More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1688 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  60.09 
 
 
721 aa  866    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  61.9 
 
 
704 aa  913    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  73.4 
 
 
716 aa  1100    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  100 
 
 
710 aa  1457    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  60.28 
 
 
724 aa  882    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  70.38 
 
 
717 aa  1042    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  60.88 
 
 
713 aa  887    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  40.43 
 
 
783 aa  481  1e-134  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  38.22 
 
 
817 aa  459  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  33.29 
 
 
771 aa  336  1e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 
849 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 
738 aa  300  5e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 
697 aa  295  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  31.34 
 
 
713 aa  295  2e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
700 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 
723 aa  288  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 
704 aa  279  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 
723 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 
723 aa  277  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 
718 aa  276  7e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 
725 aa  273  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 
725 aa  270  5e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 
725 aa  270  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 
723 aa  270  5e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 
725 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 
721 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
701 aa  249  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 
809 aa  241  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 
701 aa  240  8e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  28.97 
 
 
714 aa  239  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  27.44 
 
 
709 aa  225  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  28.76 
 
 
723 aa  224  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  27.46 
 
 
843 aa  218  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.84 
 
 
816 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  28.84 
 
 
813 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
739 aa  206  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
728 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 
839 aa  204  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  27.34 
 
 
732 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  27.79 
 
 
732 aa  198  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  26.94 
 
 
733 aa  197  8.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
716 aa  195  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
764 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
758 aa  189  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  25.91 
 
 
812 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
742 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  27.87 
 
 
746 aa  184  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
751 aa  183  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 
753 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  26.62 
 
 
726 aa  178  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  26.62 
 
 
726 aa  178  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  34.82 
 
 
332 aa  177  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  27.74 
 
 
723 aa  177  7e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  26.62 
 
 
726 aa  177  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  26.34 
 
 
745 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  26.11 
 
 
745 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  25.71 
 
 
745 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  25.56 
 
 
755 aa  147  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 
698 aa  144  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  24.27 
 
 
808 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  23.75 
 
 
817 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  24.07 
 
 
808 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.27 
 
 
755 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  28.57 
 
 
675 aa  88.6  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 
708 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
649 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 
764 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.34 
 
 
661 aa  79.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  30.87 
 
 
687 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  21.75 
 
 
859 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  27.84 
 
 
693 aa  77  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0719  TonB-dependent receptor, putative  23.2 
 
 
747 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
614 aa  75.1  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  31.05 
 
 
715 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  30.57 
 
 
621 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 
737 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  34.46 
 
 
706 aa  73.9  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  24.08 
 
 
706 aa  73.2  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
698 aa  73.9  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
707 aa  73.6  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  23.64 
 
 
861 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  21.71 
 
 
706 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.81 
 
 
862 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  30.99 
 
 
646 aa  72.4  0.00000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.77 
 
 
686 aa  72  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  30.77 
 
 
736 aa  71.6  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 
679 aa  72  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  27.69 
 
 
650 aa  71.6  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25 
 
 
759 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1977  sulfate/thiosulfate import ATP-binding protein CysA 2 (Sulfate-transporting ATPase 2)  32.37 
 
 
326 aa  71.2  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 
828 aa  71.2  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.21 
 
 
618 aa  70.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25 
 
 
862 aa  70.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  29.73 
 
 
700 aa  70.9  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0847  ferric receptor CfrA  32.75 
 
 
696 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  31.71 
 
 
656 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.13 
 
 
862 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 
670 aa  70.5  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  21.34 
 
 
710 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 
841 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>