More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1915 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1915  elongation factor P  100 
 
 		 186 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120633  unclonable  0.00000167912 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2049  elongation factor P  92.43 
 
 		 186 aa  362  2e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000851493  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2268  elongation factor P  92.97 
 
 		 186 aa  361  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.04773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2339  elongation factor P  91.4 
 
 		 186 aa  357  8e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0127708  hitchhiker  0.0000774708 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1992  elongation factor P  87.1 
 
 		 186 aa  341  5e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000014351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1908  elongation factor P  86.02 
 
 		 186 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000484999  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1875  elongation factor P  90.27 
 
 		 186 aa  333  7.999999999999999e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000405635  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2232  elongation factor P  89.73 
 
 		 186 aa  331  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000315255  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2189  elongation factor P  89.73 
 
 		 186 aa  331  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000173  unclonable  0.00000474923 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4518  elongation factor P  89.73 
 
 		 186 aa  331  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2245  elongation factor P  89.73 
 
 		 186 aa  331  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000454991  decreased coverage  0.0000000000324957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2139  elongation factor P  89.73 
 
 		 186 aa  331  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000480024  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2038  elongation factor P  89.19 
 
 		 186 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000835391  hitchhiker  0.00115399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1937  elongation factor P  89.19 
 
 		 186 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000886645  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2141  elongation factor P  89.19 
 
 		 186 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000141842  hitchhiker  0.000269097 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2328  elongation factor P  88.65 
 
 		 186 aa  328  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1699  elongation factor P  83.87 
 
 		 188 aa  323  6e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000109401  normal  0.0250374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15280  elongation factor P  61.29 
 
 		 188 aa  251  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00757913  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0565  translation elongation factor P  60.75 
 
 		 189 aa  250  7e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0857  elongation factor P  64.17 
 
 		 186 aa  249  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.479626 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1755  elongation factor P  63.78 
 
 		 185 aa  248  4e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1934  elongation factor P  63.78 
 
 		 184 aa  247  6e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.204738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0132  elongation factor P  63.24 
 
 		 185 aa  245  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2035  elongation factor P  62.7 
 
 		 185 aa  243  9e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.373197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27210  elongation factor P  61.08 
 
 		 188 aa  243  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.791467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2304  elongation factor P  61.08 
 
 		 188 aa  243  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0302862  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1962  elongation factor P  62.16 
 
 		 199 aa  242  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0767927  normal  0.96183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1069  elongation factor P  63.1 
 
 		 188 aa  241  5e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0510953  normal  0.169109 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0550  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2833  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2886  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2822  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0858558  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2459  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2771  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3074  elongation factor P  61.08 
 
 		 184 aa  238  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.14851 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1782  elongation factor P  62.03 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0461395  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2362  elongation factor P  62.7 
 
 		 184 aa  238  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.681402  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2875  elongation factor P  62.7 
 
 		 184 aa  238  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.220624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1648  elongation factor P  62.7 
 
 		 184 aa  236  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1737  elongation factor P  60.96 
 
 		 185 aa  236  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.862842  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2163  elongation factor P  59.89 
 
 		 185 aa  234  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54677 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1625  elongation factor P  60 
 
 		 184 aa  234  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.531949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1779  elongation factor P  62.16 
 
 		 184 aa  234  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2871  elongation factor P  61.62 
 
 		 184 aa  233  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2246  elongation factor P  60.43 
 
 		 186 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0661  elongation factor P  58.82 
 
 		 185 aa  232  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.551616  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1099  elongation factor P  58.82 
 
 		 185 aa  232  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1141  elongation factor P  58.82 
 
 		 185 aa  232  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1017  elongation factor P  59.36 
 
 		 185 aa  231  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1021  elongation factor P  59.36 
 
 		 185 aa  231  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3233  elongation factor P  61.62 
 
 		 184 aa  230  7.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.475124  normal  0.149098 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2242  elongation factor P  58.6 
 
 		 184 aa  230  9e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0208447  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4253  elongation factor P  57.75 
 
 		 185 aa  227  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2412  elongation factor P  59.89 
 
 		 186 aa  227  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0259634 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0849  elongation factor P  59.36 
 
 		 185 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0141003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1093  elongation factor P  57.75 
 
 		 185 aa  224  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2891  elongation factor P  57.75 
 
 		 185 aa  224  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.665386  normal  0.0670504 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0413  elongation factor P  57.75 
 
 		 186 aa  222  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.154549  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0421  elongation factor P  56.68 
 
 		 186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2130  translation initiation factor 5A (eIF-5A)  55.68 
 
 		 190 aa  218  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0576423  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3999  elongation factor P  52.66 
 
 		 189 aa  206  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000867749  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1858  elongation factor P  51.34 
 
 		 189 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.453569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3856  elongation factor P  51.34 
 
 		 189 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198418  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1468  elongation factor P  50.27 
 
 		 189 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1433  elongation factor P  50.27 
 
 		 189 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3628  elongation factor P  51.6 
 
 		 189 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000158679  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1765  translation elongation factor P  51.06 
 
 		 189 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1898  Elongation factor P  48.66 
 
 		 189 aa  194  8.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.185446  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0999  elongation factor P  52.11 
 
 		 191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.692451  normal  0.398098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0934  elongation factor P  52.11 
 
 		 191 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal  0.0465306 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0996  translation elongation factor P  46.07 
 
 		 190 aa  151  5.9999999999999996e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2275  translation elongation factor P  43.46 
 
 		 191 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4171  translation elongation factor P  37.43 
 
 		 187 aa  132  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374404  normal  0.818087 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12554  elongation factor P  36.56 
 
 		 187 aa  128  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0185944 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1042  translation elongation factor P  37.91 
 
 		 190 aa  127  7.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000205263  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1849  elongation factor P  38.5 
 
 		 185 aa  127  8.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.583476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3145  translation elongation factor P  36.9 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027119 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  34.43 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  34.43 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  34.43 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  40.11 
 
 		 185 aa  124  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  36.22 
 
 		 187 aa  124  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2943  translation elongation factor P  37.97 
 
 		 185 aa  124  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000799114  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04017  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3845  translation elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4731  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4612  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03979  hypothetical protein  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3009  elongation factor P  37.63 
 
 		 211 aa  123  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.144718 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4677  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4704  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  34.78 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0412  elongation factor P  34.78 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757192 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3865  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4389  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4616  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4604  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.724396  normal  0.715091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4752  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.69408 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1842  elongation factor P  38.5 
 
 		 185 aa  123  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5663  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140312 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>