164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1762 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1762  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 		 187 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2091  hydrogenase expression/formation protein  80.75 
 
 		 187 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.910871  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1819  hydrogenase expression/formation protein  80.98 
 
 		 192 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2158  hydrogenase expression/formation protein  80.98 
 
 		 192 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.6852  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1877  hydrogenase expression/formation protein  80.98 
 
 		 192 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2030  hydrogenase expression/formation protein  79.89 
 
 		 185 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.468392  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2096  hydrogenase expression/formation protein  79.03 
 
 		 192 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1905  hydrogenase expression/formation protein  78.8 
 
 		 185 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0136333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1886  hydrogenase expression/formation protein  81.42 
 
 		 185 aa  299  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1912  hydrogenase expression/formation protein  80.87 
 
 		 185 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1919  hydrogenase expression/formation protein  80.87 
 
 		 185 aa  297  5e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2407  hydrogenase expression/formation protein  80.87 
 
 		 185 aa  297  6e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.132093  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1676  hydrogenase expression/formation protein  69.73 
 
 		 185 aa  279  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2106  hydrogenase maturation protease  70.17 
 
 		 184 aa  276  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0937  hydrogenase maturation protease HydD  53.67 
 
 		 179 aa  209  2e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.353395  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0098  hydrogenase maturation protease HydD  48.6 
 
 		 180 aa  194  8.000000000000001e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0404839  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1103  hydrogenase maturation protease  50.57 
 
 		 179 aa  188  4e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0462  hydrogenase maturation protease HydD  47.46 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000346095  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1400  hydrogenase maturation protease HydD  46.89 
 
 		 178 aa  182  3e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1280  hydrogenase maturation protease HydD  46.33 
 
 		 178 aa  178  4e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00834079  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1433  peptidase M52, hydrogenase expression/formation protein  48.33 
 
 		 181 aa  174  6e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.50886  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0715  Ni/Fe hydrogenase, expression/formation protein  44.89 
 
 		 177 aa  173  1.9999999999999998e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.930335  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1900  hydrogenase maturation protease superfamily  45.14 
 
 		 179 aa  169  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0864  hydrogenase maturation protease HydD  42.46 
 
 		 181 aa  162  3e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  36.13 
 
 		 161 aa  106  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  35.19 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2036  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.33 
 
 		 190 aa  100  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  33.95 
 
 		 165 aa  99  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  35.48 
 
 		 168 aa  96.7  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  36.17 
 
 		 161 aa  96.7  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  35.03 
 
 		 164 aa  95.9  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  35.48 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  36.13 
 
 		 165 aa  90.9  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  33.14 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  33.96 
 
 		 169 aa  85.1  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.45 
 
 		 164 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.45 
 
 		 164 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.45 
 
 		 164 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  33.75 
 
 		 159 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.45 
 
 		 164 aa  83.6  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.45 
 
 		 164 aa  83.6  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  30.82 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  34.12 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  30.82 
 
 		 164 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  32.43 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  30.82 
 
 		 164 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  30.82 
 
 		 164 aa  80.9  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  31.87 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  33.12 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  32.28 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  31.15 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  34.51 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  36.88 
 
 		 214 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  31.25 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  31.06 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.83 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  35.92 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  30.06 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  29.79 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  30.63 
 
 		 159 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  30.71 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  30.71 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  30.71 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  30.71 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  31.52 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  29.65 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  32.62 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  33.8 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  32.93 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  29.94 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  31.82 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  34.29 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  31.76 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11780  hydrogenase maturation protease  25.61 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0353355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  28.83 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  27.5 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1968  hydrogenase maturation protease  31.78 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  31.06 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  35.46 
 
 		 224 aa  67.4  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  30.57 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  31.08 
 
 		 172 aa  66.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  29.19 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  30.28 
 
 		 156 aa  65.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  32.59 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  35.94 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  35.25 
 
 		 170 aa  63.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  30.54 
 
 		 177 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08520  hydrogenase maturation protease  26.71 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1271  peptidase M52, hydrogen uptake protein  36.18 
 
 		 167 aa  62.8  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.813931  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1280  hydrogenase maturation protease  27.39 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  35.16 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  23.64 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  30.12 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  31.47 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  30.99 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>