More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1735 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  73.92 
 
 		 733 aa  1072    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 713 aa  1462    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  74.53 
 
 		 744 aa  1091    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  61.71 
 
 		 744 aa  926    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  73.81 
 
 		 743 aa  1108    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  75.14 
 
 		 712 aa  1130    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  74.37 
 
 		 732 aa  1117    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  68.49 
 
 		 748 aa  1037    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  73.67 
 
 		 743 aa  1107    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  69.44 
 
 		 733 aa  1066    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  82.63 
 
 		 736 aa  1228    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  74.64 
 
 		 729 aa  1076    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  68.49 
 
 		 757 aa  1035    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  76.45 
 
 		 729 aa  1145    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  66.76 
 
 		 730 aa  1021    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  73.57 
 
 		 744 aa  1107    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  39.35 
 
 		 726 aa  507  9.999999999999999e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  40.2 
 
 		 697 aa  507  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  36.18 
 
 		 687 aa  423  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  35.78 
 
 		 714 aa  418  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02805  TonB-dependent receptor  34.17 
 
 		 696 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00354555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 853 aa  234  5e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 851 aa  233  6e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 690 aa  213  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 690 aa  211  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  27.94 
 
 		 715 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 720 aa  209  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 		 695 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 729 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 761 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 747 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 764 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 687 aa  171  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 713 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 728 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 732 aa  169  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 763 aa  167  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 732 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 755 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 720 aa  161  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 773 aa  160  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 751 aa  157  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 704 aa  156  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 771 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 762 aa  154  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 753 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 773 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 731 aa  151  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 753 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 695 aa  151  5e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 746 aa  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 730 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 724 aa  148  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 712 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 		 692 aa  148  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 711 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 666 aa  147  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 749 aa  146  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 641 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 686 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 713 aa  145  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 710 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 741 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 763 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 710 aa  144  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 794 aa  143  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 766 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 737 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 802 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  23.57 
 
 		 767 aa  142  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 803 aa  141  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 702 aa  140  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 764 aa  140  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 761 aa  140  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 719 aa  139  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 713 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 703 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 684 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 694 aa  137  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 700 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 743 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 769 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 767 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3403  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 731 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 723 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 758 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 792 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 758 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 775 aa  134  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 728 aa  134  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 759 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 758 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  25.11 
 
 		 694 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 777 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 761 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 758 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 758 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 694 aa  132  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 769 aa  132  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 809 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>