More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2065 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  52.45 
 
 
634 aa  670    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  51.5 
 
 
634 aa  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.51 
 
 
634 aa  680    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.82 
 
 
634 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.08 
 
 
632 aa  673    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.7 
 
 
634 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
642 aa  1320    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.77 
 
 
634 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.76 
 
 
634 aa  667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.29 
 
 
634 aa  663    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.54 
 
 
634 aa  688    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.2 
 
 
634 aa  681    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.61 
 
 
632 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.45 
 
 
634 aa  670    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  52.25 
 
 
646 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.95 
 
 
638 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  45.75 
 
 
631 aa  590  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  36.04 
 
 
634 aa  312  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
623 aa  235  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.21 
 
 
663 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
645 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.64 
 
 
644 aa  166  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 
648 aa  160  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 
803 aa  157  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
637 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.25 
 
 
792 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.71 
 
 
807 aa  154  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.2 
 
 
650 aa  153  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.64 
 
 
648 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.55 
 
 
650 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.38 
 
 
808 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.01 
 
 
805 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  26.79 
 
 
806 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 
648 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.35 
 
 
783 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.55 
 
 
1076 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 
649 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.62 
 
 
817 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 
731 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
642 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.88 
 
 
732 aa  140  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 
648 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.36 
 
 
811 aa  139  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.81 
 
 
1021 aa  139  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.85 
 
 
648 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  25.69 
 
 
596 aa  137  8e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.23 
 
 
1072 aa  137  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  24.01 
 
 
635 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.24 
 
 
734 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.28 
 
 
698 aa  134  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
645 aa  134  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.39 
 
 
818 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  24.94 
 
 
823 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00780  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  26.13 
 
 
950 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.464511  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 
650 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.66 
 
 
818 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  23.62 
 
 
636 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04826  Putative signal protein with PAS(PAC), GGDEF and EAL domains  26.4 
 
 
798 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  24.77 
 
 
591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  23.42 
 
 
631 aa  132  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.22 
 
 
818 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  25.22 
 
 
973 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  23.62 
 
 
636 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
820 aa  130  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.51 
 
 
820 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  24.85 
 
 
647 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.01 
 
 
637 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  25.28 
 
 
1121 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
696 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  27.59 
 
 
1120 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  24.7 
 
 
647 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.22 
 
 
979 aa  128  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  24.94 
 
 
768 aa  128  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  24.12 
 
 
755 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.48 
 
 
666 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  24.7 
 
 
647 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  24.42 
 
 
636 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  25 
 
 
647 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  26.51 
 
 
634 aa  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 
663 aa  127  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  24.39 
 
 
820 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  24.83 
 
 
571 aa  127  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
637 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.81 
 
 
1278 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.77 
 
 
818 aa  127  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  26.91 
 
 
1105 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  24.4 
 
 
646 aa  126  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.82 
 
 
818 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 
671 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.127113  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.42 
 
 
728 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  24.71 
 
 
800 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  24.71 
 
 
800 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.01 
 
 
728 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  23.14 
 
 
641 aa  124  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 
1072 aa  124  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439713  normal  0.242332 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.22 
 
 
728 aa  124  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.71 
 
 
872 aa  124  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  23.97 
 
 
646 aa  124  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.71 
 
 
872 aa  124  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>