aa  168  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0232  hypothetical protein  27.22 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.169599  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1993  protein of unknown function DUF195  29.58 
 
 
479 aa  163  6e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2055  hypothetical protein  30.03 
 
 
451 aa  160  5e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.655381  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0053  protein of unknown function DUF195  29.21 
 
 
531 aa  160  5e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.783995  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0942  protein of unknown function DUF195  27.37 
 
 
494 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0691  hypothetical protein  29.71 
 
 
532 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>