More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1363 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 362 aa  737    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  72.59 
 
 		 371 aa  491  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  72.81 
 
 		 370 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  65.01 
 
 		 360 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  65.01 
 
 		 360 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  65.01 
 
 		 360 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  65.01 
 
 		 360 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.68 
 
 		 360 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  66.77 
 
 		 356 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.62 
 
 		 371 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  67.9 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  72.22 
 
 		 360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  71.91 
 
 		 360 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  71.3 
 
 		 360 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  70.12 
 
 		 360 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  62.12 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  50 
 
 		 398 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  47.11 
 
 		 347 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  49.37 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  47.48 
 
 		 345 aa  288  8e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.99 
 
 		 411 aa  287  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  47.17 
 
 		 343 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  47.04 
 
 		 380 aa  279  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  44.06 
 
 		 431 aa  279  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  42.33 
 
 		 402 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  43.06 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.29 
 
 		 405 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.6 
 
 		 405 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 		 405 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 		 405 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  42.78 
 
 		 402 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.47 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  43.37 
 
 		 404 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  42.43 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.3 
 
 		 384 aa  233  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 		 442 aa  217  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  39.02 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  38.72 
 
 		 343 aa  209  4e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 		 390 aa  189  5.999999999999999e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  33.63 
 
 		 397 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 		 564 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.32 
 
 		 579 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.93 
 
 		 519 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 		 722 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100019 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.29 
 
 		 598 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  27.65 
 
 		 604 aa  115  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  27.67 
 
 		 613 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.167481 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  27.41 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.41 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  27.41 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  27.41 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.33 
 
 		 604 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  27.41 
 
 		 608 aa  113  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  27.11 
 
 		 608 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.68 
 
 		 679 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0675  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 		 855 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 		 586 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  33.74 
 
 		 458 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 		 673 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1841  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 		 832 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193006  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 		 595 aa  106  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 		 929 aa  106  7e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3869  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.38 
 
 		 611 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.793663  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 		 581 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 		 526 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.93 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0104  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.03 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 		 799 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 		 525 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.53 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2383  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.2 
 
 		 484 aa  105  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0311727  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1578  histidine kinase  25.45 
 
 		 829 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  30.21 
 
 		 528 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 525 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4580  sensor protein ZraS  33.62 
 
 		 465 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.52 
 
 		 578 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.73 
 
 		 851 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  27.68 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2492  sensory box histidine kinase  25.97 
 
 		 830 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 729 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.73 
 
 		 546 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  29.07 
 
 		 369 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  27.04 
 
 		 611 aa  103  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3785  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.38 
 
 		 611 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.862005  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  28.73 
 
 		 851 aa  103  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  28.69 
 
 		 621 aa  103  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 		 829 aa  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4384  sensor protein ZraS  33.62 
 
 		 465 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.528671 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  28.45 
 
 		 851 aa  102  9e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4417  sensor protein ZraS  33.19 
 
 		 465 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00746463  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  27.97 
 
 		 799 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0966  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 615 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.595194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.83 
 
 		 547 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4504  sensor protein ZraS  33.19 
 
 		 465 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79058  normal  0.150047 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4807  two-component sensor kinase CbrA  26.33 
 
 		 982 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0111257 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4506  sensor protein ZraS  33.19 
 
 		 465 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0449014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 		 814 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 378 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 		 480 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>