More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2078 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2078  hypothetical protein  100 
 
 
248 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.283628  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2574  hypothetical protein  90.32 
 
 
248 aa  462  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000592568  hitchhiker  0.00160004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2365  hypothetical protein  89.52 
 
 
247 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00180131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2031  hypothetical protein  90.73 
 
 
248 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0016605  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2432  hypothetical protein  84.62 
 
 
248 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1886  hypothetical protein  82.66 
 
 
248 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2183  hypothetical protein  83.47 
 
 
250 aa  427  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1899  hypothetical protein  84.21 
 
 
248 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000661567  hitchhiker  0.000893936 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2079  hypothetical protein  84.21 
 
 
248 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00551786  hitchhiker  0.0017448 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1954  hypothetical protein  84.21 
 
 
248 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.04417  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1842  hypothetical protein  81.45 
 
 
248 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2039  hypothetical protein  82.19 
 
 
248 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2306  hypothetical protein  83 
 
 
248 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00197948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2041  hypothetical protein  82.59 
 
 
248 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000668061  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2422  hypothetical protein  82.19 
 
 
248 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000138795  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1936  hypothetical protein  81.78 
 
 
248 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003925  hypothetical protein  75.4 
 
 
248 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00219055  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2260  hypothetical protein  75.71 
 
 
247 aa  380  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1817  hypothetical protein  76.54 
 
 
247 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.670174  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2033  hypothetical protein  74.9 
 
 
247 aa  378  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00594875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2101  hypothetical protein  76.95 
 
 
247 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2158  hypothetical protein  74.9 
 
 
247 aa  378  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2424  hypothetical protein  74.9 
 
 
247 aa  378  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.079823  normal  0.460299 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01835  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.712982  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1776  protein of unknown function DUF28  74.09 
 
 
246 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00344475  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1322  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01823  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.562952  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1348  hypothetical protein  73.68 
 
 
246 aa  374  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414949 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1224  hypothetical protein  73.68 
 
 
246 aa  374  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.171474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2094  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2053  hypothetical protein  73.68 
 
 
246 aa  374  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1957  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.522715  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2146  hypothetical protein  74.49 
 
 
247 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2600  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.21652  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1768  hypothetical protein  74.09 
 
 
246 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2058  hypothetical protein  73.68 
 
 
246 aa  374  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.074562 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1108  hypothetical protein  74.49 
 
 
246 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2113  hypothetical protein  73.28 
 
 
246 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00850732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2779  hypothetical protein  72.47 
 
 
247 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0375824  normal  0.0326422 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2432  hypothetical protein  74.9 
 
 
246 aa  368  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.037804  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3980  hypothetical protein  67.21 
 
 
248 aa  343  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.465534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1407  hypothetical protein  66.4 
 
 
248 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.133281  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0508  hypothetical protein  65.99 
 
 
246 aa  339  2e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1220  hypothetical protein  65.99 
 
 
248 aa  333  2e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4001  hypothetical protein  64.37 
 
 
248 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51810  hypothetical protein  65.99 
 
 
248 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73043  hitchhiker  0.0000547975 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0137  hypothetical protein  64.78 
 
 
248 aa  329  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.153689  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4410  hypothetical protein  64.78 
 
 
248 aa  329  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150505  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4544  hypothetical protein  65.59 
 
 
248 aa  329  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36720  hypothetical protein  63.45 
 
 
249 aa  320  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2492  hypothetical protein  63.67 
 
 
250 aa  318  6e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2237  hypothetical protein  67.34 
 
 
249 aa  317  9e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1214  hypothetical protein  64.37 
 
 
248 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.480804  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1243  hypothetical protein  64.37 
 
 
248 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362221  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4204  hypothetical protein  63.97 
 
 
248 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300828  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1845  hypothetical protein  62.25 
 
 
249 aa  311  3.9999999999999997e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00676371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1269  hypothetical protein  61.29 
 
 
249 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196217  normal  0.639481 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1752  hypothetical protein  62.3 
 
 
244 aa  307  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000585673  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0422  hypothetical protein  62.3 
 
 
244 aa  307  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0951689  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0938  hypothetical protein  64.26 
 
 
249 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.879867  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2018  protein of unknown function DUF28  64.2 
 
 
245 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.687235  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1479  hypothetical protein  63.86 
 
 
249 aa  301  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1013  hypothetical protein  62.9 
 
 
248 aa  301  5.000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.166545  hitchhiker  0.000108366 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0528  protein of unknown function DUF28  60.57 
 
 
246 aa  301  6.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0060  hypothetical protein  60.08 
 
 
250 aa  296  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0149328  normal  0.895421 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0059  hypothetical protein  60.08 
 
 
250 aa  296  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.852085  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2722  hypothetical protein  60.67 
 
 
240 aa  293  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1245  hypothetical protein  57.5 
 
 
247 aa  291  9e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1249  hypothetical protein  57.89 
 
 
247 aa  288  7e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2210  hypothetical protein  57.85 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0933  hypothetical protein  54.66 
 
 
247 aa  285  4e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000814789 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1249  hypothetical protein  57.49 
 
 
247 aa  285  4e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3313  hypothetical protein  54.66 
 
 
247 aa  285  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1487  hypothetical protein  57.44 
 
 
247 aa  280  1e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000223264  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1416  hypothetical protein  54.13 
 
 
247 aa  280  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000254749  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2673  hypothetical protein  54.17 
 
 
247 aa  280  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000969674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0743  hypothetical protein  53.04 
 
 
247 aa  278  6e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000326938  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1703  hypothetical protein  57.32 
 
 
239 aa  276  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.24862  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3853  protein of unknown function DUF28  56.85 
 
 
241 aa  277  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3259  hypothetical protein  61.57 
 
 
242 aa  277  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.171803  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1898  hypothetical protein  57.32 
 
 
239 aa  276  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484547  normal  0.228214 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1074  hypothetical protein  53.04 
 
 
247 aa  276  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1301  hypothetical protein  61.57 
 
 
242 aa  276  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17975  normal  0.117692 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2215  hypothetical protein  55.97 
 
 
243 aa  275  5e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0612934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3521  hypothetical protein  56.49 
 
 
239 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0483995  normal  0.126063 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2335  hypothetical protein  54.66 
 
 
248 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000225431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1953  hypothetical protein  57.74 
 
 
241 aa  273  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12350  hypothetical protein  54.18 
 
 
253 aa  271  5.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.242675  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0479  hypothetical protein  54.62 
 
 
250 aa  271  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000314446  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0618  hypothetical protein  55.65 
 
 
239 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.979417  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3203  hypothetical protein  56.49 
 
 
239 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.258342  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2190  hypothetical protein  59.34 
 
 
241 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0371  hypothetical protein  52.87 
 
 
246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00064064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2210  hypothetical protein  59.5 
 
 
242 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.495132  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2064  hypothetical protein  59.92 
 
 
242 aa  265  7e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608848  normal  0.23514 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2332  hypothetical protein  59.5 
 
 
242 aa  265  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.933086  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1800  hypothetical protein  52 
 
 
250 aa  264  8e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453018 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0501  protein of unknown function DUF28  53.82 
 
 
249 aa  264  1e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1385  hypothetical protein  59.09 
 
 
242 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823747  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0792  hypothetical protein  59.09 
 
 
242 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.166344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>