More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1437 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 
512 aa  952    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  100 
 
 
514 aa  1064    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  90.25 
 
 
513 aa  970    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  89.45 
 
 
512 aa  956    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  87.5 
 
 
512 aa  948    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 
512 aa  952    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  93.16 
 
 
512 aa  1001    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  86.52 
 
 
512 aa  933    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  89.26 
 
 
512 aa  956    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  89.26 
 
 
512 aa  956    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  93.36 
 
 
512 aa  1003    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  85.94 
 
 
512 aa  933    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  88.87 
 
 
512 aa  954    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 
512 aa  952    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  88.67 
 
 
512 aa  952    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  89.65 
 
 
512 aa  958    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  50 
 
 
518 aa  521  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  50.19 
 
 
516 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.29 
 
 
525 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.1 
 
 
523 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.29 
 
 
525 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.29 
 
 
525 aa  514  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  47.38 
 
 
518 aa  510  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.33 
 
 
522 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.07 
 
 
536 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.97 
 
 
522 aa  492  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.44 
 
 
514 aa  491  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.32 
 
 
513 aa  483  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  47.59 
 
 
522 aa  481  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.93 
 
 
513 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  48.74 
 
 
513 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.13 
 
 
513 aa  478  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  44.19 
 
 
514 aa  444  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  43.8 
 
 
514 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  43.44 
 
 
515 aa  431  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  42.14 
 
 
513 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  43.44 
 
 
520 aa  415  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
517 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.51 
 
 
519 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  42.08 
 
 
519 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  43.82 
 
 
515 aa  395  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  41.92 
 
 
519 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  42.08 
 
 
519 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  41.81 
 
 
521 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  42.39 
 
 
519 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  41.23 
 
 
525 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  39.96 
 
 
505 aa  359  6e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  39.38 
 
 
502 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  40.15 
 
 
511 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  40.8 
 
 
502 aa  355  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  39.96 
 
 
511 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  39.35 
 
 
502 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
506 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  39.81 
 
 
502 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  39.81 
 
 
502 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  40.72 
 
 
502 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.72 
 
 
531 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  39.85 
 
 
510 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.75 
 
 
532 aa  322  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.91 
 
 
541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  47.74 
 
 
313 aa  279  9e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.84 
 
 
539 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.67 
 
 
540 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  34.34 
 
 
527 aa  264  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.35 
 
 
525 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.95 
 
 
525 aa  251  3e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.79 
 
 
594 aa  236  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.43 
 
 
710 aa  236  6e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.25 
 
 
576 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.63 
 
 
527 aa  236  6e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.58 
 
 
604 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.29 
 
 
452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  42.04 
 
 
576 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  41.08 
 
 
529 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
698 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.14 
 
 
668 aa  230  4e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.27 
 
 
517 aa  230  5e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.14 
 
 
668 aa  230  5e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 
459 aa  229  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.12 
 
 
455 aa  229  7e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.94 
 
 
532 aa  229  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.16 
 
 
571 aa  229  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.72 
 
 
522 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3351  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.88 
 
 
465 aa  227  4e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.56 
 
 
544 aa  227  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.76 
 
 
485 aa  227  4e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.56 
 
 
467 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  38.87 
 
 
696 aa  227  5.0000000000000005e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.23 
 
 
561 aa  226  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1428  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.74 
 
 
460 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>