More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2074 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  53.28 
 
 
817 aa  826    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  67.29 
 
 
853 aa  1156    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  100 
 
 
836 aa  1707    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  71.99 
 
 
841 aa  1257    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  72.07 
 
 
709 aa  965    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  67.17 
 
 
853 aa  1162    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  70.56 
 
 
838 aa  1224    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  67.06 
 
 
853 aa  1159    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  67.44 
 
 
855 aa  1184    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  71.77 
 
 
843 aa  1250    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  67.44 
 
 
855 aa  1168    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  67.06 
 
 
853 aa  1159    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  69.43 
 
 
842 aa  1197    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  67.87 
 
 
853 aa  1173    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  74.2 
 
 
839 aa  1273    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  42.18 
 
 
869 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  40.56 
 
 
873 aa  560  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  39.69 
 
 
873 aa  547  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  33.83 
 
 
937 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 
935 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 
935 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 
935 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 
933 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 
930 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  33.3 
 
 
936 aa  428  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 
930 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  33.19 
 
 
930 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  32.94 
 
 
935 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 
965 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 
904 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 
904 aa  389  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 
904 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 
904 aa  386  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 
901 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 
897 aa  381  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 
981 aa  370  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 
924 aa  360  4e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  30.27 
 
 
966 aa  356  1e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 
966 aa  354  4e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 
907 aa  350  7e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 
907 aa  347  4e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 
912 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 
891 aa  328  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
938 aa  326  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
935 aa  313  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 
953 aa  312  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
944 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
952 aa  308  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 
871 aa  307  5.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
872 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 
910 aa  296  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 
944 aa  288  2.9999999999999996e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 
951 aa  287  5e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
951 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 
1088 aa  284  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 
890 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 
964 aa  283  9e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 
946 aa  283  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  28.87 
 
 
974 aa  281  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
847 aa  281  3e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
890 aa  281  5e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
886 aa  280  6e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  28.49 
 
 
827 aa  280  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 
886 aa  279  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
890 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 
947 aa  278  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 
866 aa  277  5e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 
975 aa  275  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
869 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  26.86 
 
 
985 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3760  TonB-dependent receptor  28 
 
 
967 aa  269  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.155087  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
924 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
948 aa  269  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
957 aa  270  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  27.82 
 
 
961 aa  270  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
924 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
924 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
882 aa  269  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
882 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
867 aa  267  8e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
867 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
867 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 
892 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 
909 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 
867 aa  263  8e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 
861 aa  263  8e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
861 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 
909 aa  263  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
861 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
849 aa  261  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 
966 aa  260  9e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
869 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
987 aa  255  3e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2669  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 
800 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 
896 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4318  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
976 aa  253  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.965607  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 
969 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
876 aa  253  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 
894 aa  251  4e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 
875 aa  251  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>