More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1994 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  100 
 
 		 310 aa  638    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  87.7 
 
 		 310 aa  566  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  85.11 
 
 		 310 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  83.17 
 
 		 310 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  527  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  529  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  81.88 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  82.52 
 
 		 310 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  82.52 
 
 		 310 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  82.52 
 
 		 310 aa  530  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  81.55 
 
 		 310 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  80.26 
 
 		 310 aa  525  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  78.96 
 
 		 309 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  78.64 
 
 		 309 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  56.47 
 
 		 316 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  57.28 
 
 		 311 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  52.43 
 
 		 318 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  52.43 
 
 		 318 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  54.49 
 
 		 315 aa  353  2e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  352  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 316 aa  352  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  53.72 
 
 		 315 aa  350  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  53.72 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  53.72 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  53.72 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  53.4 
 
 		 315 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  53.23 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  52.6 
 
 		 320 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  52.73 
 
 		 316 aa  343  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  54.87 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  51.77 
 
 		 316 aa  342  4e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  52.6 
 
 		 323 aa  340  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  50.8 
 
 		 319 aa  341  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  48.54 
 
 		 311 aa  322  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  48.87 
 
 		 314 aa  310  2.9999999999999997e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  44.55 
 
 		 307 aa  293  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  51.81 
 
 		 254 aa  279  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  33.66 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  33.65 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  31.44 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  33.01 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  30.42 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  30.39 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  30.94 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  28.25 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  30.46 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  30.87 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  29.84 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.64 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  31.46 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  30.65 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  31.35 
 
 		 287 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  28.71 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  27.24 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  28.2 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.66 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  27.06 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  30.4 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  29.85 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  27.65 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  29.23 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  30.03 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  26.2 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  27.97 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  26.16 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  26.73 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.16 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  28.76 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  25.08 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  25.42 
 
 		 291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  30.61 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  24.75 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  25.08 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  28.75 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  30.46 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  24.5 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  24.03 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  26.25 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  26.38 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  25.71 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  26.06 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  24.25 
 
 		 271 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  26.47 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  24.69 
 
 		 318 aa  99.4  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  25.73 
 
 		 296 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  26.93 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.32 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  25.33 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>