122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1279 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1279  hypothetical protein  100 
 
 
274 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.42485  normal  0.255806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2672  hypothetical protein  66.18 
 
 
274 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000377919  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1531  hypothetical protein  65.33 
 
 
279 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1355  protein of unknown function DUF980  62.77 
 
 
274 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.841736  unclonable  0.00000000000208839 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1105  hypothetical protein  63.5 
 
 
274 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3008  hypothetical protein  62.41 
 
 
274 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.127511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3023  hypothetical protein  62.41 
 
 
274 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0902222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3166  hypothetical protein  62.41 
 
 
274 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.262871  hitchhiker  0.00171322 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1210  hypothetical protein  61.54 
 
 
274 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.749263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1281  hypothetical protein  61.31 
 
 
274 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1211  hypothetical protein  60.95 
 
 
274 aa  362  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1418  hypothetical protein  64.96 
 
 
274 aa  362  4e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.955428 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1293  hypothetical protein  62.04 
 
 
274 aa  359  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3335  hypothetical protein  60.95 
 
 
274 aa  353  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1249  hypothetical protein  59.34 
 
 
274 aa  341  7e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2687  hypothetical protein  54.41 
 
 
272 aa  332  4e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.201448  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3456  hypothetical protein  57.71 
 
 
272 aa  314  8e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2377  hypothetical protein  53.48 
 
 
274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.993381  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0677  hypothetical protein  45.9 
 
 
272 aa  247  1e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.358469 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3868  protein of unknown function DUF980  43.28 
 
 
274 aa  239  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.425991 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2917  hypothetical protein  44.8 
 
 
255 aa  225  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575832 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0602  hypothetical protein  42.68 
 
 
254 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0929  hypothetical protein  41.32 
 
 
284 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0055  hypothetical protein  42.17 
 
 
264 aa  202  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.345745  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2172  hypothetical protein  37.64 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2829  hypothetical protein  36.17 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.816483  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2033  hypothetical protein  36.84 
 
 
259 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.370372  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0769  hypothetical protein  34.53 
 
 
257 aa  158  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107825  normal  0.0743009 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6247  hypothetical protein  35.56 
 
 
277 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0945015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1832  hypothetical protein  35.56 
 
 
277 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498161  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1159  hypothetical protein  37.93 
 
 
247 aa  156  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1089  hypothetical protein  40.39 
 
 
251 aa  156  4e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.260787 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2196  protein of unknown function DUF980  35.08 
 
 
270 aa  156  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000615921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1770  hypothetical protein  37.39 
 
 
276 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.693928  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1743  hypothetical protein  36.29 
 
 
276 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.335992  normal  0.179509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1856  hypothetical protein  35.15 
 
 
277 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.115857  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1873  hypothetical protein  36.44 
 
 
271 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5133  hypothetical protein  35.15 
 
 
277 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.635971  normal  0.616719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1441  hypothetical protein  35.66 
 
 
277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.130559  hitchhiker  0.00999787 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1372  hypothetical protein  36.89 
 
 
251 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2213  hypothetical protein  34.84 
 
 
281 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.4309  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2251  hypothetical protein  34.84 
 
 
281 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.147808  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2209  protein of unknown function DUF980  33.62 
 
 
257 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.183224  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1665  hypothetical protein  32.5 
 
 
262 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.754327 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2366  putative inner membrane protein  34.98 
 
 
277 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00016651  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1368  hypothetical protein  34.43 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0100205  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2379  hypothetical protein  34.43 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1858  hypothetical protein  34.43 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0039  hypothetical protein  34.43 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.153122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1129  hypothetical protein  34.43 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.286925  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2214  hypothetical protein  34.15 
 
 
281 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.416427  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2460  hypothetical protein  33.9 
 
 
264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.803917  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0695  hypothetical protein  34.01 
 
 
253 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0948  hypothetical protein  34.33 
 
 
280 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.801122  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1821  protein of unknown function DUF980  34.16 
 
 
278 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.571233  normal  0.0506575 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0865  hypothetical protein  32.94 
 
 
269 aa  142  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0422  hypothetical protein  31.58 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2870  hypothetical protein  34.08 
 
 
261 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.850064  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1395  hypothetical protein  34.05 
 
 
258 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.124489 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0578  hypothetical protein  31.76 
 
 
271 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0591  hypothetical protein  32.94 
 
 
271 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2231  protein of unknown function DUF980  36.21 
 
 
304 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.335785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0539  hypothetical protein  31.37 
 
 
271 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0584  hypothetical protein  31.37 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.640685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2119  hypothetical protein  31.05 
 
 
285 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710416  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0013  hypothetical protein  33.61 
 
 
250 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0723  hypothetical protein  31.02 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3828  hypothetical protein  32 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1447  protein of unknown function DUF980  32 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1027  protein of unknown function DUF980  32.37 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.131102  normal  0.196659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0625  hypothetical protein  33.63 
 
 
269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1075  hypothetical protein  31.91 
 
 
276 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07950  hypothetical protein  32.94 
 
 
274 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2898  hypothetical protein  32.22 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636756  normal  0.0197931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3127  hypothetical protein  33.82 
 
 
256 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.363658  normal  0.161606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11700  hypothetical protein  30.43 
 
 
276 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2136  hypothetical protein  28.83 
 
 
296 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0140487  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1184  hypothetical protein  31.46 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0742773  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1119  protein of unknown function DUF980  32.91 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598803  normal  0.193609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4995  hypothetical protein  33.01 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.584711 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3095  protein of unknown function DUF980  30.28 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2096  protein of unknown function DUF980  32.51 
 
 
285 aa  112  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1618  hypothetical protein  32.51 
 
 
285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.434907  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0532  hypothetical protein  29.83 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.382691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2561  hypothetical protein  28.51 
 
 
284 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00550602  normal  0.103219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0178  protein of unknown function DUF980  28.98 
 
 
260 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.81555 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2162  hypothetical protein  28.63 
 
 
265 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000383294  normal  0.59755 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2303  hypothetical protein  28.63 
 
 
265 aa  105  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000109705  hitchhiker  7.98783e-18 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2166  hypothetical protein  28.63 
 
 
265 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000309216  normal  0.207813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2219  hypothetical protein  28.63 
 
 
265 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000101242  normal  0.573011 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2066  hypothetical protein  28.63 
 
 
265 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000683564  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2392  hypothetical protein  29.83 
 
 
270 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000626056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2490  hypothetical protein  29.83 
 
 
270 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.510585  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1676  protein of unknown function DUF980  27.63 
 
 
265 aa  102  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0614873  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2099  hypothetical protein  27.63 
 
 
265 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.8651900000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2335  protein of unknown function DUF980  28.81 
 
 
278 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1670  hypothetical protein  27.63 
 
 
265 aa  102  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  normal  0.343591 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0993  Mlc titration factor MtfA  27.63 
 
 
265 aa  102  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000614673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2819  Mlc titration factor MtfA  27.63 
 
 
265 aa  102  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000714473  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01890  hypothetical protein  27.63 
 
 
265 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000112317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>