132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1788 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1788  CreA family protein  100 
 
 
165 aa  342  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.804701  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2205  CreA family protein  81.08 
 
 
171 aa  253  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2282  CreA family protein  80.41 
 
 
171 aa  251  2e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84118  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2415  CreA family protein  81.38 
 
 
171 aa  251  2e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113844  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1735  CreA family protein  75.16 
 
 
162 aa  248  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1872  CreA family protein  75.78 
 
 
162 aa  248  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.210491  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2190  creA protein  79.31 
 
 
165 aa  248  3e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2453  CreA family protein  75.78 
 
 
162 aa  248  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1836  CreA family protein  75.78 
 
 
162 aa  247  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1824  CreA family protein  75.16 
 
 
162 aa  245  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00367873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2009  creA protein  77.62 
 
 
164 aa  241  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2522  CreA family protein  74.52 
 
 
164 aa  240  5e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2655  CreA family protein  69.88 
 
 
166 aa  237  6e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.546871  normal  0.237745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1975  CreA family protein  76.22 
 
 
165 aa  236  7e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00187565  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2098  CreA  77.04 
 
 
161 aa  223  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.409089  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0588  putative lipoprotein  63.7 
 
 
158 aa  199  1e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.253081  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0829  CreA family protein  59.62 
 
 
164 aa  189  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.272971  normal  0.0737603 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03125  creA protein  66.91 
 
 
170 aa  189  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0434  creA protein  62.5 
 
 
160 aa  184  6e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3273  CreA  62.77 
 
 
154 aa  183  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2403  CreA family protein  59.86 
 
 
155 aa  180  9e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  7.90127e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000206  CreA protein  61.59 
 
 
156 aa  176  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.665354  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1436  creA protein  62.41 
 
 
159 aa  171  4e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05941  hypothetical protein  63.38 
 
 
157 aa  168  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2837  CreA family protein  44.59 
 
 
164 aa  124  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.542639  hitchhiker  0.00948652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2576  CreA family protein  43.64 
 
 
164 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.474356  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2864  hypothetical protein  42.18 
 
 
162 aa  115  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1763  CreA family protein  41.88 
 
 
165 aa  115  4e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3321  CreA family protein  46.62 
 
 
151 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2047  CreA family protein  41.82 
 
 
165 aa  112  2e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  normal  0.359349 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1167  CreA family protein  46.92 
 
 
150 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.538794  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2505  CreA family protein  46.92 
 
 
186 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2014  CreA family protein  43.54 
 
 
151 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.418182  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1370  hypothetical protein  38.37 
 
 
165 aa  111  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.602896  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1414  hypothetical protein  38.37 
 
 
165 aa  111  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0931733  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0817  CreA family protein  40.4 
 
 
153 aa  104  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0789  CreA family protein  42.48 
 
 
164 aa  102  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  6.58156e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0569  hypothetical protein  46.09 
 
 
161 aa  94.4  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.204427  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4997  hypothetical protein  45.61 
 
 
162 aa  94.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.820567 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4838  hypothetical protein  45.61 
 
 
162 aa  94.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4999  hypothetical protein  45.61 
 
 
162 aa  94.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4911  hypothetical protein  45.61 
 
 
157 aa  94  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4945  hypothetical protein  45.61 
 
 
157 aa  94  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2475  CreA family protein  44.26 
 
 
154 aa  93.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0227158  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46347  predicted protein  41.14 
 
 
255 aa  92  4e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.048303  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3866  hypothetical protein  38.85 
 
 
160 aa  91.7  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  2.48157e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1237  CreA family protein  46.09 
 
 
179 aa  90.9  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.074293 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0680  hypothetical protein  37.5 
 
 
159 aa  90.5  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  4.79478e-06  normal  0.515655 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4996  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4945  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4948  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5912  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4633  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04273  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04238  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3659  hypothetical protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.959086  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3600  CreA family protein  43.86 
 
 
157 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3607  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2083  CreA  42.42 
 
 
155 aa  89.4  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3479  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0812  hypothetical protein  36.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0530  hypothetical protein  43.48 
 
 
158 aa  89  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0558  hypothetical protein  42.11 
 
 
156 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3672  hypothetical protein  42.98 
 
 
160 aa  88.2  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.832034  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0634  CreA family protein  41.74 
 
 
168 aa  87.8  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.265894  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0655  CreA family protein  41.74 
 
 
168 aa  87.8  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3982  CreA family protein  41.38 
 
 
168 aa  86.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0326  CreA  44.07 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.884281  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1905  CreA  42.98 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4493  CreA family protein  36.55 
 
 
153 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.105025  normal  0.313164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0724  CreA family protein  37.24 
 
 
153 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.604752  normal  0.0462373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0724  CreA family protein  37.24 
 
 
153 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0692  CreA family protein  36.55 
 
 
153 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0806  CreA family protein  40 
 
 
167 aa  84  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  8.26192e-07  normal  0.327606 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4988  CreA family protein  37.96 
 
 
178 aa  84  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109414  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4747  hypothetical protein  37.91 
 
 
158 aa  84  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2934  CreA family protein  38.64 
 
 
158 aa  83.6  1e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  1.34682e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60410  hypothetical protein  36.57 
 
 
154 aa  83.6  1e-15  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117962 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3678  CreA family protein  37.72 
 
 
152 aa  83.6  1e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5204  hypothetical protein  36.57 
 
 
154 aa  83.6  1e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5711  CreA family protein  39.13 
 
 
169 aa  82.8  2e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0147337 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4041  CreA  36.91 
 
 
157 aa  81.6  4e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4856  CreA  35.82 
 
 
154 aa  81.6  5e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1050  hypothetical protein  38.17 
 
 
158 aa  81.3  6e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.3058e-09  normal  0.385913 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2205  CreA family protein  37.4 
 
 
160 aa  79.7  1e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  5.71035e-08  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0705  CreA  31.48 
 
 
156 aa  80.1  1e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1693  creA protein  37.04 
 
 
160 aa  79.3  2e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  3.20611e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2219  CreA family protein  39.13 
 
 
167 aa  79.3  2e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.733419  normal  0.0172674 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2379  CreA family protein  42.61 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.248608  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0978  CreA family protein  37.4 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  5.90297e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1057  CreA family protein  37.4 
 
 
161 aa  79.3  2e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  5.9839e-06  normal  0.957052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4211  hypothetical protein  36.64 
 
 
161 aa  79.3  2e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.28234e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0974  CreA family protein  37.4 
 
 
161 aa  79.7  2e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  2.43201e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0619  CreA  37.4 
 
 
161 aa  79.3  2e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000154449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2016  CreA family protein  39.47 
 
 
168 aa  79.7  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.894625  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1098  CreA family protein  37.4 
 
 
161 aa  79.3  2e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  1.56218e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1829  CreA protein  37.12 
 
 
159 aa  78.6  3e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  1.82494e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40750  CreA family protein  36.84 
 
 
150 aa  79  3e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2776  creA protein  37.12 
 
 
159 aa  78.6  3e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  1.11914e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1356  CreA family protein  33.33 
 
 
159 aa  79  3e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.389056  normal  0.0606126 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>