187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1935 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2570  putative lipoprotein  75.34 
 
 		 592 aa  947    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1907  hypothetical protein  71.62 
 
 		 609 aa  900    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000056708  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2293  hypothetical protein  75.42 
 
 		 591 aa  940    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000993307  normal  0.679763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2167  hypothetical protein  74.62 
 
 		 596 aa  944    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.363343  normal  0.850087 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2244  hypothetical protein  74.79 
 
 		 596 aa  946    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81668  normal  0.576675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2151  hypothetical protein  71.98 
 
 		 599 aa  894    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0849922  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2375  putative lipoprotein  74.96 
 
 		 596 aa  947    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151878  normal  0.0787288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1717  putative lipoprotein  73.23 
 
 		 595 aa  915    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.271095  normal  0.0681591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1990  hypothetical protein  76.61 
 
 		 590 aa  954    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1935  hypothetical protein  100 
 
 		 592 aa  1228    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00034791  normal  0.013842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2334  protein of unknown function DUF885  76.78 
 
 		 590 aa  956    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000423863  normal  0.0462508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2237  hypothetical protein  75 
 
 		 590 aa  935    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000589696  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2053  hypothetical protein  76.78 
 
 		 590 aa  956    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.807252  hitchhiker  0.000853258 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1770  hypothetical protein  76.27 
 
 		 590 aa  949    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.989562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2005  hypothetical protein  76.61 
 
 		 590 aa  954    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0461311  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2317  hypothetical protein  78.38 
 
 		 592 aa  975    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000037575  hitchhiker  0.00132048 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1237  protein of unknown function DUF885  35.48 
 
 		 602 aa  347  4e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.157803  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4531  hypothetical protein  33.93 
 
 		 582 aa  304  4.0000000000000003e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0197  protein of unknown function DUF885  31.73 
 
 		 578 aa  272  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1952  hypothetical protein  29.5 
 
 		 542 aa  258  2e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2949  hypothetical protein  28.85 
 
 		 635 aa  257  4e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5817  hypothetical protein  28.29 
 
 		 536 aa  238  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0887  hypothetical protein  29.34 
 
 		 554 aa  216  8e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2188  protein of unknown function DUF885  27.44 
 
 		 542 aa  211  4e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.667858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1976  protein of unknown function DUF885  27.76 
 
 		 628 aa  194  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0897671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0817  protein of unknown function DUF885  26.6 
 
 		 548 aa  191  4e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0452595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1385  hypothetical protein  26.78 
 
 		 575 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0417  protein of unknown function DUF885  26.62 
 
 		 581 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.974704 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2107  hypothetical protein  23.79 
 
 		 554 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.688349  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2501  putative lipoprotein  25.3 
 
 		 540 aa  114  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.137553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1325  hypothetical protein  22.73 
 
 		 614 aa  114  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0980607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1257  hypothetical protein  22.08 
 
 		 615 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0275437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1187  hypothetical protein  22.08 
 
 		 615 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1225  hypothetical protein  23.13 
 
 		 613 aa  108  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000182029  normal  0.162619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1186  hypothetical protein  22.08 
 
 		 615 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.439347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02708  hypothetical protein  22.49 
 
 		 617 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0683  hypothetical protein  28 
 
 		 502 aa  105  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4171  hypothetical protein  27.17 
 
 		 496 aa  104  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0258196  normal  0.693173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1130  hypothetical protein  21.83 
 
 		 613 aa  104  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1391  protein of unknown function DUF885  23.42 
 
 		 583 aa  101  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1181  putative secreted protein  27.51 
 
 		 506 aa  101  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.869398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1120  hypothetical protein  22.81 
 
 		 627 aa  99.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.235834  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5177  protein of unknown function DUF885  23.73 
 
 		 543 aa  99.8  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2694  hypothetical protein  22.42 
 
 		 628 aa  100  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290043  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2867  hypothetical protein  22.61 
 
 		 618 aa  98.6  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000160677  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3361  hypothetical protein  21.7 
 
 		 615 aa  95.9  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3972  hypothetical protein  23.46 
 
 		 544 aa  95.9  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.220987  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2688  hypothetical protein  26.1 
 
 		 607 aa  94.7  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.20701  unclonable  0.0000515921 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2621  hypothetical protein  26.1 
 
 		 607 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00640783 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2796  hypothetical protein  26.1 
 
 		 607 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.356922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0679  hypothetical protein  25.92 
 
 		 605 aa  94.4  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.269087 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2692  hypothetical protein  23.4 
 
 		 624 aa  94  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000199463  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3032  hypothetical protein  20.63 
 
 		 616 aa  94  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.913985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0043  hypothetical protein  22.35 
 
 		 618 aa  93.2  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0062992  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0473  protein of unknown function DUF885  26.42 
 
 		 522 aa  92.8  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3047  hypothetical protein  20.63 
 
 		 616 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000223999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2185  putative lipoprotein  21.36 
 
 		 617 aa  92.8  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0983749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1331  protein of unknown function DUF885  21.23 
 
 		 616 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000481618  hitchhiker  0.000370472 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3190  hypothetical protein  21.05 
 
 		 616 aa  91.7  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000502664  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1465  hypothetical protein  24.66 
 
 		 614 aa  90.1  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3262  hypothetical protein  26.23 
 
 		 611 aa  89.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.744492 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1470  hypothetical protein  24.45 
 
 		 614 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.380517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3456  hypothetical protein  24.28 
 
 		 605 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.203936  normal  0.029844 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1501  hypothetical protein  24.38 
 
 		 614 aa  88.6  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1367  hypothetical protein  25 
 
 		 614 aa  87.8  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3915  hypothetical protein  23.47 
 
 		 603 aa  87.8  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.490464  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2418  hypothetical protein  26.28 
 
 		 607 aa  87.4  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0045  hypothetical protein  23.16 
 
 		 603 aa  87  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.227814  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4234  hypothetical protein  24.05 
 
 		 608 aa  85.9  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4495  hypothetical protein  23 
 
 		 603 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.340398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1390  hypothetical protein  26.07 
 
 		 609 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4298  protein of unknown function DUF885  23 
 
 		 603 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000426014 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08886  hypothetical protein  22.19 
 
 		 602 aa  85.1  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0383418  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2922  protein of unknown function DUF885  29.39 
 
 		 646 aa  85.5  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.799276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01796  hypothetical protein  24.85 
 
 		 629 aa  84.7  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.378298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2882  protein of unknown function DUF885  24.11 
 
 		 617 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.92896  hitchhiker  0.00786723 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1578  hypothetical protein  23.59 
 
 		 616 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.222544  normal  0.140348 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2484  hypothetical protein  21.29 
 
 		 625 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4353  hypothetical protein  23 
 
 		 603 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0588  Prolyl oligopeptidase  22.7 
 
 		 1283 aa  84  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0497  protein of unknown function DUF885  22.15 
 
 		 587 aa  83.6  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2356  hypothetical protein  25.52 
 
 		 619 aa  83.2  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.805345  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3964  hypothetical protein  25.7 
 
 		 621 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0052  hypothetical protein  22.26 
 
 		 591 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0722154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1261  hypothetical protein  24.18 
 
 		 609 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000229182 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3567  hypothetical protein  25.28 
 
 		 621 aa  82  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.103554  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4378  hypothetical protein  22.47 
 
 		 595 aa  82  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2620  hypothetical protein  23.65 
 
 		 609 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4118  hypothetical protein  22.43 
 
 		 601 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3072  hypothetical protein  30.65 
 
 		 616 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000286308  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1831  hypothetical protein  25.23 
 
 		 609 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4005  hypothetical protein  22.52 
 
 		 601 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.846919 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0095  hypothetical protein  21.98 
 
 		 599 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1979  protein of unknown function DUF885  23.38 
 
 		 592 aa  80.9  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3913  hypothetical protein  22.52 
 
 		 601 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.10642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2471  hypothetical protein  29.84 
 
 		 611 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000555519 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1934  hypothetical protein  24.93 
 
 		 628 aa  79.7  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.188591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2457  hypothetical protein  29.32 
 
 		 609 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000006339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2527  hypothetical protein  29.32 
 
 		 609 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.219284  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2619  hypothetical protein  29.32 
 
 		 611 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000485801 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>