More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1684 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1684  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
198 aa  392  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  unclonable  0.0000017661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2232  lysine exporter protein LysE/YggA  81.03 
 
 
197 aa  324  6e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.888389  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1429  lysine exporter protein LysE/YggA  78.68 
 
 
197 aa  322  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1560  lysine exporter protein LysE/YggA  78.68 
 
 
197 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.505926  normal  0.722057 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1531  lysine exporter protein LysE/YggA  78.68 
 
 
197 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2824  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  78.68 
 
 
197 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00830664  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1527  lysine exporter protein LysE/YggA  78.17 
 
 
197 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0050843  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2742  lysine exporter protein LysE/YggA  78.17 
 
 
197 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.13725  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2567  lysine exporter protein LysE/YggA  78.17 
 
 
197 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2634  lysine exporter protein LysE/YggA  78.17 
 
 
197 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1716  amino acid transporter LysE  78.17 
 
 
197 aa  318  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1354  lysine exporter protein LysE/YggA  76.65 
 
 
201 aa  316  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1493  lysine exporter protein (LysE/YggA)  77.16 
 
 
197 aa  314  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2755  lysine exporter protein LysE/YggA  75.13 
 
 
197 aa  305  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.541681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1396  lysine exporter protein LysE/YggA  52.02 
 
 
206 aa  209  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.76085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2947  hypothetical protein  51.74 
 
 
205 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34800  amino acid transporter LysE  51.24 
 
 
205 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000662816  hitchhiker  0.00481563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2508  amino acid transporter LysE  48.72 
 
 
204 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.315866  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2451  lysine exporter protein LysE/YggA  54.36 
 
 
209 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  54.36 
 
 
209 aa  192  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.361786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3234  lysine exporter protein LysE/YggA  52.06 
 
 
202 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2357  lysine exporter protein LysE/YggA  54.36 
 
 
209 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2541  lysine exporter protein LysE/YggA  53.33 
 
 
209 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00836946 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2002  lysine exporter protein LysE/YggA  50 
 
 
197 aa  188  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2677  lysine exporter protein LysE/YggA  50.77 
 
 
203 aa  187  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1365  lysine exporter protein LysE/YggA  49.01 
 
 
207 aa  185  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3913  lysine exporter protein LysE/YggA  51.91 
 
 
204 aa  185  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  46.11 
 
 
225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244507  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1806  lysine exporter protein LysE/YggA  49.24 
 
 
199 aa  182  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3452  transporter, LysE family  50 
 
 
202 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2529  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  48.72 
 
 
197 aa  174  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1559  LysE family protein  43.62 
 
 
640 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0672  amino acid efflux pump, RhtB family protein  44.09 
 
 
207 aa  169  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4342  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43.55 
 
 
207 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.701026 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2788  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  46.5 
 
 
197 aa  168  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2775  lysine exporter protein LysE/YggA  45.88 
 
 
200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.423256  normal  0.714667 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2949  lysine exporter protein LysE/YggA  45.03 
 
 
208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5281  lysine exporter protein LysE/YggA  43.62 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.704689  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4470  lysine exporter protein LysE/YggA  42.86 
 
 
205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1362  lysine exporter protein LysE/YggA  45.99 
 
 
196 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.400331  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3165  lysine exporter protein LysE/YggA  43.62 
 
 
205 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0053  LysE family protein  45.21 
 
 
280 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5024  lysine exporter protein LysE/YggA  43.09 
 
 
205 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.884494  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4474  lysine exporter protein LysE/YggA  42.25 
 
 
206 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3122  lysine exporter protein LysE/YggA  42.55 
 
 
204 aa  161  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3096  lysine exporter protein LysE/YggA  45.08 
 
 
212 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3162  lysine exporter protein LysE/YggA  46.52 
 
 
201 aa  160  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0501  lysine exporter protein LysE/YggA  43.01 
 
 
197 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5753  lysine exporter protein LysE/YggA  42.33 
 
 
205 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.123143 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5106  lysine exporter protein LysE/YggA  42.33 
 
 
205 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1490  LysE family translocator protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0052  LysE family protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0074  LysE family translocator protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0636233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0061  LysE family translocator protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1207  LysE family translocator protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0063  LysE family translocator protein  43.62 
 
 
205 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3627  lysine exporter protein LysE/YggA  42.27 
 
 
196 aa  157  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538229  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000909  putative threonine efflux protein  47.89 
 
 
194 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.850609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6083  amino acid transporter LysE  44.1 
 
 
201 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4107  lysine exporter protein LysE/YggA  43.52 
 
 
207 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.319328  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2478  hypothetical protein  44.1 
 
 
198 aa  155  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.609748 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2797  RhtB family transporter  48 
 
 
197 aa  155  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.376861  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06913  putative threonine efflux protein  47.89 
 
 
199 aa  154  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1490  lysine exporter protein LysE/YggA  46.43 
 
 
198 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0235  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.07 
 
 
216 aa  150  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0472066 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4757  lysine exporter protein LysE/YggA  44.79 
 
 
203 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0852741  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1102  lysine exporter protein LysE/YggA  44.39 
 
 
199 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  37.82 
 
 
202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00096233  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3667  lysine exporter protein LysE/YggA  46.84 
 
 
211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127666  normal  0.0314589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1315  hypothetical protein  46.24 
 
 
204 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3759  hypothetical protein  47.62 
 
 
174 aa  142  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.444425  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1041  transmembrane transporter protein, LysE type translocator  42.78 
 
 
195 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4575  lysine exporter protein LysE/YggA  37.3 
 
 
200 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0540942  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2265  lysine exporter protein LysE/YggA  36.6 
 
 
208 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.499699  normal  0.537594 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3848  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.27 
 
 
200 aa  131  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1967  lysine exporter protein LysE/YggA  36.6 
 
 
202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0110071  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4028  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.24 
 
 
200 aa  129  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3696  LysE family translocator protein  37.24 
 
 
200 aa  128  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0257  lysine exporter protein LysE/YggA  37.24 
 
 
200 aa  128  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3939  LysE family translocator protein  37.24 
 
 
200 aa  128  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0298  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.3 
 
 
201 aa  127  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2526  lysine exporter protein LysE/YggA  35.35 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.332497  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2015  hypothetical protein  39.11 
 
 
202 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0374  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40 
 
 
201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1055  hypothetical protein  33.68 
 
 
200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1429  lysine exporter protein LysE/YggA  36.36 
 
 
197 aa  114  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1977  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.22 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.019501  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2382  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 
220 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.268756  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2485  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 
220 aa  111  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.107691  decreased coverage  0.0000842589 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2133  lysine exporter protein (LysE/YggA)  33.84 
 
 
208 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2454  lysine exporter protein LysE/YggA  34.05 
 
 
202 aa  111  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000409233  normal  0.559989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2370  lysine exporter protein LysE/YggA  36.22 
 
 
220 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0414256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2285  hypothetical protein  37.56 
 
 
208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4317  lysine exporter protein LysE/YggA  32.82 
 
 
195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.381114  normal  0.394785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0075  lysine exporter protein LysE/YggA  35.43 
 
 
202 aa  109  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3087  amino acid transporter LysE  33.66 
 
 
197 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0525749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3106  hypothetical protein  35.71 
 
 
196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1754  lysine exporter protein LysE/YggA  36.04 
 
 
208 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171437  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1172  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.36 
 
 
196 aa  106  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1731  lysine exporter protein LysE/YggA  34.38 
 
 
195 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>