112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1786 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1786  hypothetical protein  100 
 
 		 500 aa  993    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2190  hypothetical protein  62.92 
 
 		 468 aa  487  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2658  hypothetical protein  56.28 
 
 		 501 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.853599  normal  0.0770417 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1572  hypothetical protein  53.85 
 
 		 498 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2684  hypothetical protein  50.89 
 
 		 454 aa  406  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1023  membrane-bound serine protease (ClpP class)-like protein  49.78 
 
 		 529 aa  378  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3548  hypothetical protein  46.74 
 
 		 453 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0969305  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05730  hypothetical protein  47.1 
 
 		 472 aa  360  4e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.962893  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0946  hypothetical protein  44.62 
 
 		 463 aa  356  5.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0248108  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06173  serine protease  47.14 
 
 		 455 aa  355  6.999999999999999e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0471  nodulation efficiency protein NfeD  45.01 
 
 		 481 aa  349  6e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2129  hypothetical protein  45.41 
 
 		 496 aa  348  2e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1039  hypothetical protein  43.85 
 
 		 456 aa  346  7e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0491  transmembrane protein  45.05 
 
 		 446 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000357  nfed family protein  45.49 
 
 		 458 aa  341  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2767  nodulation efficiency protein NfeD  42.42 
 
 		 464 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0990  hypothetical protein  47.96 
 
 		 453 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.781723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0853  hypothetical protein  42.86 
 
 		 472 aa  336  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0224  hypothetical protein  45.05 
 
 		 447 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1634  hypothetical protein  44.12 
 
 		 459 aa  330  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0401  hypothetical protein  43.27 
 
 		 460 aa  326  6e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680727  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0118  hypothetical protein  41.52 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2176  nodulation efficiency protein D  41.63 
 
 		 560 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0819  protein of unknown function DUF107  42.35 
 
 		 462 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.273876  normal  0.314261 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0916  NfeD family protein  41.63 
 
 		 503 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654023  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0749  protein of unknown function DUF107  42.35 
 
 		 464 aa  324  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.482474 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0824  NfeD family protein  41.56 
 
 		 501 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.826176  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0527  non-proteolytic membrane spanning protein, peptidase family S49  41.78 
 
 		 458 aa  320  3e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1602  Nodulation efficiency protein NfeD  40.66 
 
 		 489 aa  320  3e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1783  hypothetical protein  41.68 
 
 		 490 aa  320  3.9999999999999996e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1661  nfeD family protein  41.78 
 
 		 458 aa  320  5e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.125508  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5652  protein of unknown function DUF107  37.89 
 
 		 522 aa  320  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.995494 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1805  nodulation competitiveness protein nfeD  40.43 
 
 		 557 aa  318  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151355  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0805  hypothetical protein  42.83 
 
 		 491 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.743385  normal  0.719303 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3369  hypothetical protein  43.17 
 
 		 488 aa  318  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1642  membrane-bound serine protease (ClpP class)  44.74 
 
 		 455 aa  317  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.068778  normal  0.0912481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1082  hypothetical protein  39.92 
 
 		 546 aa  316  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409123  hitchhiker  0.00827512 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3654  hypothetical protein  42.86 
 
 		 524 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05880  putative membrane-bound protease  45.52 
 
 		 443 aa  312  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2106  protein of unknown function DUF107  38.88 
 
 		 510 aa  311  2e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.420737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0221  hypothetical protein  44.18 
 
 		 448 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.719218 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5124  hypothetical protein  41.13 
 
 		 508 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.417825 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0803  hypothetical protein  42.13 
 
 		 470 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0268  hypothetical protein  44.3 
 
 		 449 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1989  nodulation efficiency protein NfeD  41.26 
 
 		 473 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00554582  normal  0.0711803 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4390  protein of unknown function DUF107  44.09 
 
 		 467 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0200  hypothetical protein  43.86 
 
 		 448 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4906  hypothetical protein  42.64 
 
 		 528 aa  299  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.349599 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2149  hypothetical protein  42.06 
 
 		 488 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5321  hypothetical protein  42.32 
 
 		 516 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00956153  decreased coverage  0.00774804 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4387  hypothetical protein  41.85 
 
 		 525 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98413  normal  0.116694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0712  membrane-bound serine protease  40.65 
 
 		 525 aa  291  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0348  hypothetical protein  44.32 
 
 		 465 aa  290  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3402  hypothetical protein  42.49 
 
 		 519 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4965  hypothetical protein  42.49 
 
 		 519 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4519  hypothetical protein  42.12 
 
 		 452 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.829865  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3380  protein of unknown function DUF107  43.46 
 
 		 467 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0553  putative lipoprotein  44.72 
 
 		 443 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0017  protein of unknown function DUF107  38.65 
 
 		 437 aa  261  1e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3029  hypothetical protein  38.41 
 
 		 501 aa  251  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2887  hypothetical protein  38.5 
 
 		 501 aa  250  4e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2529  nodulation efficiency protein NfeD  34.68 
 
 		 438 aa  242  9e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1213  protein of unknown function DUF107  38.65 
 
 		 439 aa  242  9e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00310663  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3060  protein of unknown function DUF107  38.2 
 
 		 430 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1515  hypothetical protein  37.36 
 
 		 486 aa  239  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.331785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2431  hypothetical protein  37.14 
 
 		 433 aa  232  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25642  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1354  protein of unknown function DUF107  33.18 
 
 		 429 aa  231  2e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000001209  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0465  hypothetical protein  34.39 
 
 		 451 aa  226  6e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00378615  normal  0.0107416 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0619  hypothetical protein  33.26 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.857657  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0813  nodulation efficiency protein NfeD  37.47 
 
 		 446 aa  223  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000363847  hitchhiker  0.000000223757 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1959  membrane-bound serine protease (ClpP class), putative  34.78 
 
 		 470 aa  220  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0871  protein of unknown function DUF107  33.06 
 
 		 444 aa  212  1e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000176034  normal  0.0484156 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2913  hypothetical protein  35.07 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1025  protein of unknown function DUF107  34.16 
 
 		 453 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0941  protein of unknown function DUF107  34.98 
 
 		 425 aa  208  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1160  nodulation efficiency protein NfeD  36.78 
 
 		 445 aa  206  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00735841  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1477  hypothetical protein  32.18 
 
 		 436 aa  202  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135375  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1590  protein of unknown function DUF107  35.31 
 
 		 471 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1495  protein of unknown function DUF107  35.55 
 
 		 471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2369  nodulation efficiency protein NfeD  34.53 
 
 		 472 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0864  protein of unknown function DUF107  35.09 
 
 		 447 aa  194  4e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0908581  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1169  protein of unknown function DUF107  33.61 
 
 		 434 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123968 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1501  hypothetical protein  34 
 
 		 452 aa  176  8e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0487319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1306  NfeD protein  33.79 
 
 		 443 aa  171  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1742  protein of unknown function DUF107  29 
 
 		 462 aa  172  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0102804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0037  nodulation efficiency protein NfeD  31.58 
 
 		 452 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00280773  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1803  nodulation efficiency protein NfeD  30.07 
 
 		 437 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1336  hypothetical protein  27 
 
 		 464 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.965224  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1623  hypothetical protein  26.37 
 
 		 464 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.475533 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1731  hypothetical protein  30.13 
 
 		 421 aa  136  9e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3474  nodulation efficiency protein NfeD  28.66 
 
 		 442 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0121141 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1013  protein of unknown function DUF107  26.58 
 
 		 455 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0068  hypothetical protein  25.28 
 
 		 454 aa  97.4  5e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1056  hypothetical protein  30.28 
 
 		 438 aa  92.4  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.919893 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1572  hypothetical protein  26.19 
 
 		 436 aa  90.5  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.951288  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2167  nodulation efficiency protein NfeD  28.03 
 
 		 428 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0014  hypothetical protein  25.61 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1190  protein of unknown function DUF107  27.51 
 
 		 447 aa  85.9  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00806251  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2227  protein of unknown function DUF107  28.33 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.46745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1395  hypothetical protein  28.21 
 
 		 364 aa  73.2  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51965  normal  0.883409 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>