More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1613 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1613  23S rRNA methyltransferase A  100 
 
 
270 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0846237  hitchhiker  0.00925315 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2615  23S rRNA methyltransferase A  68.4 
 
 
271 aa  394  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00654791 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2051  23S rRNA methyltransferase A  67.29 
 
 
274 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0639711  normal  0.0300998 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2486  23S rRNA methyltransferase A  68.77 
 
 
268 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228527  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2788  23S rRNA methyltransferase A  61.19 
 
 
271 aa  358  6e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2660  23S rRNA methyltransferase A  61.94 
 
 
271 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000543045  hitchhiker  0.00521689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1704  23S rRNA methyltransferase A  61.19 
 
 
271 aa  355  5e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000062625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1707  23S rRNA methyltransferase A  61.57 
 
 
271 aa  355  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000156407  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1571  23S rRNA methyltransferase A  60.07 
 
 
271 aa  353  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1747  23S rRNA methyltransferase A  61.19 
 
 
271 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00290496  normal  0.326236 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2408  23S rRNA methyltransferase A  60.82 
 
 
271 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0949625  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2570  23S rRNA methyltransferase A  60.45 
 
 
271 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.69516  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2478  23S rRNA methyltransferase A  60.07 
 
 
271 aa  346  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1692  23S rRNA methyltransferase A  57.78 
 
 
273 aa  337  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.653904  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2286  23S rRNA methyltransferase A  56.32 
 
 
282 aa  329  3e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1971  23S rRNA methyltransferase A  56.18 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2820  23S rRNA methyltransferase A  47.41 
 
 
273 aa  262  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00132792  decreased coverage  0.0000238774 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002905  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  47.97 
 
 
275 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03053  23S rRNA methyltransferase A  47.6 
 
 
317 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3309  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  44.61 
 
 
272 aa  248  6e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.260983  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1589  23S rRNA methyltransferase A  47.99 
 
 
278 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.972827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2472  23S rRNA methyltransferase A  43.7 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.339553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1660  23S rRNA methyltransferase A  43.7 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000847833  normal  0.340035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2376  23S rRNA methyltransferase A  43.7 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.47252e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2214  23S rRNA methyltransferase A  44.4 
 
 
276 aa  234  9e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000260079  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2181  23S rRNA methyltransferase A  44.07 
 
 
269 aa  231  7.000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1978  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  44.44 
 
 
270 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000355132  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1921  23S rRNA methyltransferase A  44.28 
 
 
276 aa  229  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2036  23S rRNA methyltransferase A  45.19 
 
 
269 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36695  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1975  23S rRNA methyltransferase A  45.19 
 
 
269 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771839  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1480  23S rRNA methyltransferase A  45.19 
 
 
269 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.494279  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  43.33 
 
 
269 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1296  23S rRNA methyltransferase A  44.81 
 
 
269 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1979  23S rRNA methyltransferase A  44.81 
 
 
269 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2026  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  44.98 
 
 
274 aa  226  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2552  23S rRNA methyltransferase A  43.33 
 
 
269 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000580084  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1821  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  42.96 
 
 
269 aa  225  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000864083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1912  23S rRNA methyltransferase A  42.96 
 
 
269 aa  225  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118014  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2087  23S rRNA methyltransferase A  42.96 
 
 
269 aa  225  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000369097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2049  23S rRNA methyltransferase A  42.59 
 
 
269 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000258454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01792  23S rRNA m1G745 methyltransferase  42.22 
 
 
269 aa  222  4e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000732176  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01780  hypothetical protein  42.22 
 
 
269 aa  222  4e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000118677  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1810  23S rRNA methyltransferase A  42.22 
 
 
269 aa  222  4e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00511797  normal  0.361683 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2391  23S rRNA methyltransferase A  43.33 
 
 
286 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0129084  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3174  23S rRNA methyltransferase A  40.82 
 
 
277 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3381  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  41.04 
 
 
282 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.717643  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1330  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.76 
 
 
269 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.236151  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1524  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.26 
 
 
270 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.222392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4095  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.61 
 
 
270 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149378  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1522  rRNA large subunit methyltransferase A, putative  40.16 
 
 
269 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49390  rRNA methyltransferase  38.64 
 
 
267 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0600503  normal  0.756715 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01907  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  37.81 
 
 
290 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0387238  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4218  rRNA methyltransferase  37.5 
 
 
267 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4200  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.88 
 
 
270 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1129  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.64 
 
 
270 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1087  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.17 
 
 
269 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.162642  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3178  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  40 
 
 
283 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.778846  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2615  Methyltransferase type 11  34.67 
 
 
282 aa  176  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39160  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  36.5 
 
 
267 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1451  SAM-dependent methyltransferase  41.15 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3067  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.22 
 
 
270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254244  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1334  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.01 
 
 
283 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1059  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  37.76 
 
 
282 aa  159  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0491  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  36.79 
 
 
294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1475  TonB-dependent receptor  35.58 
 
 
294 aa  155  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1753  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  35.16 
 
 
285 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0138  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.38 
 
 
320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0968  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.18 
 
 
277 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856039  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2374  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.94 
 
 
313 aa  122  7e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.983483  normal  0.777299 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2050  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  30.03 
 
 
313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0279  hypothetical protein  27.76 
 
 
302 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000809235  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0509  methyltransferase type 12  33.33 
 
 
326 aa  107  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.232418  normal  0.294126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2637  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32.97 
 
 
279 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0727904  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1162  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.1 
 
 
292 aa  105  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000132162  normal  0.0179239 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1980  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  32 
 
 
309 aa  105  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369275  normal  0.0666116 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1081  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.65 
 
 
298 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00250599  normal  0.0321173 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0717  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  30.48 
 
 
281 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1005  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.57 
 
 
274 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000007859  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0404  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  33.33 
 
 
277 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2162  methyltransferase  29.78 
 
 
281 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6121  methyltransferase type 11  29.69 
 
 
311 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.962234 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1787  Methyltransferase type 11  34.57 
 
 
281 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.240393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0832  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.81 
 
 
271 aa  99  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000147805  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0187  type 11 methyltransferase  31.89 
 
 
276 aa  98.2  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1716  Methyltransferase type 11  29.04 
 
 
282 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.384716  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1173  Methyltransferase type 11  29.03 
 
 
285 aa  95.9  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1778  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  29.22 
 
 
283 aa  95.1  1e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0579  methyltransferase type 11  26.83 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09700  methyltransferase family protein  30.12 
 
 
302 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.635905 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2825  methyltransferase type 11  26.81 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000588613  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09150  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  33.16 
 
 
277 aa  90.5  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2191  methyltransferase type 11  29.15 
 
 
283 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0208544  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1113  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  24.47 
 
 
285 aa  89.4  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0490976  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1816  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  28.5 
 
 
277 aa  89  8e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.51 
 
 
280 aa  88.6  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.53281  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0814  methyltransferase type 11  27.05 
 
 
293 aa  88.2  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1230  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.51 
 
 
280 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.706376  normal  0.528023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3078  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.18 
 
 
279 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000214385  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1197  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.51 
 
 
280 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1153  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  24.11 
 
 
280 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.010967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>