More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2067 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  100 
 
 		 189 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  79.37 
 
 		 189 aa  321  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  76.19 
 
 		 189 aa  310  6.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  78.61 
 
 		 204 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  78.61 
 
 		 204 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  78.61 
 
 		 204 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  78.38 
 
 		 199 aa  310  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  78.92 
 
 		 193 aa  308  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  78.38 
 
 		 193 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  78.92 
 
 		 193 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  78.38 
 
 		 193 aa  307  5e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  77.54 
 
 		 199 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  77.54 
 
 		 199 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  74.74 
 
 		 193 aa  296  8e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  80.7 
 
 		 189 aa  295  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  75.13 
 
 		 189 aa  290  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  75.54 
 
 		 205 aa  272  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  67.76 
 
 		 193 aa  270  9e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  66.49 
 
 		 188 aa  265  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  67.21 
 
 		 194 aa  263  8.999999999999999e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  69.01 
 
 		 197 aa  259  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  65.93 
 
 		 184 aa  259  1e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  70.24 
 
 		 198 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  68.82 
 
 		 195 aa  255  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  69.71 
 
 		 198 aa  254  6e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  61.9 
 
 		 207 aa  245  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  61.9 
 
 		 207 aa  245  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  60.87 
 
 		 189 aa  244  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  62.9 
 
 		 188 aa  243  9e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  72.78 
 
 		 191 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  64.12 
 
 		 192 aa  239  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  59.16 
 
 		 192 aa  237  5.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  59.16 
 
 		 192 aa  237  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  5.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  6.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  64.74 
 
 		 188 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  59.16 
 
 		 192 aa  237  6.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  65.9 
 
 		 188 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  58.64 
 
 		 192 aa  236  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  62.43 
 
 		 190 aa  232  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  62.3 
 
 		 192 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  62.5 
 
 		 187 aa  232  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  62.64 
 
 		 192 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  68.15 
 
 		 206 aa  229  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  62.5 
 
 		 186 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  64.33 
 
 		 194 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1568  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  227  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0321479 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1556  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0733084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1884  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1716  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.270473  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1628  electron transport complex protein RnfB  56.54 
 
 		 192 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0262939  normal  0.320495 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  57.22 
 
 		 188 aa  224  7e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  58.43 
 
 		 192 aa  221  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  59.88 
 
 		 196 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  57.61 
 
 		 183 aa  217  7.999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  60.82 
 
 		 178 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  57.56 
 
 		 191 aa  213  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1060  electron transport complex protein RnfB  56.32 
 
 		 196 aa  210  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60.69 
 
 		 192 aa  208  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  63.64 
 
 		 209 aa  206  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  54.59 
 
 		 180 aa  201  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  71.76 
 
 		 335 aa  198  5e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0689  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.19 
 
 		 181 aa  197  7.999999999999999e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0763573  normal  0.50038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1035  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  55.23 
 
 		 190 aa  190  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  61.94 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  67.44 
 
 		 291 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  65.12 
 
 		 404 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  60.4 
 
 		 291 aa  180  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  49.71 
 
 		 182 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  59.71 
 
 		 279 aa  170  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60 
 
 		 216 aa  168  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  60 
 
 		 216 aa  168  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  57.64 
 
 		 276 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  57.45 
 
 		 248 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.16 
 
 		 259 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0720  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  53.05 
 
 		 681 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340491  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0307  electron transport complex protein  58.39 
 
 		 213 aa  162  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1884  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  58.39 
 
 		 213 aa  162  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  57.45 
 
 		 334 aa  161  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  59.09 
 
 		 204 aa  160  9e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  58.78 
 
 		 137 aa  160  9e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  57.45 
 
 		 320 aa  160  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  56.74 
 
 		 342 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  56.74 
 
 		 342 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  56.74 
 
 		 306 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  55.94 
 
 		 276 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  56.74 
 
 		 339 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  56.74 
 
 		 341 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  52.53 
 
 		 204 aa  159  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1754  ferredoxin  60 
 
 		 139 aa  158  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1006  ferredoxin  54.93 
 
 		 268 aa  158  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.110987 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  57.45 
 
 		 316 aa  158  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  57.45 
 
 		 316 aa  158  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  57.45 
 
 		 279 aa  158  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1680  ferredoxin  60 
 
 		 139 aa  158  5e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  57.45 
 
 		 290 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  58.99 
 
 		 291 aa  158  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.12693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>