More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1300 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1563  putative transglycosylase  76.29 
 
 		 480 aa  731    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.158828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1316  putative transglycosylase  70.08 
 
 		 479 aa  691    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237496  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3288  putative transglycosylase  70.77 
 
 		 457 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2643  putative transglycosylase  71.49 
 
 		 477 aa  658    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3139  putative transglycosylase  70.33 
 
 		 476 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1239  putative transglycosylase  69.93 
 
 		 478 aa  657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1382  putative transglycosylase  70.55 
 
 		 476 aa  664    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.249867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2995  putative transglycosylase  70.33 
 
 		 476 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.049065  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1300  putative transglycosylase  100 
 
 		 476 aa  990    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000125661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2981  putative transglycosylase  70.33 
 
 		 476 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1237  putative transglycosylase  69.93 
 
 		 478 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3120  putative transglycosylase  75.57 
 
 		 480 aa  765    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2351  putative transglycosylase  64.88 
 
 		 502 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115829  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1308  putative transglycosylase  69.71 
 
 		 478 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1140  putative transglycosylase  61.84 
 
 		 476 aa  620  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1272  putative transglycosylase  63.1 
 
 		 494 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3674  putative transglycosylase  45.75 
 
 		 518 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0749  putative transglycosylase  47.06 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3114  lytic transglycosylase, catalytic  49.88 
 
 		 523 aa  430  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004281  transglycosylase Slt family  45.59 
 
 		 525 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0392  putative transglycosylase  45.86 
 
 		 530 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01149  putative transglycosylase  44.07 
 
 		 534 aa  414  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3319  lytic transglycosylase, catalytic  45.17 
 
 		 718 aa  390  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3622  putative transglycosylase  44.2 
 
 		 486 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1146  putative transglycosylase  44.2 
 
 		 486 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1252  putative transglycosylase  44.2 
 
 		 513 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831517  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01395  transglycosylase, SLT family protein  44.47 
 
 		 437 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.192683  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3655  putative transglycosylase  44.96 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2772  putative transglycosylase  45.12 
 
 		 486 aa  365  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1081  putative transglycosylase  44.63 
 
 		 485 aa  363  4e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1004  putative transglycosylase  43.07 
 
 		 462 aa  360  3e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00893953  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1018  putative transglycosylase  45.63 
 
 		 494 aa  360  3e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0598275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3794  putative transglycosylase  42.82 
 
 		 518 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2924  putative transglycosylase  42.82 
 
 		 518 aa  354  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1110  Lytic transglycosylase catalytic  42.82 
 
 		 518 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2711  putative transglycosylase  42.82 
 
 		 518 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1119  putative transglycosylase  42.82 
 
 		 518 aa  353  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0497  putative transglycosylase  43.57 
 
 		 457 aa  352  8e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2712  putative transglycosylase  42.82 
 
 		 518 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02414  hypothetical protein  44.23 
 
 		 458 aa  350  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2844  putative transglycosylase  44.23 
 
 		 472 aa  350  3e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3053  putative transglycosylase  43.02 
 
 		 508 aa  344  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1049  putative transglycosylase  40.27 
 
 		 472 aa  342  9e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00903015  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1222  putative transglycosylase  42.53 
 
 		 508 aa  339  7e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2833  putative transglycosylase  40.88 
 
 		 514 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.459911 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2770  putative transglycosylase  40.88 
 
 		 514 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2945  putative transglycosylase  40.88 
 
 		 514 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2729  putative transglycosylase  40.88 
 
 		 514 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1477  putative transglycosylase  40.71 
 
 		 501 aa  337  3.9999999999999995e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3415  putative transglycosylase  40.22 
 
 		 488 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15720  putative transglycosylase  42.93 
 
 		 451 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000412492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1353  putative transglycosylase  41.93 
 
 		 490 aa  325  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0998  putative transglycosylase  39.69 
 
 		 486 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3043  putative transglycosylase  41.53 
 
 		 517 aa  323  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.775137  normal  0.0587061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2810  putative transglycosylase  40.65 
 
 		 514 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.28375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4190  putative transglycosylase  39 
 
 		 485 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0675173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1268  putative transglycosylase  40.32 
 
 		 498 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1036  putative transglycosylase  40.52 
 
 		 449 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1077  putative transglycosylase  40.28 
 
 		 485 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0564532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1033  putative transglycosylase  38.34 
 
 		 485 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.336568  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1458  periplasmic binding domain/transglycosylase SLT domain fusion protein  41.02 
 
 		 456 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.999918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2485  lytic transglycosylase, catalytic  37.06 
 
 		 502 aa  312  9e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39670  putative transglycosylase  40.29 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.403858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1646  lytic transglycosylase, catalytic  40.6 
 
 		 528 aa  310  2.9999999999999997e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1757  lytic transglycosylase, catalytic  38.83 
 
 		 471 aa  299  8e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0840  lytic transglycosylase  39.75 
 
 		 484 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.602235  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0975  lytic transglycosylase catalytic  38.32 
 
 		 482 aa  286  7e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.742746 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1005  putative transglycosylase  39.85 
 
 		 467 aa  282  9e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1046  lytic transglycosylase, catalytic  40.2 
 
 		 450 aa  280  3e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.872  normal  0.0396105 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2596  putative transglycosylase  35.12 
 
 		 456 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2311  putative transglycosylase  35.19 
 
 		 478 aa  261  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.736491  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1230  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 		 470 aa  258  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1131  putative transglycosylase  35.41 
 
 		 472 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00229364  normal  0.195438 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1301  lytic transglycosylase, catalytic  35.6 
 
 		 511 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.462957  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0695  Lytic transglycosylase catalytic  43.84 
 
 		 523 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.114922 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1327  Lytic transglycosylase catalytic  30.23 
 
 		 511 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.566975  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2288  Lytic transglycosylase catalytic  32.91 
 
 		 482 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3239  Slt family transglycosylase  31.04 
 
 		 714 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.538668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0288  transglycosylase SLT domain-containing protein  41.25 
 
 		 410 aa  176  7e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0175  transglycosylase SLT domain-containing protein  31.21 
 
 		 553 aa  172  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0182  lytic transglycosylase, catalytic  42.08 
 
 		 481 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1004  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 464 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0784761 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1272  soluble lytic transglycosylase  41.38 
 
 		 402 aa  133  6.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1582  lytic transglycosylase, catalytic  40.8 
 
 		 410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208694 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1113  lytic transglycosylase, catalytic  40.8 
 
 		 402 aa  131  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0126627  normal  0.0207439 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1940  Lytic transglycosylase catalytic  31.12 
 
 		 581 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1034  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0524  periplasmic binding transport protein/transglycosylase  27.01 
 
 		 497 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.60685  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2792  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase-related protein  32.23 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0340285 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004396  transglycosylase Slt family  27.34 
 
 		 502 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0787  putative transglycosylase protein  25.8 
 
 		 472 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4020  lytic transglycosylase, catalytic  27.18 
 
 		 473 aa  103  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27050  Slt family transglycosylase  26.1 
 
 		 476 aa  103  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2061  SLT  25.12 
 
 		 473 aa  100  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1506  Lytic transglycosylase catalytic  25.81 
 
 		 485 aa  99  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0243609 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4438  lytic transglycosylase catalytic  24.94 
 
 		 516 aa  99  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.662285  normal  0.867031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2442  lytic transglycosylase, catalytic  27.14 
 
 		 471 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.207678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01003  hypothetical protein  26.8 
 
 		 489 aa  93.6  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3457  lytic transglycosylase, catalytic  26.37 
 
 		 480 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.593202  hitchhiker  0.000121257 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23020  Lytic transglycosylase protein  25.54 
 
 		 475 aa  92.8  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>